Xoán Manuel naceu no seo dunha familia de clase media burguesa. Os seus pais eran Basilio Pintos García, funcionario de aduanas, e Ramona Villar Rodríguez, ambos naturais de Pontevedra. Foi o terceiro de cinco irmáns (dúas mulleres e tres homes). Trasladáronse a Ferrol en 1817, onde a nai e o irmán máis vello finaron sendo Xoán Manuel aínda un cativo. Volveron a Pontevedra e de novo a Ferrol. Viviu logo na Coruña (1822-25) onde estudou Humanidades no Convento de San Domingos e, máis tarde, na Universidade de Santiago de Compostela, formouse en filosofía (1825), que completou coa aprendizaxe de música e violín, e Dereito (de 1829 a 1835).
Xa licenciado, impartiu docencia universitaria na materia de Institucións Canónicas. Dende 1837 a 1840 traballou de avogado na Coruña. En 1840 foi nomeado xuíz de primeira instancia en Cambados polo goberno progresista. O ano seguinte casou con Serafina Amado Boullosa, irmá de José Benito Amado Boullosa, tamén escritor, coa que tivo catorce fillos.
Logo de ser destituído como xuíz en 1844 polo goberno conservador, e ata 1862, exerceu de avogado na súa vila natal, onde foi fiscal e chegou a ser decano do colexio profesional. En Pontevedra impartiu ensino público e privado. Finalmente, dende 1862, foi rexistrador da propiedade na cidade de Vigo.
En castelán Pintos só publicou algún poema en La Caridad e El Desengaño (1872), unha elexía ("Fatal anuncio en pavorosos ayes", Faro de Vigo, 2/11/1875) e un longo estudo en prosa titulado "El poeta y el orador" (Faro de Vigo, 6/3/1875).[8]