Factor de transcrición

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.

En bioloxía molecular e en xenética, un factor de transcrición (ás veces chamado factor de unión ao ADN específico de secuencia) é unha proteína que se une a secuencias de ADN específicas, controlando deste modo o fluxo (ou a transcrición) de información xenética que vai do ADN ao ARN mensaxeiro. [1][2] Os factores de transcrición realizan esta función sós ou xunto con outras proteínas formando un complexo, promovendo (funcionando como un activador), ou bloqueando (como represores) o recrutamento da ARN polimerase (o encima que realiza a transcrición da información xenética do ADN ao ARN) en xenes específicos. [3][4][5]

Unha característica definitoria dos factores de transcrición é que conteñen un ou máis dominios de unión ao ADN, que se unen a secuencias específicas do ADN adxacentes aos xenes que regulan. [6][7] Outras proteínas como os coactivadores, complexos remodeladores da cromatina, histona acetilases, histona desacetilases, quinases, e metilases, tamén desempeñan papeis cruciais na regulación da expresión xénica, pero carecen de dominios de unión ao ADN e, por esa razón, non se clasifican como factores de transcrición. [8]

Conservación en diferentes organismos[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición son esenciais para a regulación da expresión xénica e, como consecuencia, encóntranse en todos os seres vivos. O número de factores de transcrición que ten un organismo aumenta co tamaño do xenoma, e os xenomas máis grandes tenden a ter máis factores de transcrición por xene. [9]

Hai aproximadamente 2600 proteínas no xenoma humano que conteñen dominios de unión ao ADN, e pénsase que a maioría delas funcionan como factores de transcrición. [10] Por tanto, aproximadamente o 10% dos xenes do xenoma codifican factores de transcrición, o que fai desta familia de proteínas a máis extensa entre as proteínas humanas. Ademais, os xenes están a miúdo flanqueados por varios sitios de unión para diferentes factores de transcrición, e a expresión eficiente de cada un destes xenes require a acción cooperativa de varios factores de transcrición diferentes (por exemplo no caso dos factores nucleares do hepatocito). Por tanto, o uso combinado dun conxunto de aproximadamente 2000 factores de transcrición humanos explica facilmente a regulación particular de cada xene do xenoma humano durante o desenvolvemento do organismo. [8]

Mecanismo[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición únense a rexións amplificadoras (enhancers) ou a promotores do ADN adxacentes aos xenes que regulan. Dependendo dos factores de transcrición, a transcrición dos xenes adxacentes é potrenciada ou reducida. Os factores de transcrición utilizan diversos mecanismos para a regulación da expresión xénica. [11] Estes mecanismos son:

  • Estabilizan ou bloquean a unión da ARN polimerase ao ADN.
  • Catalizan a acetilación ou desacetilación das proteínas histonas. O factor de transcrición pode facer isto directamente ou recrutar outras proteínas grazas a esta actividade catalítica. Moitos factores de transcrición utilizan algún destes dous mecanismos opostos para regular a transcrición: [12]
    • A actividade da histona acetiltransferase (HAT) acetila as histonas, o cal debilita a asociación do ADN coas histonas, o que fai que o ADN sexa máis accesible á transcrición, e por tanto, incrementa a transcrición.
    • A actividade da histona desacetilase (HDAC) desacetila as histonas, o cal fortalece a asociación do ADN coas histonas, e isto fai que o ADN sexa menos accesible á transcrición, e dese modo diminúe a transcrición.
  • Recruta proteínas coactivadoras ou correpresoras no complexo do ADN do factor de transcrición. [13]

Función[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición son un dos grupos de proteínas que len e interpretan o proxecto ou cianotipo ("blueprint") xenético do ADN. Únense ao ADN e axudan a iniciar un programa que aumenta ou diminúe a transcrición xénica. Son vitais para moitos procesos celulares. A continuación indícanse algunhas das importantes funcións e papeis biolóxicos nos que están envolvidos os factores de transcrición:

Regulación da transcrición basal[editar | editar a fonte]

Nos eucariotas, son necesarios unha importante clase de factores de transcrición chamados factores de transcrición xeral (GTFs) para que teña lugar a transcrición. [14][15][16] Moitos destes factores de transcrición xeral non se unen realmente ao ADN senón que son parte dun complexo de preiniciación da transcrición grande que interacciona directamente coa ARN polimerase. Os factores de transcrición xeral máis comúns son: TFIIA, TFIIB, TFIID (ver tamén proteína de unión á TATA), TFIIE, TFIIF, e TFIIH. [17] O complexo de preiniciación únese a rexións promotoras do ADN corrente arriba (en dirección 5', upstream) do xene que regulan.

Potenciación diferencial da transcrición[editar | editar a fonte]

Outros factores de transcrición regulan diferencialmente a expresión de varios xenes ao unirse a rexións amplificadoras (enhancers) do ADN adxacentes aos xenes regulados. Estes factores de transcrición son fundamentais para asegurarse de que os xenes se expresan na célula correcta no momento correcto e na cantidade axeitada, dependendo dos requirimentos cambiantes do organismo.

Desenvolvemento[editar | editar a fonte]

Moitos factores de transcrición nos organismos multicelulares están implicados no desenvolvemento. [18] Respondendo a sinais (estímulos), estes factores de transcrición activan ou desactivan a transcrición dos xenes apropiados, o cal, á súa vez, permite que se produzan cambios na morfoloxía celular ou actividades necesarias para a determinación do destino da célula e a diferenciación celular. A familia de factores de transcrición Hox, por exemplo, é importante para unha adecuada formación do patrón corporal en organismos tan diversos como as moscas da froita e os humanos. [19][20] Outro exemplo é o factor de transcrición codificado pola rexión determinante do sexo do cromosoma Y (xene SRY), que xoga un papel principal na determinación do sexo nos humanos. [21]

Resposta a sinais intercelulares[editar | editar a fonte]

As células poden comunicarse unhas con outras liberando moléculas que producen cascadas de sinalización noutra célula receptiva. Se o sinal require o aumento ou diminución da expresión de xenes na célula receptora, con frecuencia os factores de transcrición estarán nas partes finais da cascada de sinalización. [22] A sinalización por medio de estróxenos é un exemplo de cascada de sinalización bastante curta que implica ao factor de transcrición receptor de estróxenos: Os estróxenos segréganos os tecidos como os ovarios e a placenta, cruzan a membrana plasmática da célula receptora, e únense ao receptor de estróxenos no citoplasma celular. O receptor de estróxenos despois vai ao núcleo celular e alí únese aos seus sitios de unión ao ADN, cambiando a regulación transcricional dos xenes asociados. [23]

Resposta ao ambiente[editar | editar a fonte]

Non só os factores de transcrición actúan na parte final das cascadas de sinalización relacionadas cos estímulos biolóxicos senón que poden tamén actuar na parte final das cascadas implicadas nos estímulos do ambiente externo. Son exemplos o factor de choque térmico (HSF), o cal aumenta a expresión de xenes necesarios para a supervivencia a temperaturas altas, [24] o factor inducible da hipoxia (HIF), que aumenta a expresión dos xenes necesarios para a supervivencia celular en ambientes baixos en osíxeno, [25] e a proteína de unión ao elemento regulatorio esterol (SREBP), que axuda a manter os niveis axeitados de lípidos na célula. [26]

Control do ciclo celular[editar | editar a fonte]

Moitos factores de transcrición, especialmente algúns que son protooncoxenes ou supresores de tumores, axudan a regular o ciclo celular e determinan o tamaño que acadará a célula e cando pode dividirse para orixinar células fillas. [27][28] Un exemplo é o oncoxene Myc, o cal ten importantes papeis no crecemento celular e a apoptose. [29]

