Comezou a súa carreira nas categorías inferiores do Widad Casablanca, onde pese á súa mocidade causou sensación. Con este club gañou en tres ocasións o campionato de Liga de Marrocos e en 1992 a Liga de Campións africana. Ese mesmo ano participou coa súa selección nos Xogos Olímpicos de Barcelona.
As súas boas actuacións permitiron o seu paso ao fútbol europeo, sendo contratado para a tempada 1993–94 polo FC Nantes, onde realiza unha campaña impresionante e é elixido como un dos xogadores máis importantes do campionato francés. Ao ano seguinte é traspasado ao Sporting de Lisboa no que xogará dúas tempadas. Os seus bos resultados co equipo portugués fan que o fútbol español poña os seus ollos nel. Así, de cara á tempada 1996–97, o Deportivo da Coruña faise cos seus servizos por unha cantidade xamais pagada por un futbolista marroquí. Co Deportivo Naybet alcanzou os seus maiores éxitos, gañando a Liga de España 1999–00, a Copa do Rei 2001–02 e as Supercopas de España de 2000 e 2002.
De cara á tempada 2004–05, Naybet abandonou o Deportivo para xogar no Tottenham Hotspur inglés, onde se retirou en 2006.
