Foi posiblemente o xogador galego máis destacado desde Luis Suárez[Cómpre referencia]. Interior zurdo cun toque de balón excepcional e unha non menor visión de xogo, destaca sobre todo polos seus precisos centros dende a banda esquerda. É irmán do tamén futbolista José Ramón.
Comezou a súa carreira deportiva no equipo da súa vila natal, o Carreira CF até que se incorporou á disciplina deportivista. Na tempada 1987–88 debutou co Fabril Deportivo en Terceira División, conseguindo un 6º posto na clasificación. Na tempada seguinte debutou co Deportivo da Coruña en Segunda División, xogando esa campaña 4 partidos. O seu debut foi o 17 de xaneiro de 1988 contra o Real Burgos en Riazor, sendo Luis Rodríguez Vaz o adestrado branquiazul. O seu primeiro gol como deportivista chegou na tempada 1990–91, na xornada 14, con vitoria a domicilio sobre o UD Las Palmas (1–3). Fran marcou o terceiro dos tantos branquiazuis.
Fran foi cotizado polos grandes clubs españois: Real Madrid CF, co que asinou un precontrato que debería entrar en vigor na tempada 1995–96 e que Lendoiro recomprou a tempo por 260 millóns de pesetas; e FC Barcelona, onde Johan Cruyff ao final desa mesma tempada insistiu na súa fichaxe debida á súa afinidade co estilo de xogo do equipo culé, mais a intransixencia de Lendoiro a negociar o traspaso, a menos que pagasen os 2.000 millóns da súa cláusula, disuadiu ao club catalán de calquera intento de contratalo. A tempada 1995–96, con John Toshack no banco, foi persoal e colectivamente unha das peores para Fran. Por distintos motivos nunca chegou a render ao nivel que tiña afeitos aos seus seguidores, e ademais unha lesión pechoulle todas as portas, se tiña aberta algunha, de acudir á Eurocopa de Inglaterra. Foi operado do xeonllo esquerdo o 9 de maio de 1996, intervención que lle obriga estar tres meses de baixa. Nos anos seguintes os éxitos do Deportivo e de Fran continuaron chegando á culminación co título de liga logrado no ano 2000, ano en que Fran ademais foi convocado para a Eurocopa de Holanda e Bélxica.
O seu derradeiro encontro como deportivista foi na tempada 2004–05, o 22 de maio de 2005, no partido da xornada 34 que enfrontaba ao Deportivo co RCD Mallorca en Riazor e que se saldou con derrota branquiazul (0–3). Ao rematar a tempada retirouse do fútbol, xunto con Mauro Silva.
Convocado coa selección española desde abril de 1992, debutou co conxunto vermello o 27 de xaneiro de 1993, nun encontro contra México que rematou con empate (1–1), nun partido de clasificación para o Mundial de Estados Unidos 1994. O seu primeiro gol co conxunto nacional chegou o 27 de marzo de 1999, marcando o último tanto da goleada que España lle endosou a Austria (9–0). En total, coa selección Fran xogou 16 partidos e marcou dous goles.