Patoxénese[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición poden tamén utilizarse para alterar a expresión xénica nunha célula hóspede para promover a patoxénese. Un exemplo ben estudado disto son os efectores do tipo activadores de transcrición (efectores TAl) segregados pola bacteria Xanthomonas. Cando se inxectan en plantas, estas proteínas poden entrar no núcleo da célula da planta, unirse a secuencias promotoras da planta, e activar a transcrición de xenes da planta que axudan á infección bacteriana.[30] Os efectores TAL conteñen unha rexión repetida central na cal hai unha relación simple entre a identidade de dous residuos críticos nas secuencias repetidas e bases da secuencia do ADN no sitio de unión do efector TAL. [31][32] Esta propiedade probablemente fai máis fácil que estas proteínas evolucionen para competir mellor cos mecanismos de defensa da célula hóspede. [33]

Regulación[editar | editar a fonte]

É común en bioloxía que os procesos importantes teñan múltiples capas de regulación e control. Isto ocorre tamén cos factores de transcrición. Os factores de transcrición non só controlan o grao de transcrición para regular as cantidades de produtos xénicos (ARN e proteínas) dispoñibles para a célula, senón que tamén os propios factores de transcrición están regulados (con frecuencia por outros factores de transcrición). A continuación faise unha breve sinopse dalgunhas das vías por medio das que se regulan os factores de transcrición:

Síntese[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición (como todas as proteínas) transcríbense a partir dun xene dun cromosoma a ARN, e despois o ARN tradúcese a proteínas. Calquera destes pasos pode ser regulado de modo que afecte á produción (e deste modo á actividade) do factor de transcrición. Unha implicación interesante disto é que os factores de transcrición poden regularse a si mesmos. Por exemplo, nun bucle de retroalimentación negativa, os factores de transcrición actúan como o seu propio represor: Se a proteína factor de transcrición se une ao ADN do seu propio xene, fará diminuír a súa propia produción. Este é un mecanismo que serve para manter un factor de transcrición en niveis baixos na célula.

Localización nuclear[editar | editar a fonte]

Nos eucariotas, os factores de transcrición, igual que a maioría das proteínas (unhas poucas transcríbense nas mitocondrias e cloroplastos), transcríbense no núcleo celular, pero son despois traducidas no citoplasma. Moitas proteínas que son activas no núcleo conteñen un sinal de localización nuclear que serve para dirixilas ao núcleo. Para moitos factores de transcrición este é un punto chave na súa regulación. [34] Importantes clases de factores de transcrición, como os receptores nucleares deben unirse primeiro a un ligando mentres están no citoplasma, para despois poder ser desprazados ao núcleo. [34]

Activación[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición poden ser activados (ou desactivados) por medio do seu dominio sensible ao sinal por diversos mecanismos entre os que están:

  • Unión a un ligando. A unión a un ligando non só pode influír sobre en que parte da célula se debe localizar o factor de transcrición, senón que tamén pode afectar ao estado de actividade do factor, e, por tanto, á súa capacidade de unión ao ADN ou a outros cofactores (caso, por exemplo, dos receptores nucleares).
  • Fosforilación. [35][36] Moitos factores de transcrición, como as proteínas STAT, deben ser fosforilados para que se poidan unir ao ADN.
  • Interacción con outros factores de transcrición. Por exemplo, a homo- ou heterodimerización ou as proteínas corregulatorias.

Accesibilidade ao sitio de unión ao ADN[editar | editar a fonte]

Nos eucariotas, o ADN está organizado xunto con proteínas histonas formando partículas compactas, chamadas nucleosomas, nas que arredor de 147 pares de bases do ADN dan dúas voltas arredor dun octámero central de histonas. O ADN dos nucleosomas é inaccesible para moitos factores de transcrición. Algúns factores de transcrición, denominados factores pioneiros poden malia todo unirse aos seus sitios de unión ao ADN no ADN nucleosómico. Para a maioría dos outros factores de transcrición, o nucleosoma debe ser activamente retirado por motores moleculares como os remodeladores da cromatina. [37] Alternativamente, o nucleosoma pode ser parcialmente desenrolado por flutuacións térmicas que permiten un acceso temporal ao sitio de unión do factor de transcrición. En moitos casos os factores de transcrición deben competir para unirse ao seu sitio de unión ao ADN con outros factores de transcrición e proteínas cromatínicas histonas e non histonas. [38] Pares de factores de transcrición e outras proteínas poden ter papeis antagonistas (activador contra represor) na regulación dun mesmo xene.

Dispoñibilidade doutros cofactores/factores de transcrición[editar | editar a fonte]

A maioría dos factores de transcrición non funcionan sós. A miúdo, para que ocorra a transcrición dun xene deben unirse ás secuencias regulatorais do ADN varios factores de transcrición. Este conxunto de factores de transcrición, á súa vez, recrutan proteínas intermediarias como os cofactores correguladores que permiten un recrutamento eficiente do complexo de preiniciación e a ARN polimerase. Así, para que un só factor de trranscrición inicie a transcrición, todas estas outras proteínas deben estar presentes tamén, e o factor de transcrición debe estar nun estado no que poida unirse a elas se é preciso.

Estrutura[editar | editar a fonte]

Diagrama esquemático da secuencia de aminoácidos (co extremo amino terminal á esquerda e o carboxilo terminal á dereita) dun factor de transcrición prototípico que contén (1) un dominio de unión ao ADN (DBD), (2) un dominio sensible ao sinal (SSD), e un dominio de transactivación (TAD). A orde en que se sitúan e o número de dominios pode diferir en varios tipos de factores de transcrición. Ademais, as funcións de transactivación e sensibilidade ao sinal están frecuentemente contidas no mesmo dominio.

Os factores de transcrición teñen unha estrutura modular e conteñen os seguintes dominios:[1]

  • Dominio de unión ao ADN (DBD), que se une a secuencias específicas do ADN, chamadas amplificadores (enhancers) ou promotores, que son adxacentes aos xenes regulados. As secuencias do ADN ás que se unen os factores de transcrición denomínanse a miúdo elementos de resposta.
  • Dominio de transactivación (TAD), que contén sitios de unión para outras proteínas como os correguladores da transcrición. Estes sitios de unión denomínanse frecuentemente funcións de activación (AFs).[39]
  • Un dominio sensible ao sinal opcional (SSD) (por exemplo, un dominio de unión a un ligando), que é sensible a sinais externos e, en resposta a eles transmite estes sinais ao resto do complexo de transcrición, causando un aumento ou diminución da expresión do xene. Ademais, o dominio de unión ao ADN e os dominios sensible ao sinal poden encontrarse en proteínas separadas que se asocian ao complexo de transcrición para regular así a expresión xénica.

