Saltar ao contido

Secuenciación do xenoma completo

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
(Redirección desde «Secuenciación do xenoma»)
«Secuenciación do xenoma» redirixe aquí. Para a secuenciación dunha molécula de ADN, véxase Secuenciación do ADN.
Os electroferogramas utilízanse comunmente para secuenciar porcións dun xenoma.[1]
Imaxe dos 46 cromosomas que constitúen o xenoma diploide humano masculino. Non se mostra o cromosoma mitocondrial.

A secuenciación do xenoma completo ou do/de xenoma total ou enteiro é o proceso de determinar a secuencia completa ou case completa do ADN do xenoma dun organismo nun só experimento.[2] Isto supón secuenciar todo o ADN dos cromosomas dun organismo e tamén o ADN mitocondrial e, nas plantas e algas, o ADN do cloroplasto.

A secuenciación do xenoma completo utilizouse maiormente como ferramenta de investigación, pero tamén se introduciu nas clínicas médicas en 2014.[3][4][5] No futuro da medicina personalizada os datos de secuenciación do xenoma completo poden ser importantes ferramentas para guiar a intervención terapéutica.[6] A ferramenta da secuenciación de xenes a nivel de polimorfismos dun só nucleótido (SNP) tamén se utiliza para localizar variantes funcionais en estudos de asociación e mellorar o coñecemento dispoñible para os investigadores interesados en bioloxía evolutiva, e, por tanto, pode servir de base para predicir a susceptibilidade a enfermidades e a resposta a fármacos.

A secuenciación do xenoma completo non debería confundirse co perfil de ADN, que só determina a probabilidade de que o material xenético proceda dun determinado individuo ou grupo, e non contén información adicional sobre relacións xenéticas, orixe ou susceptibilidade a doenzas específicas.[7] Ademais, a secuenciación de xenoma completo non debería confundirse con métodos que secuencian subconxuntos específicos do xenoma, os cales incluirían a secuenciación do exoma completo (1-2% do xenoma total) ou o xenotipado de SNP (<0,1% do xenoma). En 2017 non había ningún xenoma completo secuenciado de mamíferos, incluíndo os humanos. Entre o 4% e o 9% do xenoma humano, principalmente ADN satélite, non foi aínda secuenciado.[8]

Historia

[editar | editar a fonte]
O primeiro xenoma bacteriano completo de bacteria secuenciado foi o de Haemophilus influenzae.
O verme Caenorhabditis elegans foi o primeiro animal do que se secuenciou o xenoma completo.
O xenoma completo da mosca Drosophila melanogaster secuenciouse en 2000.
Arabidopsis thaliana foi a primeira planta á que se lle secuenciou o xenoma.
O xenoma do rato de laboratorio Mus musculus publicouse en 2002.
Tardouse 10 anos coa intervención de 50 científicos de todo o mundo en secuenciar o xenoma de Elaeis guineensis (de onde se obtén o aceite de palma). Este xenoma foi especialmente difícil de secuenciar porque ten moitas secuencias repetidas, que son difíciles de organizar.[9]

Os métodos de secuenciación do ADN usados nas décadas de 1970 e 1980 eran manuais, por exemplo a secuenciación de Maxam e Gilbert e a secuenciación de Sanger. Con estas técnicas secuenciáronse varios xenomas de bacteriófagos e de virus animais, pero o paso a métodos de secuenciación automatizados e máis rápidos na década de 1990 facilitou a secuenciación de xenomas bacterianos e eucariotas máis grandes.[10]

O primeiro organismo do que se secuenciou o xenoma completo foi a bacteria Haemophilus influenzae en 1995.[11] Despois diso, secuenciáronse primeiro os xenomas doutras bacterias e algunhas arqueas, principalmente debido ao seu pequeno tamaño do xenoma. H. influenzae ten un xenoma de 1.830.140 pares de bases de ADN.[11] A diferenza delas, os eucariotas, tanto os unicelulares coma os multicelulares como Amoeba dubia e os humanos (Homo sapiens), respectivamente, teñen xenomas moito máis grandes (ver paradoxo do valor C).[12] Amoeba dubia ten un xenoma de 700 miles de millóns de pares de nucleótidos distribuídos en miles de cromosomas.[13] Os seres humanos conteñen menos pares de nucleótidos (uns 3,2 miles de mllóns en cada célula xerminal, aínda que o tamaño exacto do xenoma humano está aínda sendo revisado) que A. dubia, aínda que o tamaño do seu xenoma supera en moito ao dunha bacteria.[14]

Os primeiros xenomas bacterianos e arqueanos, incluíndo o de H. influenzae, foron secuenciados por medio da secuenciación de escopeta.[11] En 1996 secuenciouse o primeiro xenoma eucariota, o do lévedo Saccharomyces cerevisiae. Este lévedo é un organismo modelo en bioloxía e ten un xenoma de só uns 12 millóns de pares de nucleótidos,[15] e foi o primeiro eucariota unicelular do que se secuenciou o xenoma completo. O primeiro eucariota multicelular e animal que foi completamente secuenciado foi o verme nematodo Caenorhabditis elegans en 1998.[16] Os xenomas eucariotas secuéncianse por medio de varios métodos, como a secuenciación de escopeta de fragmentos curtos de ADN e a secuenciación de clons de ADN máis grandes procedentes de bibliotecas de ADN como as de cromosomas artificiais bacterianos (BACs) e cromosomas artificiais de lévedos (YACs).[17]

En 1999, publicouse a secuencia de ADN enteira do cromosoma 22 humano, que é o noso autosoma máis curto.[18] No ano 2000, secuenciouse o segundo xenoma animal e segundo invertebrado (e primeiro insecto), que foi o da mosca do vinagre Drosophila melanogaster, un organismo modelo moi utilizado en investigación experimental.[19] O primeiro xenoma de planta, o do organismo modelo Arabidopsis thaliana, secuenciouse en 2000.[20] En 2001, publicouse un borrador do xenoma humano completo.[21] A secuenciación do xenoma do rato de laboratorio Mus musculus completouse en 2002.[22]

En 2004, o Proxecto Xenoma Humano publicou unha versión incompleta do xenoma humano.[23] En 2008, un grupo en Leiden, Países Baixos, informou da secuenciación do primeiro xenoma humano feminino (Marjolein Kriek).

Actualmente xa foron secuenciados miles de xenomas de forma parcial ou total.

Detalles experimentais

[editar | editar a fonte]

Células usadas para a secuenciación

[editar | editar a fonte]

Case calquera mostra biolóxica dun organismo contén unha copia completa de ADN (incluso unha pequena cantidade de ADN ou de ADN antigo) e pode proporcionar o material xenético necesario para facer unha secuenciación xenómica completa. Ditas mostras poden ser de saliva, células epiteliais, medula ósea, pelo (con tal de que o pelo conteña a raíz do pelo), sementes, follas de plantas ou calquera outro elemento que teña células que conteñen ADN.

A secuencia xenómica dunha soa célula seleccionada dunha poboación mixta de células pode ser determinada usando técnicas de secuenciación xenónica dunha soa célula. Isto ten importantes vantaxes en microbioloxía ambiental en casos nos que unha soa célula dunha determinada especie de microorganismo pode illarse a partir dunha poboación mixta por microscopía baseándose na súa morfoloxía ou outras características distintivas. En tales casos os pasos necesarios normalmente de illamento e crecemento do organismo en cultivo poden omitirse, o que permite a secuenciación dun espectro moito maior de xenomas de organismos.[24]

A secuenciación xenómica dunha soa célula está sendo probada como método de diagnose xenética preimplantación, na cal se toma unha célula do embrión creada por fecundación in vitro e analízase antes de facer a transferencia de embrións ao útero.[25] Despois da implantación, pode extraerse o ADN fetal libre de células por medio dunha simple punción na vea da nai e usala para a secuenciación do xenoma completo do feto.[26]

Primeiras técnicas

[editar | editar a fonte]
Un analizador xenético ABI PRISM 3100. Estes secuenciadores capilares automatizaron as primeiras tarefas da secuenciación de xenomas.

