Plano no Decreto 31/2000, polo que se declara ben de interese cultural, con categoría de monumento.
Durante a Idade Media e o Antigo Réxime as persoas mortas adoitaban ser soterradas no interior das igrexas ou en camposantos arredor delas, como a Praza da Magdalena. A Real Orde do 30 de xuño de 1814 establecía, por motivos de salubridade, a construción de cemiterios fóra dos núcleos urbanos. En 1822 o convento de San Francisco de Ourense cedeu uns terreos a carón o lado do seu convento, a carón doutro mercado polo Concello no mesmo ano á marquesa viúva de Bóveda de Limia. Este terreo formaba parte dunha viña que pertencera en 1665 a Benito de Lemos Bolaño, rexedor de Ourense e dono do pazo de Piñor, herdada por José Noguerol do seu avó o escribán Diego Sánchez Cid Herrera, casado con María Feijoo, filla do primeiro matrimonio da avoa de don Benito de Lemos. Diego Sánchez Cid Herrera e María Feijoo foron soterrados na igrexa do convento de San Francisco, trasladada no século XIX a carón do parque de San Lázaro logo da desamortización.
O cemiterio foi inaugurado o 9 de maio de 1834, coa bendición do terreo por parte do bispo Dámaso Egidio Iglesias Lago. En 1887 o Concello construíu un cemiterio laico para acoller as persoas non católicas, principalmente protestantes e ateas. No século XX o espazo foi ampliado cara ao leste en dirección á zona de Montealegre.
O cemiterio ten unha Asociación de Amigos, da que foi presidente de honra o poeta José Ángel Valente, soterrado no propio cemiterio desde o seu falecemento no ano 2000.
Pobre Asunción. Asunción foi unha muller ourensá, asasinada por unha exparella súa o venres santo de 1891, que lle disparou ao vela acompañada doutro home. Na súa lápida, deseñada por Juan Xesta, aparece o texto "¡Pobre Asunción!. Viernes S.Tº. del 91". É o primeiro caso de violencia de xénero documentado en Galicia, e cada 25 de novembro (Día Internacional para a Eliminación da Violencia contra a Muller) na súa tumba realízase unha ofrenda floral.
Persoas inhumadas no Cemiterio de San Francisco de Ourense segundo Wikidata.