Dominio de transactivación[editar | editar a fonte]

Os dominios de transactivación (TADs) denomínanse así pola súa composición en aminoácidos. Estes aminoácidos son esenciais para a súa actividade ou simplemente os máis abundantes no TAD. A transactivación polo sistema do factor de transcrición Gal4 está mediada por aminoácidos de carácter ácido, e no sistema Gcn4 son os residuos de carácter hidrofóbico os que xogan un papel similar. Xa que logo, os dominios de transactivación en Gal4 e Gcn4 denomínanse dominios de activación ácidos ou hidrofóbicos, respectivamente. [40]

Un dominio de transactivación de nove aminoácidos (9aaTAD) define un novo dominio común a unha gran superfamilia de factores de transcrición eucarióticos representados por Gal4, Oaf1, Leu3, Rtg3, Pho4, Gln3, Gcn4 nos lévedos, e por p53, NFAT, NF-κB e VP16 en mamíferos. [41] A predición de 9aa TADs (ácidos ou hidrofóbicos) está dispoñible en rede en ExPASy [42] e en EMBnet Spain [43]

Os factores de transcrición de tipo 9aaTAD p53, VP16, MLL, E2A, HSF1, NF-IL6, NFAT1 e NF-κB interaccionan directamente cos coactivadores xerais TAF9 e CBP/p300. [44] p53 9aaTADs interact with TAF9, GCN5 and with multiple domains of CBP/p300 (KIX, TAZ1,TAZ2 and IBiD).[45]

O dominio KIX dos coactivadores xerais Med15(Gal11) interacciona cos factores de transcrición do tipo 9aaTAD Gal4, Pdr1, Oaf1, Gcn4, VP16, Pho4, Msn2, Ino2 e P201. [46] Atopáronse interaccións de Gal4, Pdr1 e Gcn4 con Taf9. [47] 9aaTAD é un dominio de transactivación común que recruta múltiples coactivadores xerais como TAF9, MED15, CBP/p300 e GCN5.[48]

Piskacek TF1.jpg

Dominio de unión ao ADN[editar | editar a fonte]

Exemplo da arquitectura dun dominio: Represor da lactosa (LacI). O dominio de unión ao ADN N-terminal (indicado na figura) do represor lac únese á súa secuencia diana no ADN (dourado) no suco maior utilizando un motivo estrutural hélice-xiro-hélice. A unión da molécula efectora (en verde) ocorre no dominio central (indicado), que é un dominio sensible ao sinal. Isto desencadea unha resposta alostérica mediada pola rexión de enlace (linker) (tamén indicada).

A porción (dominio) do factor de transcrición que se une ao ADN denomínase dominio de unión ao ADN. Debaixo hai unha lista parcial dalgunhas das maiores familias de dominios de unión ao ADN/factores de transcrición:

Familia InterPro Pfam SCOP
hélice-bucle-hélice básica[49] IPR001092 PF00010 47460
cremalleira de leucina básica (bZIP)[50] IPR004827 PF00170 57959
dominio efector C-terminal dos reguladores da resposta bipartitos IPR001789 PF00072 46894
GCC box 54175
hélice-xiro-hélice[51]
proteínas homeodominio. Unidas ás secuencias homeobox do ADN, as cales á súa vez codifican outros factores de transcrición. As proteínas homeodominio xogan papeis críticos na regulación do desenvolvemento do organismo.[52] IPR009057 PF00046 46689
do tipo do represor lambda IPR010982 47413
do tipo srf (factor de resposta sérico) IPR002100 PF00319 55455
caixa apareada (paired box) [53]
hélice alada IPR013196 PF08279 46785
dedos de cinc [54]
* dedos de cinc Cys2His2 multidominio [55] IPR007087 PF00096 57667
* Zn2/Cys6 57701
* dedo de cinc do receptor nuclear Zn2/Cys8 IPR001628 PF00105 57716

Elementos de resposta[editar | editar a fonte]

A secuencia do ADN á que se une un factor de transcrición chámase sitio de unión do factor de transcrición ou elemento de resposta. [56]

Os factores de transcrición interaccionan cos seus sitios de unión utilizando unha combinación de atracción electrostática (como as pontes de hidróxeno) e forzas de Van der Waals. Debido á natureza destas interaccións químicas, a maioría dos factores de transcrición únense ao ADN dun modo específico de secuencia. Porén, non todas as bases do sitio de unión do factor de transcrición poden realmente interaccionar co factor de transcrición. Ademais, algunhas destas interaccións poden ser máis febles ca outras. Así, os factores de transcrición non se unen só a unha secuencia, senón que poden unirse a un conxunto de secuencias moi similares, a cada unha das cales cunha diferente forza de interacción.

Por exemplo, aínda que o sitio de unión de consenso para a proteína de unión á TATA (TBP) é TATAAAA, o factor de transcrición da proteína de unión á TATA pode tamén unirse a secuencias similares como TATATAT ou TATATAA.

Dado que os factores de transcrición poden unirse a un conxunto de secuencias similares e estas secuencias son xeralmente curtas, poden aparecer por casualidade sitios de unión de factores de transcrición potenciais se a secuencia do ADN é longa dabondo. Porén, é improbable que un factor de transcrición se una a todas as secuencias compatibles do xenoma da célula. Outras restricións, como a accesibilidade ao ADN da célula ou a dispoñibilidade de cofactores pode tamén axudar a determinar o lugar onde se unirá un factor de transcrición. Así, dada a secuencia xenómica é aínda difícil de predicir onde se unirá un factor de transcrición nunha célula.

Pode obterse unha especificidade de recoñecemento adicional utilizando máis dun dominio de unión ao ADN (por exemplo sitios de unión ao ADN en tándem no mesmo factor de transcrición ou por medio da dimerización de dous factores de transcrición) que se unen a dúas ou máis secuencias do ADN adxacentes.

Importancia clínica[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición son importantes en medicina por dúas razóns: (1) as mutacións nestes factores poden ser asociados con determinadas enfermidades, e (2) os factores poden ser a diana de certos medicamentos.

Trastornos[editar | editar a fonte]

Algunhas doenzas humanas están asociadas a mutacións nos factores de transcrición, debido aos seus importantes papeis no desenvolvemento, sinalización intercelular, e ciclo celular. [57]

Moitos factores de transcrición son supresores de tumores ou oncoxenes, e, as mutacións ou a regulación anormal neles está asociada co cancro. Coñécense tres grupos de factores de transcrición que son importantes no cancro humano: (1) as familias NF-kappaB e AP-1, (2) a familia STAT e (3) os receptores de hormonas esteroides. [58]

Na táboa indícanse algúns exemplos que foron ben estudados:

Condición Descrición Locus
Síndrome de Rett As mutacións no factor de transcrición MECP2 están asociadas coa síndrome de Rett, un transtorno do desenvolvemento neural. [59][60] Xq28
Diabetes Unha forma rara de diabetes chamada MODY (Maturity onset diabetes of the young) pode estar causada por mutacións nos factores nucleares do hepatocito (HNFs) [61] ou no factor-1 promotor da insulina (IPF1/Pdx1).[62] múltiple
Dispraxia verbal do desenvolvemento As mutacións no factor de transcrición FOXP2 están asociadas coa dispraxia verbal do desenvolvemento, unha doenza na cal os afectados non poden coordinar con precisión os movementos requiridos para falar. [63] 7q31
Enfermidades autoinmunes As mutacións no factor de transcrición FOXP3 causan unha rara forma de enfermidade autoinmune chamada IPEX.[64] Xp11.23-q13.3
Síndrome de Li-Fraumeni Causado por mutacións no supresor de tumores p53. [65] 17p13.1
Cancro de mama A familia de proteínas STAT é relevante no cancro de mama. [66] múltiple
Cancros múltiples A familia HOX está implicada en varios tipos de cancro. [67] múltiple

Dianas potenciais de medicamentos[editar | editar a fonte]

Aproximadamente o 10% dos fármacos prescritos actualmente teñen como dianas directas os factores de transcrición da clase dos receptores nucleares. [68] Exemplos son o tamoxifen e bicalutamide para o tratamento do cancro de mama e o de próstata, respectivamente, e varios tipos de antiinflamatorios e esteroides anabólicos. [69] Ademais, os factores de transcrición están a miúdo modulados indirectamente por fármacos por medio de cascadas de sinalización. Nos tratamentos sería posible tomar como obxectivo outros factores de transcrición menos explorados como NF-κB con novos fármacos. [70][71][72][73] Os factores de transcrición que non pertencen á familia dos receptores nucleares crese que son máis difíciles de alcanzar con pequenas moléculas terapéuticas, pero estanse a facer progresos na vía de sinalización notch. [74]

Análise[editar | editar a fonte]

Hai diferentes tecnoloxías aplicables para a análise de factores de transcrición. No nivel xenómico, utilízanse comunmente a secuenciación do ADN [75] e a investigación de bases de datos. A versión proteica concreta do factor de transcrición pode detectarse utilizando anticorpos específicos. A mostra detéctase coa técnica da western blot. Utilizando o ensaio de cambio da mobilidade electroforética (EMSA),[76] pode detectarse o perfil de activación do factor de transcrición. Unha aproximación múltiplex para o estudo do perfil de activación é o sistema de chip TF no que poden detectarse varios factores de transcrición en paralelo. Esta tecnoloxía está baseada nas micromatrices de ADN (microarrays), que proporcionan a secuencia específica de unión ao ADN para o factor de transcrición na superficie da matriz. [77]

Clases[editar | editar a fonte]

Como se describe con máis detalle máis abaixo, os factores de transcrición poden clasificarse polo seu (1) mecanismo de acción, (2) función reguladora, ou (3) homoloxía de secuencia (e, por tanto, semellanza estrutural) nos seus dominios de unión ao ADN.