A secuenciación do xenoma humano case enteiro conseguiuse en 2000 parcialmene por medio do uso da tecnoloxía da secuenciación de escopeta. Aínda que a secuenciación de escopeta de xenoma total para pequenos xenomas (de 4.000–7.000 pares de bases) xa se utilizaba en 1979,[27] a aplicación a maior escala beneficiouse da secuenciación de extremos emparellados, coñecida coloquialmente como secuenciación de escopeta de dobre canón. A medida que os proxectos de secuenciación empezaron a aplicarse a xenomas máis longos e complicados, moitos grupos de investigadores empezaron a decatarse de que a información útil podía obterse secuenciando ambos os extremos dun fragmento de ADN. Aínda que secuenciar ambos os extremos do mesmo fragmento e facer o seguimento dos datos emparellados era máis laborioso que secuenciar un só extremo de dous fragmentos distintos, saber que as dúas secuencias están orientadas en direccións opostas e están separadas aproximadamente a lonxitude dun fragmento era valioso para a reconstrución da secuencia do fragmento diana orixinal.

A primeira descrición publicada do uso de extremos por emparellados fíxose en 1990 como parte da secuenciación do locus do encima humano HPRT,[28] aínda que o uso de extemos emparellados estaba limitado a pechar os ocos que quedaban despois de aplicar a estratexia tradicional da secuenciación de escopeta. A primeira descrición teórica da estratexia de secuenciación de extremos emparellados pura, asumindo fragmentos de lonxitude constante, fíxose en 1991.[29] En 1995 introduciuse a innovación de usar fragmentos de variados tamaños,[30] e demostrou que unha estratexia de secuenciación de extremos emparellados pura sería posible para dianas grandes. A estratexia foi despois adoptada por The Institute for Genomic Research (TIGR) para secuenciar o xenoma enteiro da bacteria Haemophilus influenzae en 1995,[31] e despois por Celera Genomics para secuenciar o xenoma completo da mosca do vinagre en 2000,[32] e posteriormente o xenoma humano completo. Applied Biosystems, agora chamada Life Technologies, fabricou os secuenciadores capilares automatizados utilizados por Celera Genomics e o Proxecto Xenoma Humano.

Técnicas actuais

[editar | editar a fonte]
Artigo principal: Secuenciación do ADN.

Aínda que a secuenciación capilar foi a primeira aproximación para secuenciar con éxito o xenoma humano case completo é aínda demasiado cara, a súa aplicación consome moito tempo como para usala con propósitos comerciais. Desde 2005 a secuenciación capilar foi progresivamente desprazada polas tecnoloxías de secuenciación de alto rendemento (antes "da seguinte xeración") tales como a secuenciación de tinguidura de Illumina, a pirosecuenciación e secuenciación SMRT.[33] Todas estas tecnoloxías continúan empregando a estratexia de escopeta básica, concretamente a paralelización e xeración de moldes por medio da fragmentación do xenoma.

Outras tecnoloxías emerxentes son a tecnoloxía de nanoporos. Aínda que a tecnoloxía de secuenciación de nanoporos está aínda sendo refinada, a súa portabilidade e capacidade potencial de xerar lecturas longas son de relevancia para aplicacións de secuenciación do xenoma completo.[34]

Análise

[editar | editar a fonte]

En principio, a secuenciación de xenoma completo pode proporcionar a secuencia de nucleótidos do ADN dun organismo. Porén, deben realizarse ulteriores análises para descubrir o significado biolóxico ou médico desta secuencia, e como este coñecemento se pode usar para axudar a previr enfermidades. Estanse a desenvolver e refinar métodos para analizar secuencias.

Como a secuenciación xera moitos datos (por exemplo, hai aproximadamente seis mil millóns de pares de bases en cada xenoma humano diploide), os datos que produce son almacenados electronicamente e require unha gran cantidade de poder de computación e capacidade de almacenamento.

Aínda que a análise de datos de secunciación do xenoma completo pode ser lento, é posible acelerar este paso usando hardware específico.[35]

Comercialización

[editar | editar a fonte]
Custo total da secuenciación do xenoma humano completo calculado polo NHGRI.

Varias compañías públicas e privadas están competindo para desenvolver unha plataforma para a secuenciación do xenoma completo que sexa comercialmente robusta tanto para a investigación coma para o uso clínico,[36] entre elas Illumina,[37] Knome,[38] Sequenom,[39] 454 Life Sciences,[40] Pacific Biosciences,[41] Complete Genomics,[42] Helicos Biosciences,[43] GE Global Research (General Electric), Affymetrix, IBM, Intelligent Bio-Systems,[44] Life Technologies, Oxford Nanopore Technologies,[45] e o Beijing Genomics Institute.[46][47][48] Estas compañías están fortemente financiadas e apoiadas por capital de risco, fondos de cobertura e bancos de investimento.[49][50]

Un obxectivo comercial do que comunmente se falaba para o custo da secuenciación para finais da década de 2010 era que custase só 1.000 dólares; porén, as compañías privadas están traballando para chegar a un novo obxectivo de só 100 dólares.[51]

Incentivo

[editar | editar a fonte]

A Craig Venter Science Foundation, estableceu o Archon X Prize de xenómica,[52] que pretendía galardoar con 10 millóns de dólares ao "primeiro equipo que poida construír un aparello e usalo para secuenciar 100 xenomas humanos en 10 días ou menos, cunha exactitude de non máis dun erro por cada 1.000.000 de bases secuenciadas, con secuencias que cubran con precisión polo menos o 98% do xenoma, e a un custo recorrente de non máis de 1.000 dólares por xenoma".[53] O Archon X Prize de xenómica foi cancelado en 2013, antes da súa data oficial de comezo.[54][55]

Historia

[editar | editar a fonte]

En 2007, Applied Biosystems empezou a vender un novo tipo de secuenciador chamado SOLiD System.[56] A tecnoloxía permitiu aos usuarios secuenciar 60 xigabases por cada execución.[57]

En xuño de 2009, Illumina anunciou que estaban lanzando o seu propio Personal Full Genome Sequencing Service a unha ”profundidade” de 30× por 48.000 dólares por xenoma.[58][59] En agosto, o fundador de Helicos Biosciences, Stephen Quake, afirmou que usando o Single Molecule Sequencer da compañía secuenciara o seu propio xenoma por menos de 50.000 dólares.[60] En novembro, Complete Genomics publicou un artigo revisado por pares en Science que demostraba a súa capacidade para secuenciar o xenoma humano completo por 1.700 dólares.[61][62]

En maio de 2011, Illumina rebaixou o seu servizo de Full Genome Sequencing a só 5.000 dólares por xenoma humano ou 4.000 dólares se o pedido era de 50 ou máis.[63] Helicos Biosciences, Pacific Biosciences, Complete Genomics, Illumina, Sequenom, ION Torrent Systems, Halcyon Molecular, NABsys, IBM e GE Global parecen ir á par na carreira da comercialización da secuenciación do xenoma completo.[33][64]

Cos custos de secuenciación en declive, varias compañías empezaron a afirmar que os seus equipamentos axiña poderían alcanzar o custo de 1.000 dólares por xenoma: entre estas compañías estaban Life Technologies en xaneiro de 2012,[65] Oxford Nanopore Technologies en febreiro de 2012,[66] e Illumina en febreiro de 2014.[67][68] En 2015, o NHGRI estimou que o custo de obter a secuencia dun xenoma completo era de arredor de 1.500 dólares.[69] En 2016, Veritas Genetics empezou a vender a secuenciación do xenoma completo, incluíndo un informe sobre algunha da información da secuenciación por 999 dólares.[70] No verán de 2019 Veritas Genetics reduciu o custo da secuenciación do xenoma completo a 599 dólares.[71] En 2017, BGI empezou a ofrecela por 600 dólares.[72]

Porén, en 2015 algúns sinalaron que o uso efectivo da secuenciación de xenomas completos pode custar considerablemente máis de 1000 dólares.[73] Ademais, parece que quedaban partes do xenoma humano que non foran totalmente secuenciadas en 2017.[74][75][76]

Comparación con outras tecnoloxías

[editar | editar a fonte]

Micromatrices de ADN

[editar | editar a fonte]

A secuenciación do xenoma completo proporciona información sobre un xenoma que é varias ordes de magnitude máis grande que a das matrices de ADN, que era a tecnoloxía anteriormente líder para o xenotipificación.