Clasificación polo mecanismo de acción[editar | editar a fonte]

Hai tres clases de factores de transcrición segundo o seu mecanismo de acción:

Exemplos de factores de transcrición específicos[79]
Factor Tipo estrutural Secuencia de recoñecemento Únese como
SP1 Dedo de cinc 5'-GGGCGG-3' Monómero
AP-1 Cremalleira básica 5'-TGA(G/C)TCA-3' Dímero
C/EBP Cremalleira básica 5'-ATTGCGCAAT-3' Dímero
Factor de choque térmico Cremalleira básica 5'-XGAAX-3' Trímero
ATF/CREB Cremalleira básica 5'-TGACGTCA-3' Dímero
c-Myc Hélice básica-bucle-hélice 5'-CACGTG-3' Dímero
Oct-1 Hélice-xiro-hélice 5'-ATGCAAAT-3' Monómero
NF-1 Novo 5'-TTGGCXXXXXGCCAA-3' Dímero

(G/C) = G ou C
X = A, T, G ou C

Clasificación funcional[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición clasifícanse de acordo coa súa función regulatoria en: [8]

  • I. Constitutivamente activos. Presentes en todas as células en todo momento. Por exemplo: factores de transcrición xeral, Sp1, NF1, CCAAT.
  • II. Condicionalmente activos. Requiren activación.
    • II.A Do desenvolvemento (específicos de celulas). A súa expresión está estreitamente controlada, pero, unha vez expresados, non requiren unha activación adicional. Por exemplo: GATA, HNF, PIT-1, MyoD, Myf5, Hox, Hélice alada.
    • II.B Dependentes de sinal. Requiren un sinal externo para a súa activación.
      • II.B.1 Dependentes dun ligando extracelular (endócrino ou parácrino). Por exemplo, os receptores nucleares.
      • II.B.2 Dependentes dun ligando intracelular (autócrino). Activados por pequenas moléculas intracelulares. Por exemplo: SREBP, p53, receptores nucleares orfos.
      • II.B.3 Dependentes de receptores da membrana plasmática. Activados por cascadas de sinalización de segundos mensaxeiros que orixinan a fosforilación do factor de transcrición.
        • II.B.3.a Factores nucleares residentes. Residen no núcleo sen ter en conta o estado de activación no que se encontren. Por exemplo: CREB, AP-1, Mef2.
        • II.B.3.b Factores citoplasmáticos latentes. As formas inactivas residen no citoplasma, pero cando se activan diríxense ao núcleo. Por exemplo: STAT, R-SMAD, NF-κB, Notch, TUBBY, NFAT.

Clasificación estrutural[editar | editar a fonte]

Os factores de transcrición clasifícanse con frecuencia baseándose na similaridade das súas secuencias e, por tanto, na estrutura terciaria dos seus dominios de unión ao ADN. Distínguense os seguintes grupos:[80][81][82]

  • 1 Superclase: Dominios básicos
    • 1.1 Clase: Factores cremalleira de leucina (bZIP)
      • 1.1.1 Familia: compoñentes do tipo AP-1; como (c-Fos/c-Jun)
      • 1.1.2 Familia: CREB
      • 1.1.3 Familia: factores do tipo C/EBP
      • 1.1.4 Familia: bZIP / PAR
      • 1.1.5 Familia: Factores de unión á caixa G de plantas
      • 1.1.6 Familía: ZIP só
    • 1.2 Clase: Factores hélice-bucle-hélice (bHLH)
      • 1.2.1 Familia: Factores ubicuos (clase A)
      • 1.2.2 Familia: Factores de transcrición mioxénica (MyoD)
      • 1.2.3 Familia: Achaete-Scute
      • 1.2.4 Familia: Tal/Twist/Atonal/Hen
    • 1.3 Clase: factores hélice-bucle-hélice / cremalleira de leucina (bHLH-ZIP)
    • 1.4 Clase: NF-1
      • 1.4.1 Familia: NF-1 (A, B, C, X)
    • 1.5 Clase: RF-X
      • 1.5.1 Familia: RF-X (1, 2, 3, 4, 5, ANK)
    • 1.6 Clase: bHSH
  • 2 Superclase: dominios de unión ao ADN coordinadores de cinc
  • 3 Superclase: Hélice-xiro-hélice
    • 3.1 Clase: Dominio homeo
      • 3.1.1 Familia: Dominio homeo só, como Ubx
      • 3.1.2 Familia: Factores con dominio POU, como Oct
      • 3.1.3 Familia: Dominio homeo con rexión LIM
      • 3.1.4 Familia: Dominio homeo e motivos dedo de cinc
    • 3.2 Clase: Caixa apareada (paired box)
      • 3.2.1 Familia: Apareada (paired) e dominio homeo
      • 3.2.2 Familia: Dominio apareado só
    • 3.3 Clase: Fork head / hélice alada
      • 3.3.1 Familia: Reguladores de desenvolvemento, como forkhead
      • 3.3.2 Familia: Reguladores específicos de tecidos
      • 3.3.3 Familia: Factores que controlan o ciclo celular
      • 3.3.0 Familia: Outros reguladores
    • 3.4 Clase: Factores de choque térmico
      • 3.4.1 Familia: HSF
    • 3.5 Clase: Cústeres de triptófano
    • 3.6 Clase: Dominio TEA (factor de amplificador transcricional)
  • 4 Superclase: Factores de armazón beta con contactos no suco menor
    • 4.1 Clase: RHR (rexión de homoloxía Rel)
    • 4.2 Clase: STAT
      • 4.2.1 Familia: STAT
    • 4.3 Clase: p53
      • 4.3.1 Familia: p53
    • 4.4 Clase: caixa MADS
      • 4.4.1 Familia: Reguladores de diferenciación, como (Mef2)
      • 4.4.2 Familia: Respondedores de sinais externos, SRF (factor de resposta sérico)
      • 4.4.3 Familia: Reguladores metabólicos (ARG80)
    • 4.5 Clase: Factores de transcrición barril beta alfa-hélice
    • 4.6 Class: proteínas de unión á TATA
      • 4.6.1 Familia: proteínas de unión á tata (TBP)
    • 4.7 Clase: HMG-box
      • 4.7.1 Familia: xenes SOX, SRY
      • 4.7.2 Familia: TCF-1 (TCF1)
      • 4.7.3 Familia: relacionados con HMG2, SSRP1
      • 4.7.5 Familia: MATA
    • 4.8 Clase: Factores heteroméricos CCAAT
      • 4.8.1 Familia: Factores heteroméricos CCAAT
    • 4.9 Clase: Grainyhead
      • 4.9.1 Familia: Grainyhead
    • 4.10 Clase: Factores con dominio choque frío (Cold-shock domain)
      • 4.10.1 Familia: csd
    • 4.11 Clase: Runt
      • 4.11.1 Familia: Runt
  • 0 Superclase: Outros factores de transcrición
    • 0.1 Clase: Proteínas puño de cobre
    • 0.2 Clase: HMGI(Y) (HMGA1)
      • 0.2.1 Familia: HMGI(Y)
    • 0.3 Clase: Dominio peto (pocket)
    • 0.4 Clase: factores tipo E1A
    • 0.5 Clase: Factores AP2/relacionados con EREBP
      • 0.5.1 Familia: AP2
      • 0.5.2 Familia: EREBP
      • 0.5.3 Superfamilia: AP2/B3
        • 0.5.3.1 Familia: ARF
        • 0.5.3.2 Familia: ABI
        • 0.5.3.3 Familia: RAV

Notas[editar | editar a fonte]

  1. 1,0 1,1 Latchman DS (1997). "Transcription factors: an overview". Int. J. Biochem. Cell Biol. 29 (12): 1305–12. DOI:10.1016/S1357-2725(97)00085-X. PMID 9570129. 
  2. Karin M (1990). "Too many transcription factors: positive and negative interactions". New Biol. 2 (2): 126–31. PMID 2128034. 
  3. Roeder RG (1996). "The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II". Trends Biochem. Sci. 21 (9): 327–35. DOI:10.1016/0968-0004(96)10050-5. PMID 8870495. 
  4. Nikolov DB, Burley SK (1997). "RNA polymerase II transcription initiation: A structural view". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (1): 15–22. DOI:10.1073/pnas.94.1.15. PMC 33652. PMID 8990153. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=33652. 
  5. Lee TI, Young RA (2000). "Transcription of eukaryotic protein-coding genes". Annu. Rev. Genet. 34: 77–137. DOI:10.1146/annurev.genet.34.1.77. PMID 11092823. 
  6. Mitchell PJ, Tjian R (1989). "Transcriptional regulation in mammalian cells by sequence-specific DNA binding proteins". Science 245 (4916): 371–8. DOI:10.1126/science.2667136. PMID 2667136. 
  7. Ptashne M, Gann A (1997). "Transcriptional activation by recruitment". Nature 386 (6625): 569–77. DOI:10.1038/386569a0. PMID 9121580. 
  8. 8,0 8,1 8,2 Brivanlou AH, Darnell JE (2002). "Signal transduction and the control of gene expression". Science 295 (5556): 813–8. DOI:10.1126/science.1066355. PMID 11823631. 
  9. van Nimwegen E (2003). "Scaling laws in the functional content of genomes". Trends Genet. 19 (9): 479–84. DOI:10.1016/S0168-9525(03)00203-8. PMID 12957540. 
  10. Babu MM, Luscombe NM, Aravind L, Gerstein M, Teichmann SA (2004). "Structure and evolution of transcriptional regulatory networks". Curr. Opin. Struct. Biol. 14 (3): 283–91. DOI:10.1016/j.sbi.2004.05.004. PMID 15193307. 
  11. Gill G (2001). "Regulation of the initiation of eukaryotic transcription". Essays Biochem. 37: 33–43. PMID 11758455. 
  12. Narlikar GJ, Fan HY, Kingston RE (February 2002). "Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription". Cell 108 (4): 475–87. DOI:10.1016/S0092-8674(02)00654-2. PMID 11909519. 
  13. Xu L, Glass CK, Rosenfeld MG (April 1999). "Coactivator and corepressor complexes in nuclear receptor function". Curr. Opin. Genet. Dev. 9 (2): 140–7. DOI:10.1016/S0959-437X(99)80021-5. PMID 10322133. 
  14. Robert O. J. Weinzierl (1999). Mechanisms of Gene Expression: Structure, Function and Evolution of the Basal Transcriptional Machinery. ISBN 1-86094-126-5. 
  15. Reese JC (April 2003). "Basal transcription factors". Current opinion in genetics & development 13 (2): 114–8. DOI:10.1016/S0959-437X(03)00013-3. PMID 12672487. 
  16. Shilatifard A, Conaway RC, Conaway JW (2003). "The RNA polymerase II elongation complex". Annual review of biochemistry 72: 693–715. DOI:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161551. PMID 12676794. 
  17. Thomas MC, Chiang CM (2006). "The general transcription machinery and general cofactors". Critical reviews in biochemistry and molecular biology 41 (3): 105–78. DOI:10.1080/10409230600648736. PMID 16858867. 
  18. Lobe CG (1992). "Transcription factors and mammalian development". Current topics in developmental biology. Current Topics in Developmental Biology 27: 351–83. DOI:10.1016/S0070-2153(08)60539-6. ISBN 978-0-12-153127-0. PMID 1424766. 
  19. Lemons D, McGinnis W (September 2006). "Genomic evolution of Hox gene clusters". Science 313 (5795): 1918–22. DOI:10.1126/science.1132040. PMID 17008523. 
  20. Moens CB, Selleri L (March 2006). "Hox cofactors in vertebrate development". Developmental biology 291 (2): 193–206. DOI:10.1016/j.ydbio.2005.10.032. PMID 16515781. 
  21. Ottolenghi C, Uda M, Crisponi L, Omari S, Cao A, Forabosco A, Schlessinger D (January 2007). "Determination and stability of sex". BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology 29 (1): 15–25. DOI:10.1002/bies.20515. PMID 17187356. 
  22. Pawson T (1993). "Signal transduction--a conserved pathway from the membrane to the nucleus". Developmental genetics 14 (5): 333–8. DOI:10.1002/dvg.1020140502. PMID 8293575. 
  23. Osborne CK, Schiff R, Fuqua SA, Shou J (December 2001). "Estrogen receptor: current understanding of its activation and modulation". Clin. Cancer Res. 7 (12 Suppl): 4338s–4342s; discussion 4411s–4412s. PMID 11916222. 
  24. Shamovsky I, Nudler E (March 2008). "New insights into the mechanism of heat shock response activation". Cell. Mol. Life Sci. 65 (6): 855–61. DOI:10.1007/s00018-008-7458-y. PMID 18239856. 
  25. Benizri E, Ginouvès A, Berra E (April 2008). "The magic of the hypoxia-signaling cascade". Cell. Mol. Life Sci. 65 (7–8): 1133–49. DOI:10.1007/s00018-008-7472-0. PMID 18202826. 
  26. Weber LW, Boll M, Stampfl A (November 2004). "Maintaining cholesterol homeostasis: sterol regulatory element-binding proteins". World J. Gastroenterol. 10 (21): 3081–7. PMID 15457548. http://www.wjgnet.com/1007-9327/10/3081.asp. 
  27. Wheaton K, Atadja P, Riabowol K (1996). "Regulation of transcription factor activity during cellular aging". Biochem. Cell Biol. 74 (4): 523–34. DOI:10.1139/o96-056. PMID 8960358. 
  28. Meyyappan M, Atadja PW, Riabowol KT (1996). "Regulation of gene expression and transcription factor binding activity during cellular aging". Biol. Signals 5 (3): 130–8. DOI:10.1159/000109183. PMID 8864058. 
  29. Evan G, Harrington E, Fanidi A, Land H, Amati B, Bennett M (August 1994). "Integrated control of cell proliferation and cell death by the c-myc oncogene". Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci. 345 (1313): 269–75. DOI:10.1098/rstb.1994.0105. PMID 7846125. 
  30. Boch J, Bonas U (2010). "XanthomonasAvrBs3 Family-Type III Effectors: Discovery and Function". Annual Review of Phytopathology 48: 419–436. DOI:10.1146/annurev-phyto-080508-081936. PMID 19400638. 
  31. Moscou MJ, Bogdanove AJ (December 2009). "A simple cipher governs DNA recognition by TAL effectors". Science 326 (5959): 1501. Bibcode 2009Sci...326.1501M. DOI:10.1126/science.1178817. PMID 19933106. 
  32. Boch J, Scholze H, Schornack S et al. (December 2009). "Breaking the code of DNA binding specificity of TAL-type III effectors". Science 326 (5959): 1509–12. DOI:10.1126/science.1178811. PMID 19933107. 
  33. Voytas DF, Joung JK (December 2009). "Plant science. DNA binding made easy". Science 326 (5959): 1491–2. DOI:10.1126/science.1183604. PMID 20007890. 