Para os humanos, as matrices de ADN proporcionan actualmente información xenotípica de ata un millón de variantes xenéticas,[77][78][79] mentres que a secuenciación de xenoma completo pode proporcionar información de todas as seis mil millóns de bases do xenoma humano, o que equivale a 3.000 veces máis datos. Debido a isto, a secuenciación de xenoma completo considérase unha innovación disruptiva para os mercados de matrices de ADN, xa que a precisión de ambas as técnicas vai do 99,98% ao 99,999% (en rexións de ADN non repetitivas) e os seus custos de consumibles de 5.000 dólares por 6 mil millóns de pares de bases son competitivos (para algunhas aplicacións) coas matrices de ADN (500 dólares por 1 millón de pares de bases).[40]

Aplicacións

[editar | editar a fonte]

Frecuencias de mutación

[editar | editar a fonte]

A secuenciación do xenoma completo estableceu a frecuencia de mutación para xenomas humanos completos. A frecuencia de mutación no xenoma completo entre xeracións nos humanos (de pais a fillos) é dunhas 70 novas mutacións por xeración.[80][81] Un nivel incluso menor de variación atopouse comparando a secuenciación de xenoma completo en células sanguíneas para un par de xemelgos monocigóticos (idénticos) de 100 anos de idade.[82] Só se atoparon oito diferenzas somáticas, aínda que as variacións somáticas que aparecen en menos do 20% das células sanguíneas son indetectables.

Nas rexións do xenoma humano que especificamente codifican proteínas, estímase que hai unhas 0,35 mutacións que causarían un cambio na secuencia da proteína entre as xeracións paterna e filial (menos dunha proteína mutada por xeración).[83]

No cancro as frecuencias de mutación son moito máis altas debido á inestabilidade do xenoma. Esta frecuencia pode ademais depender da idade do paciente, exposición a axentes que danan o ADN (como a irradiación UV ou compoñentes do fume do tabaco) e a actividade/inactividade dos mecanismos de reparación do ADN. Ademais, a frecuencia de mutación pode variar entre tipos de cancro: en células da liña xerminal, as taxas de mutación son de aproximadamente 0,023 mutacións por megabase, mais este número é moito maior no cancro de mama (1,18-1,66 mutacións somáticas por Mb), no cancro de pulmón (17,7) ou en melanomas (≈33).[84] Como o xenoma humano haploide consta de aproximadamente 3.200 megabases,[85] isto tradúcese nunhas 74 mutacións (principalmente en rexións non codificantes) no ADN da liña xerminal por xeración, pero 3.776-5.312 mutacións somáticas por xenoma haploide no cancro de mama, 56.640 no cancro de pulmón e 105.600 en melanomas.

A distribución de mutacións somáticas ao longo do xenoma humano é moi desigual,[86] así que as rexións que se replican temperanmente ricas en xenes sofen menos mutacións que a heterocromatina que se replica tardiamente e é pobre en xenes, probablemente debido a unha actividade de reparación do ADN diferencial.[87] En particular, a modificación de histonas H3K9me3 está asociada cunha alta frecuencia de mutacións,[88] e a H3K36me3 con baixa.[89]

Estudos de asociación en todo o xenoma

[editar | editar a fonte]

En investigación, a secuenciación do xenoma completo pode utilizarse para un estudo de asociación de xenoma completo ou GWAS (polas súas siglas en inglés de Genome-Wide Association Study), un proxecto que pretende determinar a variante ou variantes xenéticas asociadas cunha doenza ou calquera outro fenotipo.[90]

Uso para diagnósticos

[editar | editar a fonte]
Véxase tamén: Xenómica persoal e Medicina preditiva.

En 2009, Illumina lanzou os seus primeiros secuenciadores do xenoma completo que foron aprobados só para uso clínico (en vez de para investigación) e os doutores dos centros médicos académicos empezaron discretamente a utilizalos para tratar de diagnosticar os problemas médicos de pacientes nos cales os procedementos estándar aplicados non foran de axuda.[91] En 2009, un equipo de Stanford liderado por Euan Ashley realizou a interpretación clínica dun xenoma humano completo, o do bioenxeñeiro Stephen Quake.[92] En 2010 o equipo de Ashley informou dunha autopsia na que fixera unha secuenciación do xenoma completo[93] e en 2011, ampliou o marco da interpretación a toda unha familia completamente secuenciada, a familia West, que foi a primeira familia en ser secuenciada coa plataforma de Illumina.[94] O custo que tiña secuenciar un xenoma daquela era de 19.500 dólares, que lle eran facturados ao paciente pero eran xeralmente pagados por medio dunha bolsa de investigación; houbo un caso dunha persoa naquela época que solicitara o reembolso á súa compañía de seguros médicos.[91] Por exemplo, un neno necesitara unhas 100 operacións cirúrxicas cando tiña tres anos de idade e o seu doutor recorreu á secuenciación do xenoma completo para determinar cal era o seu problema; necesitou empregar un equipo dunhas 30 persoas que incluía doce expertos en bioinformática, tres técnicos secuenciadores, cinco médicos, dous conselleiros xenéticos e dous deontólogos para identificar unha rara mutación no xene XIAP que estaba causando problemas xeneralizados.[91][95][96]

Debido ás recentes reducións de prezo (véxase máis arriba) a secuenciación do xenoma completo comverteuse nunha aplicación realista para os diagnósticos por ADN. En 2013, o consorcio 3Gb-TEST obtivo financiamento da Unión Europea para preparar o sistema sanitario para estas innovacións no diagnóstico por ADN.[97][98] Tiñan que poñerse en marcha plans de avaliación da calidade, avaliación da tecnoloxía da saúde e directrices médicas. O consorcio 3Gb-TEST identificou a análise e interpretación de datos de secuencias como o paso máis complicado no proceso de diagnóstico.[99] Na xuntanza do consorcio en Atenas e setembro de 2014, o consorcio acuñou a palabra xenotradución para este paso esencial. Este paso conduce ao chamado xenoinforme. Cómpren directrices para determinar o contido requirido neses informes.

Genomes2People (G2P), unha iniciativa do Brigham and Women's Hospital e da Harvard Medical School que foi creada en 2011 para examinar a integración da secuenciación xenómica na atención médica de adultos e nenos.[100] O director do G2P Robert C. Green liderara previamente o estudo REVEAL (Risk EValuation and Education for Alzheimer's Disease), unha serie de ensaios clínicos para explorar as reaccións de pacientes ao darlles a coñecer o seu risco xenético de padecer no futuro alzheimer.[101][102] Green e un equipo de investigadores crearon o BabySeq Project en 2013 para estudar as consecuencias éticas e médicas de secuenciar o ADN dun neno.[103][104] Unha segunda fase, BabySeq2, foi financiada polo NIH en 2021 e é un estudo de aplicación que amplía este proxecto no que se planea inscribir 500 nenos de diversas familias e trazar os efectos da súa secuenciación xenómica na atención pediátrica.[105]

En 2018 investigadores do Rady Children's Institute for Genomic Medicine de San Diego, California determinaron que unha secuenciación do xenoma completo rápida pode diagnosticar trastornos xenéticos a tempo de cambiar a xestión médica aguda ou cirúrxica do caso (utilidade clínica) e mellorar os resultaos en nenos con doenzas agudas. Os investigadores informaron dun estudo de cohorte retrospectivo de pacientes internados en hospitais con enfermidades agudas nun hospital rexional para nenos desde xullo de 2016 a marzo de 2017. Fixéranse secuenciacións do xenoma completo rápidas a 42 familias para a diagnose etolóxica de trastornos xenéticos. A sensibilidade de signóstico destas secuenciacións rápidas era do 43% (18 de 42 nenos) e o 10% (4 de 42 nenos) para probas xenéticas estándars (P = .0005). A taxa de utilidade clínica destas secuenciacións rápidas (31%, 13 de 42 nenos) era significativamente maior que coas probas xenéticas estándar (2%, 1 de 42; P = .0015). Once dos nenos (26%) aos que se lles fixo secuenciación do xenoma completo rápida evitaron a morbilidade, un tivo un 43% de redución na probabilidade de mortalidade e un empezou os coidados paliativos. En seis dos once nenos, os cambios na xestión reduciron o custo por paciente internado nun hospital en 800.000-2.000.000 de dólares. Estes resultados replican un estudo previo da utilidade clínica da secuenciación do xenoma completo rápida en nenos internados con enfermidade aguda e demostran unha mellora nos resultados e aforros para o sistema sanitario. A secuenciación do xenoma completo rápida merece ser considerada como un primeiro test de clasificación de pacientes neste escenario.[106]