  34. 34,0 34,1 Whiteside ST, Goodbourn S (April 1993). "Signal transduction and nuclear targeting: regulation of transcription factor activity by subcellular localisation". Journal of Cell Science 104 (4): 949–55. PMID 8314906. 
  35. Bohmann D (November 1990). "Transcription factor phosphorylation: a link between signal transduction and the regulation of gene expression". Cancer cells (Cold Spring Harbor, N.Y. : 1989) 2 (11): 337–44. PMID 2149275. 
  36. Weigel NL, Moore NL (2007). "Steroid Receptor Phosphorylation: A Key Modulator of Multiple Receptor Functions". Molecular Endocrinology 21 (10): 2311–9. DOI:10.1210/me.2007-0101. PMID 17536004. 
  37. Teif V.B., Rippe K. (2009). "Predicting nucleosome positions on the DNA: combining intrinsic sequence preferences and remodeler activities". Nucleic Acids Research 37 (17): 5641–55. DOI:10.1093/nar/gkp610. PMC 2761276. PMID 19625488. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2761276. 
  38. Teif V.B., Rippe K.; Rippe (2010). "Statistical-mechanical lattice models for protein-DNA binding in chromatin". Journal of Physics: Condensed Matter 22 (41): 4105. arXiv:1004.5514. Bibcode 2010JPCM...22O4105T. DOI:10.1088/0953-8984/22/41/414105. 
  39. Wärnmark A, Treuter E, Wright AP, Gustafsson J-Å (2003). "Activation functions 1 and 2 of nuclear receptors: molecular strategies for transcriptional activation". Mol. Endocrinol. 17 (10): 1901–9. DOI:10.1210/me.2002-0384. PMID 12893880. 
  40. Ma J, Ptashne M (October 1987). "A new class of yeast transcriptional activators". Cell 51 (1): 113–9. DOI:10.1016/0092-8674(87)90015-8. PMID 3115591.  Sadowski I, Ma J, Triezenberg S, Ptashne M (October 1988). "GAL4-VP16 is an unusually potent transcriptional activator". Nature 335 (6190): 563–4. DOI:10.1038/335563a0. PMID 3047590.  Sullivan SM, Horn PJ, Olson VA, Koop AH, Niu W, Ebright RH, Triezenberg SJ (October 1998). "Mutational analysis of a transcriptional activation region of the VP16 protein of herpes simplex virus". Nucleic Acids Res. 26 (19): 4487–96. DOI:10.1093/nar/26.19.4487. PMC 147869. PMID 9742254. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=147869. Gill G, Ptashne M (October 1987). "Mutants of GAL4 protein altered in an activation function". Cell 51 (1): 121–6. DOI:10.1016/0092-8674(87)90016-X. PMID 3115592.  Hope IA, Mahadevan S, Struhl K (June 1988). "Structural and functional characterization of the short acidic transcriptional activation region of yeast GCN4 protein". Nature 333 (6174): 635–40. DOI:10.1038/333635a0. PMID 3287180.  Hope IA, Struhl K (September 1986). "Functional dissection of a eukaryotic transcriptional activator protein, GCN4 of yeast". Cell 46 (6): 885–94. DOI:10.1016/0092-8674(86)90070-X. PMID 3530496.  Drysdale CM, Dueñas E, Jackson BM, Reusser U, Braus GH, Hinnebusch AG (March 1995). "The transcriptional activator GCN4 contains multiple activation domains that are critically dependent on hydrophobic amino acids". Mol. Cell. Biol. 15 (3): 1220–33. PMC 230345. PMID 7862116. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=230345.  Regier JL, Shen F, Triezenberg SJ (February 1993). "Pattern of aromatic and hydrophobic amino acids critical for one of two subdomains of the VP16 transcriptional activator". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90 (3): 883–7. DOI:10.1073/pnas.90.3.883. PMC 45774. PMID 8381535. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=45774. 
  41. Piskacek S, Gregor M, Nemethova M, Grabner M, Kovarik P, Piskacek M (June 2007). "Nine-amino-acid transactivation domain: establishment and prediction utilities". Genomics 89 (6): 756–68. DOI:10.1016/j.ygeno.2007.02.003. PMID 17467953. ;
    Martin Piskacek, Nature Precedings http://precedings.nature.com/documents/3488/version/2 (2009);
    Martin Piskacek, Nature Precedings http://precedings.nature.com/documents/3939/version/1 (2009);
    Martin Piskacek, Nature Precedings http://precedings.nature.com/documents/3984/version/1 (2009)
  42. http://us.expasy.org/tools/
  43. http://www.es.embnet.org/Services/EMBnetAT/htdoc/9aatad/
  44. Uesugi M, Verdine GL (December 1999). "The alpha-helical FXXΦΦ motif in p53: TAF interaction and discrimination by MDM2". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (26): 14801–6. DOI:10.1073/pnas.96.26.14801. PMC 24728. PMID 10611293. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=24728. ; Uesugi M, Nyanguile O, Lu H, Levine AJ, Verdine GL (August 1997). "Induced alpha helix in the VP16 activation domain upon binding to a human TAF". Science 277 (5330): 1310–3. DOI:10.1126/science.277.5330.1310. PMID 9271577. ; Choi Y, Asada S, Uesugi M (May 2000). "Divergent hTAFII31-binding motifs hidden in activation domains". J. Biol. Chem. 275 (21): 15912–6. DOI:10.1074/jbc.275.21.15912. PMID 10821850. ; Lee CW, Arai M, Martinez-Yamout MA, Dyson HJ, Wright PE (March 2009). "Mapping the interactions of the p53 transactivation domain with the KIX domain of CBP". Biochemistry 48 (10): 2115–24. DOI:10.1021/bi802055v. PMC 2765525. PMID 19220000. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2765525. ; Goto NK, Zor T, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Wright PE (November 2002). "Cooperativity in transcription factor binding to the coactivator CREB-binding protein (CBP). The mixed lineage leukemia protein (MLL) activation domain binds to an allosteric site on the KIX domain". J. Biol. Chem. 277 (45): 43168–74. DOI:10.1074/jbc.M207660200. PMID 12205094. ; Radhakrishnan I, Pérez-Alvarado GC, Parker D, Dyson HJ, Montminy MR, Wright PE (December 1997). "Solution structure of the KIX domain of CBP bound to the transactivation domain of CREB: a model for activator:coactivator interactions". Cell 91 (6): 741–52. DOI:10.1016/S0092-8674(00)80463-8. PMID 9413984. ; Zor T, Mayr BM, Dyson HJ, Montminy MR, Wright PE (November 2002). "Roles of phosphorylation and helix propensity in the binding of the KIX domain of CREB-binding protein by constitutive (c-Myb) and inducible (CREB) activators". J. Biol. Chem. 277 (44): 42241–8. DOI:10.1074/jbc.M207361200. PMID 12196545. ; Brüschweiler S, Schanda P, Kloiber K, Brutscher B, Kontaxis G, Konrat R, Tollinger M (March 2009). "Direct observation of the dynamic process underlying allosteric signal transmission". J. Am. Chem. Soc. 131 (8): 3063–8. DOI:10.1021/ja809947w. PMID 19203263. ; Liu GH, Qu J, Shen X (May 2008). "NF-kappaB/p65 antagonizes Nrf2-ARE pathway by depriving CBP from Nrf2 and facilitating recruitment of HDAC3 to MafK". Biochim. Biophys. Acta 1783 (5): 713–27. DOI:10.1016/j.bbamcr.2008.01.002. PMID 18241676. ; Bayly R, Murase T, Hyndman BD, Savage R, Nurmohamed S, Munro K, Casselman R, Smith SP, LeBrun DP (September 2006). "Critical role for a single leucine residue in leukemia induction by E2A-PBX1". Mol. Cell. Biol. 26 (17): 6442–52. DOI:10.1128/MCB.02025-05. PMC 1592826. PMID 16914730. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1592826. ; García-Rodríguez C, Rao A (June 1998). "Nuclear factor of activated T cells (NFAT)-dependent transactivation regulated by the coactivators p300/CREB-binding protein (CBP)". J. Exp. Med. 187 (12): 2031–6. DOI:10.1084/jem.187.12.2031. PMC 2212364. PMID 9625762. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2212364. ; Mink S, Haenig B, Klempnauer KH (November 1997). "Interaction and functional collaboration of p300 and C/EBPbeta". Mol. Cell. Biol. 17 (11): 6609–17. PMC 232514. PMID 9343424. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=232514. ; Piskacek S, Gregor M, Nemethova M, Grabner M, Kovarik P, Piskacek M (June 2007). "Nine-amino-acid transactivation domain: establishment and prediction utilities". Genomics 89 (6): 756–68. DOI:10.1016/j.ygeno.2007.02.003. PMID 17467953. 
  45. Teufel DP, Freund SM, Bycroft M, Fersht AR (April 2007). "Four domains of p300 each bind tightly to a sequence spanning both transactivation subdomains of p53". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (17): 7009–14. DOI:10.1073/pnas.0702010104. PMC 1855428. PMID 17438265. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1855428. Teufel DP, Bycroft M, Fersht AR (May 2009). "Regulation by phosphorylation of the relative affinities of the N-terminal transactivation domains of p53 for p300 domains and Mdm2". Oncogene 28 (20): 2112–8. DOI:10.1038/onc.2009.71. PMC 2685776. PMID 19363523. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2685776. Feng H, Jenkins LM, Durell SR, Hayashi R, Mazur SJ, Cherry S, Tropea JE, Miller M, Wlodawer A, Appella E, Bai Y (February 2009). "Structural Basis for p300 Taz2/p53 TAD1 Binding and Modulation by Phosphorylation". Structure 17 (2): 202–10. DOI:10.1016/j.str.2008.12.009. PMC 2705179. PMID 19217391. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2705179. Ferreon JC, Lee CW, Arai M, Martinez-Yamout MA, Dyson HJ, Wright PE (April 2009). "Cooperative regulation of p53 by modulation of ternary complex formation with CBP/p300 and HDM2". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106 (16): 6591–6. DOI:10.1073/pnas.0811023106. PMC 2672497. PMID 19357310. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2672497. Gamper AM, Roeder RG (April 2008). "Multivalent Binding of p53 to the STAGA Complex Mediates Coactivator Recruitment after UV Damage". Mol. Cell. Biol. 28 (8): 2517–27. DOI:10.1128/MCB.01461-07. PMC 2293101. PMID 18250150. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2293101. 
  46. T. Fukasawa, M. Fukuma, K. Yano, and H. Sakurai, DNA Res 8 (1), 23 (2001); L. Badi and A. Barberis, Mol Genet Genomics 265 (6), 1076 (2001); Y. J. Kim, S. Bjorklund, Y. Li, M. H. Sayre, and R. D. Kornberg, Cell 77 (4), 599 (1994); Y. Suzuki, Y. Nogi, A. Abe, and T. Fukasawa, Mol Cell Biol 8 (11), 4991 (1988); J. S. Fassler and F. Winston, Mol Cell Biol 9 (12), 5602 (1989); J. M. Park, H. S. Kim, S. J. Han, M. S. Hwang, Y. C. Lee, and Y. J. Kim, Mol Cell Biol 20 (23), 8709 (2000); Z. Lu, A. Z. Ansari, X. Lu, A. Ogirala, and M. Ptashne, Proc Natl Acad Sci U S A 99 (13), 8591 (2002); M. J. Swanson, H. Qiu, L. Sumibcay et al., Mol Cell Biol 23 (8), 2800 (2003); G. O. Bryant and M. Ptashne, Mol Cell 11 (5), 1301 (2003); J. Fishburn, N. Mohibullah, and S. Hahn, Mol Cell 18 (3), 369 (2005); M. K. Lim, V. Tang, A. Le Saux, J. Schuller, C. Bongards, and N. Lehming, J Mol Biol 374 (1), 9 (2007); S. Lallet, H. Garreau, C. Garmendia-Torres, D. Szestakowska, E. Boy-Marcotte, S. Quevillon-Cheruel, and M. Jacquet, Molecular microbiology 62 (2), 438 (2006); M. Dietz, W. T. Heyken, J. Hoppen, S. Geburtig, and H. J. Schuller, Molecular microbiology 48 (4), 1119 (2003); T. Mizuno and S. Harashima, Mol Genet Genomics 269 (1), 68 (2003); J. K. Thakur, H. Arthanari, F. Yang et al., Nature 452 (7187), 604 (2008); J. K. Thakur, H. Arthanari, F. Yang, K. H. Chau, G. Wagner, and A. M. Naar, J Biol Chem 284 (7), 4422 (2009).
  47. J. Klein, M. Nolden, S. L. Sanders, J. Kirchner, P. A. Weil, and K. Melcher, J Biol Chem 278 (9), 6779 (2003).C. M. Drysdale, E. Duenas, B. M. Jackson, U. Reusser, G. H. Braus, and A. G. Hinnebusch, Mol Cell Biol 15 (3), 1220 (1995); E. Milgrom, R. W. West, Jr., C. Gao, and W. C. Shen, Genetics 171 (3), 959 (2005).
  48. Martin Piskacek, Nature Precedings http://precedings.nature.com/documents/3488/version/2 (2009); Martin Piskacek, Nature Precedings doi 10.1038/npre.2009.3939.1 (2009); S. Piskacek, M. Gregor, M. Nemethova, M. Grabner, P. Kovarik, and M. Piskacek, Genomics 89 (6), 756 (2007).
  49. Littlewood TD, Evan GI (1995). "Transcription factors 2: helix-loop-helix". Protein profile 2 (6): 621–702. PMID 7553065. 
  50. Vinson C, Myakishev M, Acharya A, Mir AA, Moll JR, Bonovich M (September 2002). "Classification of Human B-ZIP Proteins Based on Dimerization Properties". Molecular and Cellular Biology 22 (18): 6321–35. DOI:10.1128/MCB.22.18.6321-6335.2002. PMC 135624. PMID 12192032. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=135624. 
  51. Wintjens R, Rooman M (September 1996). "Structural classification of HTH DNA-binding domains and protein-DNA interaction modes". Journal of Molecular Biology 262 (2): 294–313. DOI:10.1006/jmbi.1996.0514. PMID 8831795. 
  52. Gehring WJ, Affolter M, Bürglin T (1994). "Homeodomain proteins". Annual review of biochemistry 63: 487–526. DOI:10.1146/annurev.bi.63.070194.002415. PMID 7979246. 
  53. Dahl E, Koseki H, Balling R (September 1997). "Pax genes and organogenesis". BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology 19 (9): 755–65. DOI:10.1002/bies.950190905. PMID 9297966. 
  54. Laity JH, Lee BM, Wright PE (February 2001). "Zinc finger proteins: new insights into structural and functional diversity". Current opinion in structural biology 11 (1): 39–46. DOI:10.1016/S0959-440X(00)00167-6. PMID 11179890. 
  55. Wolfe SA, Nekludova L, Pabo CO (2000). "DNA recognition by Cys2His2 zinc finger proteins". Annual review of biophysics and biomolecular structure 29: 183–212. DOI:10.1146/annurev.biophys.29.1.183. PMID 10940247. 
  56. Wang JC (March 2005). "Finding primary targets of transcriptional regulators". Cell Cycle 4 (3): 356–8. DOI:10.4161/cc.4.3.1521. PMID 15711128. http://www.landesbioscience.com/journals/cc/abstract.php?id=1521. 