Estudo de asociación de variantes raras

[editar | editar a fonte]

Os estudos de secuenciación do xenoma completo permiten a avaliación das asociacións entre caracteres complexos e variantes raras tanto codificantes coma non codificantes (frecuencia alélica menor (MAF) < 1 %) ao longo do xenoma. As análises de variante simple tipicamente teñen un baixo poder de identificación de asociacións con variantes raras, e propuxéronse tests de conxuntos de variantes para testar conxuntamente os efectos de conxuntos dados de múltiples variantes raras.[107] A anotación de SNP axuda a dar prioridade as variantes funcionais raras e incorporar estas anotacións pode impulsar con efectividade o poder da asociación xenética da análise de variantes raras de estudos de secuenciación do xenoma completo.[108]

Aspectos éticos

[editar | editar a fonte]

A introdución da secuenciación de xenoma completo pode ter implicacións éticas.[109] Por outra parte, as probas xenéticas poden potencialmente diagnosticar doenzas que se poden previr, tanto no propio individuo que fai a proba coma nos seus parentes.[109] Porén, as probas xenéticas poderían ter aspectos negativos como a discriminación xenética, perda do anonimato e impactos psiclóxicos como o descubrimento dunha paternidade/filiación distinta da que se pensaba.[110]

Algúns deontólogos insisten en que a privacidade dos individuos aos que lles están a facer probas xenéticas debe ser protexida.[109] Os aspectos relativos á privacidade poden ser especialmente preocupantes cando as probas xenéticas se lle fan a un menor de idade.[111] O director executivo de Illumina, Jay Flatley, afirmou en febreiro de 2009 que "en 2019 terase convertido nunha rutina mapar os xenes dos meniños cando nacen".[112] Este posible uso da secuenciación do xenoma é moi controvertido, xa que vai contra as normas éticas establecidas nas probas xenéticas preditivas de menores asintomáticos ben asentadas nos campos da xenética médica e o consello xenético.[113][114][115][116] As directrices tradicionais para as probas xenéticas desenvolvéronse no decurso de varias décadas desde que por primeira vez foi posible testar a presenza de marcadores xenéticos asociados con doenzas, previamente á chegada de secuenciacións xenéticas completas e de aceptable custo.

Cando a un individuo lle fan unha secuenciación do xenoma completo, esta revela información non só das súas propias secuencias de ADN, senón tamén sobre as probables secuencias do ADN dos seus parentes xeneticamente próximos.[109] Esta información pode ademais revelar útil información preditiva sobre o presente dos parentes e dos riscos futuros para a súa saúde.[117] Por tanto, hai importantes cuestións sobre que obrigacións, se é que hai algunha, se deben ter cos membros da familia dos individuos que fixeron probas xenéticas. Na sociedade de Europa occidental, aos individuos que fixeron estes tests normalmente se lles aconsella que compartan a información sobre as diagnoses xenéticas cos seus parentes próximos, xa que a importancia da diagnose xenética para os descendentes e outros parentes próximos é xeralmente unha das razóns polas que se quere facer unha proba xenética.[109] Non obstante, pode xurdir un dilema ético de grande importancia cando os pacientes rexeitan compartir a información sobre a diagnose dun trastorno xenético grave e que é doadamente previble e do que hai un alto risco de que os parentes leven a mesma mutación que o causa. Nesas circunstancias, o médico pode coidar que os parentes deberían coñecer esa diagnose e, por tanto, o médico pode enfrontarse a un conflito de intereses con respecto á confidencialidade paciente-médico.[109]

As preocupacións pola privacidade poden tamén orixinarse cando a secuenciación do xenoma completo se utiliza en estudos de investigación científica. Os investigadores a miúdo necesitan poñer a información sobre os xenotipos dos pacientes en bases de datos públicas, como bases de datos específicas de loci.[109] Aínda que só se envían datos de pacientes anónimos a esas bases de datos de loci, os pacientes aínda poderían ser identificables polos seus parentes no caso de que se atope unha enfermidade rara ou unha mutación de cambio de sentido (non sinónima) rara.[109] Houbo unha discusión pública limitada, inconexa, e desenfocada sobre a introdución de técnicas forenses avanzadas, como a investigación familiar avanzada usando páxinas web públicas sobre o ADN de devanceiros e estratexias de fenotipificación do ADN. Como a xenética forense e a xenética médica converxen cara á secuenciación do xenoma, os aspectos que afectan os datos xenéticos están cada vez máis interconectados, e pode ser necesario establecer proteccións legais adicionais.[118]

Secuencias xenómicas humanas feitas públicas

[editar | editar a fonte]

Primeiras persoas con secuencias xenómicas públicas

[editar | editar a fonte]

Os primeiros xenomas humanos case completos foron os de dous norteamericanos con ascendentes predominantemente do noroeste de Europa en 2007 (J. Craig Venter a unha cobertura de 7,5x,[119][120][121] e James Watson a 7,4x).[122][123][124] A isto seguiulle en 2008 a secuenciación dun home chinés da etnia han anónimo (a 36x),[125] un home yoruba de Nixeria (a 30x),[126] o xenoma dunha xenetista clínica (Marjolein Kriek) dos Países Baixos (de 7 a 8x), e unha muller caucasiana paciente de leucemia (a coberturas de 33 e 14x para os tecidos do tumor e normais).[127] Steve Jobs estivo entre as primeiras 20 persoas ás que se lles secuenciou o xenoma completo, segundo se informou cun custo de 100.000 dólares.[128] En xuño de 2012 había xa 69 xenomas humanos case completos secuenciados publicamente dispoñibles.[129] En novembro de 2013 unha familia española fixo públicos os seus datos xenómicos persoais baixo licenza de dominio público de Creative Commons. O traballo fora dirixido por Manuel Corpas e os datos obtidos por proba xenética dirixida ao consumidor co 23andMe e o Instituto Xenómico de Beijing). Considérase que este é o primeiro conxunto de datos de xenómica pública dunha familia completa.[130]

Bases de datos

[editar | editar a fonte]

Segundo a revista Science as maiores bases de datos de xenomas completos son:[131]

Biobank Xenomas completos finalizados Lanzamento/acceso á información
UK Biobank 200.000 Dispoñible nunha plataforma en páxina web en novembro de 2021, é o conxunto de datos público máis grande de xenomas completos. Os xenomas están ligados a información médica sobre persoas anónimas e son accesibles para a investigación biomédica que conxuntos de datos anteriores e menos completos. Vanse engadir 300.000 xenomas máis a principios de 2023.[131][132]
Trans-Omics for Precision Medicine 161.000 National Institutes of Health (NIH) require consentimento específico para un proxecto
Million Veteran Program 125.000 investigadores de Non–Veterans Affairs obtiveron acceso en 2022
Genomics England's 100,000 Genomes 120.000 Os investigadores deben colaborar
All of Us 90.000 NIH espera lanzala a inicios de 2022