  57. Semenza, Gregg L. (1999). Transcription factors and human disease. Oxford [Oxfordshire]. ISBN 0-19-511239-3. 
  58. Libermann TA, Zerbini LF (February 2006). "Targeting transcription factors for cancer gene therapy". Curr Gene Ther 6 (1): 17–33. DOI:10.2174/156652306775515501. PMID 16475943. 
  59. Moretti P, Zoghbi HY (June 2006). "MeCP2 dysfunction in Rett syndrome and related disorders". Curr. Opin. Genet. Dev. 16 (3): 276–81. DOI:10.1016/j.gde.2006.04.009. PMID 16647848. 
  60. Chadwick LH, Wade PA (April 2007). "MeCP2 in Rett syndrome: transcriptional repressor or chromatin architectural protein?". Curr. Opin. Genet. Dev. 17 (2): 121–5. DOI:10.1016/j.gde.2007.02.003. PMID 17317146. 
  61. Maestro MA, Cardalda C, Boj SF, Luco RF, Servitja JM, Ferrer J (2007). "Distinct roles of HNF1beta, HNF1alpha, and HNF4alpha in regulating pancreas development, beta-cell function and growth". Endocr Dev 12: 33–45. DOI:10.1159/0000109603 (inactivo desde o 2009-01-10). PMID 17923767. 
  62. Al-Quobaili F, Montenarh M (April 2008). "Pancreatic duodenal homeobox factor-1 and diabetes mellitus type 2 (review)". Int. J. Mol. Med. 21 (4): 399–404. PMID 18360684. http://www.spandidos-publications.com/ijmm/article.jsp?article_id=ijmm_21_4_399. 
  63. Lennon PA, Cooper ML, Peiffer DA, Gunderson KL, Patel A, Peters S, Cheung SW, Bacino CA (April 2007). "Deletion of 7q31.1 supports involvement of FOXP2 in language impairment: clinical report and review". Am. J. Med. Genet. A 143A (8): 791–8. DOI:10.1002/ajmg.a.31632. PMID 17330859. 
  64. van der Vliet HJ, Nieuwenhuis EE (2007). "IPEX as a Result of Mutations in FOXP3". Clin. Dev. Immunol. 2007: 89017. DOI:10.1155/2007/89017. PMC 2248278. PMID 18317533. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2248278. 
  65. Iwakuma T, Lozano G, Flores ER (July 2005). "Li-Fraumeni syndrome: a p53 family affair". Cell Cycle 4 (7): 865–7. DOI:10.4161/cc.4.7.1800. PMID 15917654. http://www.landesbioscience.com/journals/cc/abstract.php?id=1800. 
  66. http://ajp.amjpathol.org/cgi/content/full/165/5/1449 "Roles and Regulation of Stat Family Transcription Factors in Human Breast Cancer" 2004
  67. http://www.ias.surrey.ac.uk/reports/hox-report.html "Transcription factors as targets and markers in cancer" Workshop 2007
  68. Overington JP, Al-Lazikani B, Hopkins AL (2006). "How many drug targets are there?". Nature reviews. Drug discovery 5 (12): 993–6. DOI:10.1038/nrd2199. PMID 17139284. 
  69. Gronemeyer H, Gustafsson JA, Laudet V (November 2004). "Principles for modulation of the nuclear receptor superfamily". Nat Rev Drug Discov 3 (11): 950–64. DOI:10.1038/nrd1551. PMID 15520817. 
  70. Bustin SA, McKay IA (June 1994). "Transcription factors: targets for new designer drugs". Br. J. Biomed. Sci. 51 (2): 147–57. PMID 8049612. 
  71. Butt TR, Karathanasis SK (1995). "Transcription factors as drug targets: opportunities for therapeutic selectivity". Gene Expr. 4 (6): 319–36. PMID 7549464. 
  72. Papavassiliou AG (August 1998). "Transcription-factor-modulating agents: precision and selectivity in drug design". Mol Med Today 4 (8): 358–66. DOI:10.1016/S1357-4310(98)01303-3. PMID 9755455. 
  73. Ghosh D, Papavassiliou AG (2005). "Transcription factor therapeutics: long-shot or lodestone". Curr. Med. Chem. 12 (6): 691–701. DOI:10.2174/0929867053202197. PMID 15790306. 
  74. Moellering RE, Cornejo M, Davis TN, Del Bianco C, Aster JC, Blacklow SC, Kung AL, Gilliland DG, Verdine GL, Bradner JE (November 2009). "Direct inhibition of the NOTCH transcription factor complex". Nature 462 (7270): 182–8. DOI:10.1038/nature08543. PMC 2951323. PMID 19907488. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2951323. Lay summary – The Scientist. 
  75. EntrezGene database
  76. Wenta N, Strauss H, Meyer S, Vinkemeier U (2008). "Tyrosine phosphorylation regulates the partitioning of STAT1 between different dimer conformations". Proc Natl Acad Sci U S A 105 (27): 9238–43. DOI:10.1073/pnas.0802130105. PMC 2453697. PMID 18591661. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2453697. 
  77. Sermeus A, Cosse JP, Crespin M, Mainfroid V, de Longueville F, Ninane N, Raes M, Remacle J, Michiels C (2008). "Hypoxia induces protection against etoposide-induced apoptosis: molecular profiling of changes in gene expression and transcription factor activity". Mol Cancer 7: 27. DOI:10.1186/1476-4598-7-27. PMC 2330149. PMID 18366759. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2330149. 
  78. Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D (1996). "The general transcription factors of RNA polymerase II". Genes Dev. 10 (21): 2657–83. DOI:10.1101/gad.10.21.2657. PMID 8946909. 
  79. 79,0 79,1 Walter F., PhD. Boron (2003). Medical Physiology: A Cellular And Molecular Approaoch. Elsevier/Saunders. pp. 125–126. ISBN 1-4160-2328-3. 
  80. Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain classification of transcription factors". Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 15 (2): 276–86. PMID 15706513. http://www.jsbi.org/journal/GIW04/GIW04F028.html. 
  81. Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E (2006). "TRANSFAC® and its module TRANSCompel®: transcriptional gene regulation in eukaryotes". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D108–10. DOI:10.1093/nar/gkj143. PMC 1347505. PMID 16381825. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1347505. 
  82. "TRANSFAC database". http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html. Consultado o 2007-08-05. 

Véxase tamén[editar | editar a fonte]

Outros artigos[editar | editar a fonte]

Ligazóns externas[editar | editar a fonte]

  1. Wilson D, Charoensawan V, Kummerfeld SK, Teichmann SA (2008). "DBD––taxonomically broad transcription factor predictions: new content and functionality". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D88–92. DOI:10.1093/nar/gkm964. PMC 2238844. PMID 18073188. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2238844. 
  2. Singer, Susan R.; Gilbert, Scott F. (2006). Developmental Biology. Sunderland, Mass: Sinauer Associates. ISBN 0-87893-250-X. 
  3. Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E (January 2006). "TRANSFAC and its module TRANSCompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D108–10. DOI:10.1093/nar/gkj143. PMC 1347505. PMID 16381825. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1347505. 
  4. Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter (2004). Essential cell biology. New York: Garland Science. pp. 896 pages. ISBN 0-8153-3480-X.