Notas

[editar | editar a fonte]
  1. ↑ Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (2008). "Chapter 8". Molecular biology of the cell (5th ed.). New York: Garland Science. p. 550. ISBN 978-0-8153-4106-2. 
  2. ↑ "Definition of whole-genome sequencing - NCI Dictionary of Cancer Terms". National Cancer Institute (en inglés). 2012-07-20. Consultado o 2018-10-13. 
  3. ↑ Gilissen (xullo de 2014). "Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability". Nature 511 (7509): 344–7. Bibcode:2014Natur.511..344G. PMID 24896178. doi:10.1038/nature13394. 
  4. ↑ Nones, K; Waddell, N; Wayte, N; Patch, AM; Bailey, P; Newell, F; Holmes, O; Fink, JL; Quinn, MC; Tang, YH; Lampe, G; Quek, K; Loffler, KA; Manning, S; Idrisoglu, S; Miller, D; Xu, Q; Waddell, N; Wilson, PJ; Bruxner, TJ; Christ, AN; Harliwong, I; Nourse, C; Nourbakhsh, E; Anderson, M; Kazakoff, S; Leonard, C; Wood, S; Simpson, PT; Reid, LE; Krause, L; Hussey, DJ; Watson, DI; Lord, RV; Nancarrow, D; Phillips, WA; Gotley, D; Smithers, BM; Whiteman, DC; Hayward, NK; Campbell, PJ; Pearson, JV; Grimmond, SM; Barbour, AP (29 de outubro de 2014). "Genomic catastrophes frequently arise in esophageal adenocarcinoma and drive tumorigenesis". Nature Communications 5: 5224. Bibcode:2014NatCo...5.5224N. PMC 4596003. PMID 25351503. doi:10.1038/ncomms6224. 
  5. ↑ van El, CG; Cornel, MC; Borry, P; Hastings, RJ; Fellmann, F; Hodgson, SV; Howard, HC; Cambon-Thomsen, A; Knoppers, BM; Meijers-Heijboer, H; Scheffer, H; Tranebjaerg, L; Dondorp, W; de Wert, GM (xuño de 2013). "Whole-genome sequencing in health care. Recommendations of the European Society of Human Genetics". European Journal of Human Genetics. 21 Suppl 1: S1–5. PMC 3660957. PMID 23819146. doi:10.1038/ejhg.2013.46. 
  6. ↑ Mooney, Sean (Sep 2014). "Progress towards the integration of pharmacogenomics in practice". Human Genetics 134 (5): 459–65. PMC 4362928. PMID 25238897. doi:10.1007/s00439-014-1484-7. 
  7. ↑ Kijk magazine, 1 de xaneiro de 2009
  8. ↑ "Psst, the human genome was never completely sequenced". STAT (en inglés). 2017-06-20. Arquivado dende o orixinal o 2017-10-23. Consultado o 2017-10-23. 
  9. ↑ Marx, Vivien (11 de setembro de 2013). "Next-generation sequencing: The genome jigsaw". Nature 501 (7466): 263–268. Bibcode:2013Natur.501..263M. PMID 24025842. doi:10.1038/501261a. 
  10. ↑ al.], Bruce Alberts ... [et (2008). Molecular biology of the cell (5th ed.). New York: Garland Science. p. 551. ISBN 978-0-8153-4106-2. 
  11. ↑ 11,0 11,1 11,2 Fleischmann, R.; Adams, M.; White, O; Clayton, R.; Kirkness, E.; Kerlavage, A.; Bult, C.; Tomb, J.; Dougherty, B.; Merrick, J.; al., e. (28 de xullo de 1995). "Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd". Science 269 (5223): 496–512. Bibcode:1995Sci...269..496F. PMID 7542800. doi:10.1126/science.7542800. 
  12. ↑ Eddy, Sean R. (novembro de 2012). "The C-value paradox, junk DNA and ENCODE". Current Biology 22 (21): R898–R899. PMID 23137679. doi:10.1016/j.cub.2012.10.002. 
  13. ↑ Pellicer, Jaume; FAY, Michael F.; Leitch, Ilia J. (15 de setembro de 2010). "The largest eukaryotic genome of them all?". Botanical Journal of the Linnean Society 164 (1): 10–15. doi:10.1111/j.1095-8339.2010.01072.x. 
  14. ↑ Human Genome Sequencing Consortium, International (21 de outubro de 2004). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature 431 (7011): 931–945. Bibcode:2004Natur.431..931H. PMID 15496913. doi:10.1038/nature03001. 
  15. ↑ Goffeau, A.; Barrell, B. G.; Bussey, H.; Davis, R. W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisel, J. D.; Jacq, C.; Johnston, M.; Louis, E. J.; Mewes, H. W.; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, S. G. (25 de outubro de 1996). "Life with 6000 Genes" (PDF). Science 274 (5287): 546–567. Bibcode:1996Sci...274..546G. PMID 8849441. doi:10.1126/science.274.5287.546. Arquivado dende o orixinal o 7 de marzo de 2016. 
  16. ↑ The C. elegans Sequencing Consortium (11 de decembro de 1998). "Genome Sequence of the Nematode C. elegans: A Platform for Investigating Biology". Science 282 (5396): 2012–2018. Bibcode:1998Sci...282.2012.. PMID 9851916. doi:10.1126/science.282.5396.2012. 
  17. ↑ Alberts, Bruce (2008). Molecular Biology of the Cell (5th ed.). New York: Garland Science. p. 552. ISBN 978-0-8153-4106-2. 
  18. ↑ Dunham, I. (decembro de 1999). "The DNA sequence of human chromosome 22". Nature 402 (6761): 489–495. Bibcode:1999Natur.402..489D. PMID 10591208. doi:10.1038/990031. 
  19. ↑ Adams MD; Celniker SE; Holt RA; et al. (2000-03-24). "The Genome Sequence of Drosophila melanogaster". Science 287 (5461): 2185–2195. Bibcode:2000Sci...287.2185.. PMID 10731132. doi:10.1126/science.287.5461.2185. 
  20. ↑ The Arabidopsis Genome Initiative (2000-12-14). "Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana". Nature 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Natur.408..796T. PMID 11130711. doi:10.1038/35048692. 
  21. ↑ Venter JC; Adams MD; Myers EW; et al. (2001-02-16). "The Sequence of the Human Genome". Science 291 (5507): 1304–1351. Bibcode:2001Sci...291.1304V. PMID 11181995. doi:10.1126/science.1058040. 
  22. ↑ Waterston RH; Lindblad-Toh K; Birney E; et al. (2002-10-31). "Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome". Nature 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002Natur.420..520W. PMID 12466850. doi:10.1038/nature01262. 
  23. ↑ International Human Genome Sequencing Consortium (2004-09-07). "Finishing the euchromatic sequence of the human genome". Nature 431 (7011): 931–945. Bibcode:2004Natur.431..931H. PMID 15496913. doi:10.1038/nature03001. 
  24. ↑ Braslavsky, Ido; et al. (2003). "Sequence information can be obtained from single DNA molecules". Proc Natl Acad Sci USA 100 (7): 3960–3984. Bibcode:2003PNAS..100.3960B. PMC 153030. PMID 12651960. doi:10.1073/pnas.0230489100. 
  25. ↑ Heger, Monica (2 de outubro de 2013). "Single-cell Sequencing Makes Strides in the Clinic with Cancer and PGD First Applications". Clinical Sequencing News. 
  26. ↑ Yurkiewicz, I. R.; Korf, B. R.; Lehmann, L. S. (2014). "Prenatal whole-genome sequencing--is the quest to know a fetus's future ethical?". New England Journal of Medicine 370 (3): 195–7. PMID 24428465. doi:10.1056/NEJMp1215536. 
  27. ↑ Staden R (xuño de 1979). "A strategy of DNA sequencing employing computer programs". Nucleic Acids Res. 6 (7): 2601–10. PMC 327874. PMID 461197. doi:10.1093/nar/6.7.2601. 
  28. ↑ Edwards, A; Caskey, T (1991). "Closure strategies for random DNA sequencing". Methods: A Companion to Methods in Enzymology 3 (1): 41–47. doi:10.1016/S1046-2023(05)80162-8. 
  29. ↑ Edwards A; Voss H; Rice P; Civitello A; Stegemann J; Schwager C; Zimmermann J; Erfle H; Caskey CT; Ansorge W (abril de 1990). "Automated DNA sequencing of the human HPRT locus". Genomics 6 (4): 593–608. PMID 2341149. doi:10.1016/0888-7543(90)90493-E. 
  30. ↑ Roach JC; Boysen C; Wang K; Hood L (marzo de 1995). "Pairwise end sequencing: a unified approach to genomic mapping and sequencing". Genomics 26 (2): 345–53. PMID 7601461. doi:10.1016/0888-7543(95)80219-C. 
  31. ↑ Fleischmann RD; Adams MD; White O; Clayton RA; Kirkness EF; Kerlavage AR; Bult CJ; Tomb JF; Dougherty BA; Merrick JM; McKenney; Sutton; Fitzhugh; Fields; Gocyne; Scott; Shirley; Liu; Glodek; Kelley; Weidman; Phillips; Spriggs; Hedblom; Cotton; Utterback; Hanna; Nguyen; Saudek; et al. (xullo de 1995). "Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd". Science 269 (5223): 496–512. Bibcode:1995Sci...269..496F. PMID 7542800. doi:10.1126/science.7542800. 
  32. ↑ Adams, MD; et al. (2000). "The genome sequence of Drosophila melanogaster". Science 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci...287.2185.. PMID 10731132. doi:10.1126/science.287.5461.2185. 
  33. ↑ 33,0 33,1 Mukhopadhyay R (febreiro de 2009). "DNA sequencers: the next generation". Anal. Chem. 81 (5): 1736–40. PMID 19193124. doi:10.1021/ac802712u. 
  34. ↑ Kwong, JC; McCallum, N; Sintchenko, V; Howden, BP (abril de 2015). "Whole genome sequencing in clinical and public health microbiology.". Pathology 47 (3): 199–210. PMC 4389090. PMID 25730631. doi:10.1097/pat.0000000000000235. 
  35. ↑ Strickland, Eliza (2015-10-14). "New Genetic Technologies Diagnose Critically Ill Infants Within 26 Hours - IEEE Spectrum". Spectrum.ieee.org. Arquivado dende o orixinal o 2015-11-16. Consultado o 2016-11-11. 
  36. ↑ "Article : Race to Cut Whole Genome Sequencing Costs Genetic Engineering & Biotechnology News — Biotechnology from Bench to Business". Genengnews.com. Arquivado dende o orixinal o 2006-10-17. Consultado o 2009-02-23. 
  37. ↑ "Whole Genome Sequencing Costs Continue to Drop". Eyeondna.com. Arquivado dende o orixinal o 2009-03-25. Consultado o 2009-02-23. 
  38. ↑ Harmon, Katherine (2010-06-28). "Genome Sequencing for the Rest of Us". Scientific American. Arquivado dende o orixinal o 2011-03-19. Consultado o 2010-08-13. 
  39. ↑ San Diego/Orange County Technology News. "Sequenom to Develop Third-Generation Nanopore-Based Single Molecule Sequencing Technology". Freshnews.com. Arquivado dende o orixinal o 2008-12-05. Consultado o 2009-02-24. 
  40. ↑ 40,0 40,1 "Article : Whole Genome Sequencing in 24 Hours Genetic Engineering & Biotechnology News — Biotechnology from Bench to Business". Genengnews.com. Arquivado dende o orixinal o 2006-10-17. Consultado o 2009-02-23. 
  41. ↑ "Pacific Bio lifts the veil on its high-speed genome-sequencing effort". VentureBeat. 2008-02-10. Arquivado dende o orixinal o 2009-02-20. Consultado o 2009-02-23. 
  42. ↑ "Bio-IT World". Bio-IT World. 2008-10-06. Arquivado dende o orixinal o 2009-02-17. Consultado o 2009-02-23. 
  43. ↑ "With New Machine, Helicos Brings Personal Genome Sequencing A Step Closer". Xconomy. 2008-04-22. Arquivado dende o orixinal o 2011-01-02. Consultado o 2011-01-28. 
  44. ↑ "Whole genome sequencing costs continue to fall: $300 million in 2003, $1 million 2007, $60,000 now, $5000 by year end". Nextbigfuture.com. 2008-03-25. Arquivado dende o orixinal o 2010-12-20. Consultado o 2011-01-28. 
  45. ↑ "Han Cao's nanofluidic chip could cut DNA sequencing costs dramatically". Technology Review. Arquivado dende o orixinal o 2011-03-29. 
  46. ↑ Julia Karow (26 de outubro de 2015). "BGI Launches Desktop Sequencer in China; Plans to Register Platform With CFDA". GenomeWeb. Consultado o 2 de decembro de 2018. 
  47. ↑ "BGI Launches New Desktop Sequencer in China, Registers Larger Version With CFDA". 360Dx. GenomeWeb. 11 de novembro de 2016. Consultado o 2 de decembro de 2018. 
  48. ↑ Monica Heger (26 de outubro de 2018). "BGI Launches New Sequencer as Customers Report Data From Earlier Instruments". GenomeWeb. Consultado o 2 de decembro de 2018. 
  49. ↑ John Carroll (2008-07-14). "Pacific Biosciences gains $100M for sequencing tech". FierceBiotech. Arquivado dende o orixinal o 2009-05-01. Consultado o 2009-02-23. 
  50. ↑ Sibley, Lisa (2009-02-08). "Complete Genomics brings radical reduction in cost". Silicon Valley / San Jose Business Journal (Sanjose.bizjournals.com). Consultado o 2009-02-23. 
  51. ↑ Sarah Neville (5 de marzo de 2018). "Cheaper DNA sequencing unlocks secrets of rare diseases". Financial Times. Consultado o 2 decembro de 2018. 
  52. ↑ Carlson, Rob (2007-01-02). "A Few Thoughts on Rapid Genome Sequencing and The Archon Prize — synthesis". Synthesis.cc. Arquivado dende o orixinal o 2009-08-08. Consultado o 2009-02-23. 
  53. ↑ "PRIZE Overview: Archon X PRIZE for Genomics".
  54. ↑ Diamandis, Peter. "Outpaced by Innovation: Canceling an XPRIZE". Huffington Post. Arquivado dende o orixinal o 2013-08-25. 
  55. ↑ Aldhous, Peter. "X Prize for genomes cancelled before it begins". Arquivado dende o orixinal o 2016-09-21. 
  56. ↑ "SOLiD System — a next-gen DNA sequencing platform announced". Gizmag.com. 2007-10-27. Arquivado dende o orixinal o 2008-07-19. Consultado o 2009-02-24. 
  57. ↑ "The $1000 Genome: Coming Soon?". Dddmag.com. 2010-04-01. Arquivado dende o orixinal o 2011-04-15. Consultado o 2011-01-28. 
  58. ↑ "Individual genome sequencing — Illumina, Inc.". Everygenome.com. Arquivado dende o orixinal o 2011-10-19. Consultado o 2011-01-28. 
  59. ↑ "Illumina launches personal genome sequencing service for $48,000 : Genetic Future". Scienceblogs.com. Arquivado dende o orixinal o 16 de xuño de 2009. Consultado o 2011-01-28. 
  60. ↑ Wade, Nicholas (2009-08-11). "Cost of Decoding a Genome Is Lowered". The New York Times. Arquivado dende o orixinal o 2013-05-21. Consultado o 2010-05-03. 
  61. ↑ "Technology Index". ABC News. Arquivado dende o orixinal o 15 de maio de 2016. Consultado o 29 de abril de 2018. 
  62. ↑ Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ, et al. (2010). "Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays". Science 327 (5961): 78–81. Bibcode:2010Sci...327...78D. PMID 19892942. doi:10.1126/science.1181498. 
  63. ↑ "Illumina Announces $5,000 Genome Pricing - Bio-IT World". Arquivado dende o orixinal o 2011-05-17. 
  64. ↑ "NHGRI Awards More than $50M for Low-Cost DNA Sequencing Tech Development". Genome Web. 2009. Arquivado dende o orixinal o 2011-07-03. 
  65. ↑ "Life Technologies Introduces the Benchtop Ion Proton™ Sequencer; Designed to Decode a Human Genome in One Day for $1,000" (press release). Arquivado dende o orixinal o 23 de decembro de 2012. Consultado o 30 de agosto de 2012. 
  66. ↑ ANDREW POLLACK (2012-02-17). "Oxford Nanopore Unveils Tiny DNA Sequencing Device - The New York Times". The New York Times. Arquivado dende o orixinal o 2013-01-07. Consultado o 2016-11-11. 
  67. ↑ "Illumina Sequencer Enables $1,000 Genome". News: Genomics & Proteomics. Gen. Eng. Biotechnol. News (paper) 34 (4). 15 de febreiro de 2014. p. 18. 
  68. ↑ Check Hayden, Erika (15 de xaneiro de 2014). "Is the $1,000 genome for real?". Nature. doi:10.1038/nature.2014.14530. 
  69. ↑ "The Cost of Sequencing a Human Genome". www.genome.gov. Arquivado dende o orixinal o 2016-11-25. 
  70. ↑ "With $999 Whole-Genome Sequencing Service, Veritas Embarks on Goal to Democratize DNA Information". 6 de marzo de 2016. 
  71. ↑ Andrews, Joe (2019-07-01). "23andMe competitor Veritas Genetics slashes price of whole genome sequencing 40% to $600". CNBC (en inglés). Consultado o 2019-09-02. 
  72. ↑ Megan Molteni (18 de maio de 2017). "A Chinese Genome Giant Sets Its Sights on the Ultimate Sequencer". Wired. Consultado o 2 de decembro de 2018. 
  73. ↑ Phillips, K. A; Pletcher, M. J; Ladabaum, U (2015). "Is the "$1000 Genome" Really $1000? Understanding the Full Benefits and Costs of Genomic Sequencing". Technology and Health Care 23 (3): 373–379. PMC 4527943. PMID 25669213. doi:10.3233/THC-150900. 
  74. ↑ "Blog: True Size of a Human Genome | Veritas Genetics". 28 de xullo de 2017. 
  75. ↑ "Psst, the human genome was never completely sequenced". statnews.com. 2017-06-20. 
  76. ↑ "Despite what you've heard, human genome is not completely sequenced". geneticliteracyproject.org. 2017-06-23. 
  77. ↑ "Genomics Core". Gladstone.ucsf.edu. Arquivado dende o orixinal o 30mde xuño de 2010. Consultado o 2009-02-23. 
  78. ↑ Nishida N; Koike A; Tajima A; Ogasawara Y; Ishibashi Y; Uehara Y; Inoue I; Tokunaga K (2008). "Evaluating the performance of Affymetrix SNP Array 6.0 platform with 400 Japanese individuals". BMC Genomics 9 (1): 431. PMC 2566316. PMID 18803882. doi:10.1186/1471-2164-9-431. 
  79. ↑ Petrone, Justin (16 de xaneiro de 2007). "Illumina, DeCode Build 1M SNP Chip; Q2 Launch to Coincide with Release of Affy's 6.0 SNP Array | BioArray News | Arrays". GenomeWeb. Arquivado dende o orixinal o 2011-07-16. Consultado o 2009-02-23. 
  80. ↑ Roach JC; Glusman G; Smit AF; et al. (abril de 2010). "Analysis of genetic inheritance in a family quartet by whole-genome sequencing". Science 328 (5978): 636–9. Bibcode:2010Sci...328..636R. PMC 3037280. PMID 20220176. doi:10.1126/science.1186802. 
  81. ↑ Campbell CD; Chong JX; Malig M; et al. (novembro de 2012). "Estimating the human mutation rate using autozygosity in a founder population". Nat. Genet. 44 (11): 1277–81. PMC 3483378. PMID 23001126. doi:10.1038/ng.2418. 
  82. ↑ Ye K; Beekman M; Lameijer EW; Zhang Y; Moed MH; van den Akker EB; Deelen J; Houwing-Duistermaat JJ; Kremer D; Anvar SY; Laros JF; Jones D; Raine K; Blackburne B; Potluri S; Long Q; Guryev V; van der Breggen R; Westendorp RG; 't Hoen PA; den Dunnen J; van Ommen GJ; Willemsen G; Pitts SJ; Cox DR; Ning Z; Boomsma DI; Slagboom PE (decembro de 2013). "Aging as accelerated accumulation of somatic variants: whole-genome sequencing of centenarian and middle-aged monozygotic twin pairs". Twin Res Hum Genet 16 (6): 1026–32. PMID 24182360. doi:10.1017/thg.2013.73. 
  83. ↑ Keightley PD (febreiro 2012). "Rates and fitness consequences of new mutations in humans". Genetics 190 (2): 295–304. PMC 3276617. PMID 22345605. doi:10.1534/genetics.111.134668. 
  84. ↑ Tuna M; Amos CI (novembro de 2013). "Genomic sequencing in cancer". Cancer Lett. 340 (2): 161–70. PMC 3622788. PMID 23178448. doi:10.1016/j.canlet.2012.11.004. 
  85. ↑ Moran, Laurence A. (24 de marzo de 2011). "Sandwalk: How Big Is the Human Genome?". sandwalk.blogspot.com. Arquivado dende o orixinal o 1 de decembro de 2017. Consultado o 29 de abril de 2018. 
  86. ↑ Hodgkinson, Alan; Chen, Ying; Eyre-Walker, Adam (xaneiro de 2012). "The large-scale distribution of somatic mutations in cancer genomes". Human Mutation 33 (1): 136–143. ISSN 1098-1004. PMID 21953857. doi:10.1002/humu.21616. 
  87. ↑ Supek, Fran; Lehner, Ben (2015-05-07). "Differential DNA mismatch repair underlies mutation rate variation across the human genome". Nature 521 (7550): 81–84. Bibcode:2015Natur.521...81S. ISSN 0028-0836. PMC 4425546. PMID 25707793. doi:10.1038/nature14173. 
  88. ↑ Schuster-Böckler, Benjamin; Lehner, Ben (2012-08-23). "Chromatin organization is a major influence on regional mutation rates in human cancer cells". Nature 488 (7412): 504–507. Bibcode:2012Natur.488..504S. ISSN 1476-4687. PMID 22820252. doi:10.1038/nature11273. 
  89. ↑ Supek, Fran; Lehner, Ben (2017-07-27). "Clustered Mutation Signatures Reveal that Error-Prone DNA Repair Targets Mutations to Active Genes". Cell 170 (3): 534–547.e23. ISSN 1097-4172. PMID 28753428. doi:10.1016/j.cell.2017.07.003. hdl:10230/35343. 
  90. ↑ Yano, K; Yamamoto, E; Aya, K; Takeuchi, H; Lo, PC; Hu, L; Yamasaki, M; Yoshida, S; Kitano, H; Hirano, K; Matsuoka, M (agosto de 2016). "Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice.". Nature Genetics 48 (8): 927–34. PMID 27322545. doi:10.1038/ng.3596. 
  91. ↑ 91,0 91,1 91,2 Abbott, Phil (2010). "US clinics quietly embrace whole-genome sequencing : Nature News". Nature. doi:10.1038/news.2010.465. Arquivado dende o orixinal o 2017-04-16. Consultado o 2016-11-11. 
  92. ↑ Ashley, EA; Butte, AJ; Wheeler, MT; Chen, R; Klein, TE; Dewey, FE; Dudley, JT; Ormond, KE; Pavlovic, A; Morgan, AA; Pushkarev, D; Neff, NF; Hudgins, L; Gong, L; Hodges, LM; Berlin, DS; Thorn, CF; Sangkuhl, K; Hebert, JM; Woon, M; Sagreiya, H; Whaley, R; Knowles, JW; Chou, MF; Thakuria, JV; Rosenbaum, AM; Zaranek, AW; Church, GM; Greely, HT; Quake, SR; Altman, RB (1 de maio de 2010). "Clinical assessment incorporating a personal genome.". Lancet 375 (9725): 1525–35. PMC 2937184. PMID 20435227. doi:10.1016/S0140-6736(10)60452-7. 
  93. ↑ Dewey, Frederick E.; Wheeler, Matthew T.; Cordero, Sergio; Perez, Marco V.; Pavlovic, Aleks; Pushkarev, Dmitry; Freeman, James V.; Quake, Steve R.; Ashley, Euan A. (abril de 2011). "Molecular Autopsy for Sudden Cardiac Death Using Whole Genome Sequencing". Journal of the American College of Cardiology 57 (14): E1159. doi:10.1016/S0735-1097(11)61159-5. 
  94. ↑ Dewey, Frederick E.; Chen, Rong; Cordero, Sergio P.; Ormond, Kelly E.; Caleshu, Colleen; Karczewski, Konrad J.; Whirl-Carrillo, Michelle; Wheeler, Matthew T.; Dudley, Joel T.; Byrnes, Jake K.; Cornejo, Omar E.; Knowles, Joshua W.; Woon, Mark; Sangkuhl, Katrin; Gong, Li; Thorn, Caroline F.; Hebert, Joan M.; Capriotti, Emidio; David, Sean P.; Pavlovic, Aleksandra; West, Anne; Thakuria, Joseph V.; Ball, Madeleine P.; Zaranek, Alexander W.; Rehm, Heidi L.; Church, George M.; West, John S.; Bustamante, Carlos D.; Snyder, Michael; Altman, Russ B.; Klein, Teri E.; Butte, Atul J.; Ashley, Euan A. (15 de setembro de 2011). "Phased Whole-Genome Genetic Risk in a Family Quartet Using a Major Allele Reference Sequence". PLOS Genetics 7 (9): e1002280. PMC 3174201. PMID 21935354. doi:10.1371/journal.pgen.1002280. 
  95. ↑ "One In A Billion: A boy's life, a medical mystery". Jsonline.com. Arquivado dende o orixinal o 2013-10-05. Consultado o 2016-11-11. 
  96. ↑ Mayer AN, Dimmock DP, Arca MJ, et al. (marzo de 2011). "A timely arrival for genomic medicine". Genet. Med. 13 (3): 195–6. PMID 21169843. doi:10.1097/GIM.0b013e3182095089. 
  97. ↑ "Introducing diagnostic applications of '3Gb-testing' in human genetics". Arquivado dende o orixinal o 2014-11-10. 
  98. ↑ Boccia S, Mc Kee M, Adany R, Boffetta P, Burton H, Cambon-Thomsen A, Cornel MC, Gray M, Jani A, Knoppers BM, Khoury MJ, Meslin EM, Van Duijn CM, Villari P, Zimmern R, Cesario A, Puggina A, Colotto M, Ricciardi W (agosto de 2014). "Beyond public health genomics: proposals from an international working group". Eur J Public Health 24 (6): 877–879. PMC 4245010. PMID 25168910. doi:10.1093/eurpub/cku142. 
  99. ↑ "RD-Connect News 18 de xullo de 2014". Rd-connect.eu. Arquivado dende o orixinal o 10 de outubro de 2016. Consultado o 2016-11-11. 
  100. ↑ "Genomes2People: A Roadmap for Genomic Medicine". www.frontlinegenomics.com. Arquivado dende o orixinal o 14 de febreiro de 2017. Consultado o 29 de abril de 2018. 
  101. ↑ "The Risk Evaluation and Education for Alzheimer's Disease (REVEAL) Study - HBHE Genetics Research Group". hbhegenetics.sph.umich.edu. Arquivado dende o orixinal o 29 de setembro de 2017. Consultado o 29 de abril de 2018. 
  102. ↑ "Risk Evaluation and Education for Alzheimer's Disease (REVEAL) II - Full Text View - ClinicalTrials.gov". clinicaltrials.gov. 22 de xullo de 2009. Arquivado dende o orixinal o 14 de febreiro de 2017. Consultado o 29 de abril de 2018. 
  103. ↑ "Boston Researchers To Sequence Newborn Babies' DNA". wbur.org. 2013-09-05. 
  104. ↑ "The BabySeq project: implementing genomic sequencing in newborns". BMC Pediatrics. 2018-07-09. doi:10.1186/s12887-018-1200-1. 
  105. ↑ "The Effect of BabySeq on Pediatric and Genomic Research—More Than Baby Steps". JAMA Pediatrics. 2021-08-23. doi:10.1001/jamapediatrics.2021.2826. 
  106. ↑ Farnaes L; Hildreth A; Sweeney NM; Clark MM; Chowdhury S; Nahas S; Cakici JA; Benson W; Kaplan RH; Kronick R; Bainbridge MN; Friedman J; Gold JJ; Ding Y; Veeraraghavan N; Dimmock D; Kingsmore SF (2018). "Rapid whole-genome sequencing decreases infant morbidity and cost of hospitalization". NPJ Genomic Medicine 3: 10. PMC 5884823. PMID 29644095. doi:10.1038/s41525-018-0049-4. 
  107. ↑ Lee, Seunggeung; Abecasis, Gonçalo R.; Boehnke, Michael; Lin, Xihong (xullo de 2014). "Rare-Variant Association Analysis: Study Designs and Statistical Tests". The American Journal of Human Genetics 95 (1): 5–23. ISSN 0002-9297. PMC 4085641. PMID 24995866. doi:10.1016/j.ajhg.2014.06.009. 
  108. ↑ Li, Xihao; Li, Zilin; Zhou, Hufeng; Gaynor, Sheila M.; Liu, Yaowu; Chen, Han; Sun, Ryan; Dey, Rounak; Arnett, Donna K.; Aslibekyan, Stella; Ballantyne, Christie M.; Bielak, Lawrence F.; Blangero, John; Boerwinkle, Eric; Bowden, Donald W.; Broome, Jai G; Conomos, Matthew P; Correa, Adolfo; Cupples, L. Adrienne; Curran, Joanne E.; Freedman, Barry I.; Guo, Xiuqing; Hindy, George; Irvin, Marguerite R.; Kardia, Sharon L. R.; Kathiresan, Sekar; Khan, Alyna T.; Kooperberg, Charles L.; Laurie, Cathy C.; Liu, X. Shirley; Mahaney, Michael C.; Manichaiku, Ani W.; Martin, Lisa W.; Mathias, Rasika A.; McGarvey, Stephen T.; Mitchell, Braxton D.; Montasser, May E.; Moore, Jill E.; Morrison3, Alanna C.; O’Connell, Jeffrey R.; Palmer, Nicholette D.; Pampana, Akhil; Peralta, Juan M.; Peyser, Patricia A.; Psaty, Bruce M.; Redline, Susan; Rice, Kenneth M.; Rich, Stephen S.; Smith, Jennifer A.; Tiwari, Hemant K.; Tsai, Michael Y.; Vasan, Ramachandran S.; Wang, Fei Fei; Weeks, Daniel E.; Weng, Zhiping; Wilson, James G.; Yanek, Lisa R.; NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium; TOPMed Lipids Working Group; Neale, Benjamin M.; Sunyaev, Shamil R.; Abecasis, Gonçalo R.; Rotter, Jerome I.; Willer, Cristen J.; Peloso, Gina M.; Natarajan, Pradeep; Lin, Xihong (Sep 2020). "Dynamic incorporation of multiple in silico functional annotations empowers rare variant association analysis of large whole-genome sequencing studies at scale". Nature Genetics (en inglés) 52 (9): 969–983. ISSN 1061-4036. PMC 7483769. PMID 32839606. doi:10.1038/s41588-020-0676-4. 
  109. ↑ 109,0 109,1 109,2 109,3 109,4 109,5 109,6 109,7 Sijmons, R.H.; Van Langen, I.M (2011). "A clinical perspective on ethical issues in genetic testing". Accountability in Research: Policies and Quality Assurance 18 (3): 148–162. Bibcode:2013ARPQ...20..143D. PMID 21574071. doi:10.1080/08989621.2011.575033. 
  110. ↑ Ayday E; De Cristofaro E; Hubaux JP; Tsudik G (2015). "The Chills and Thrills of Whole Genome Sequencing". arXiv:1306.1264 [cs.CR]. 
  111. ↑ Borry, P.; Evers-Kiebooms, G.; Cornel, MC; Clarke, A; Dierickx, K; Public Professional Policy Committee (PPPC) of the European Society of Human Genetics (ESHG) (2009). "Genetic testing in asymptomatic minors Background considerations towards ESHG Recommendations". Eur J Hum Genet 17 (6): 711–9. PMC 2947094. PMID 19277061. doi:10.1038/ejhg.2009.25. 
  112. ↑ Henderson, Mark (2009-02-09). "Genetic mapping of babies by 2019 will transform preventive medicine". London: Times Online. Arquivado dende o orixinal o 2009-05-11. Consultado o 2009-02-23. 
  113. ↑ McCabe LL; McCabe ER (xuño de 2001). "Postgenomic medicine. Presymptomatic testing for prediction and prevention". Clin Perinatol 28 (2): 425–34. PMID 11499063. doi:10.1016/S0095-5108(05)70094-4. 
  114. ↑ Nelson RM; Botkjin JR; Kodish ED; et al. (xuño de 2001). "Ethical issues with genetic testing in pediatrics". Pediatrics 107 (6): 1451–5. PMID 11389275. doi:10.1542/peds.107.6.1451. 
  115. ↑ Borry P; Fryns JP; Schotsmans P; Dierickx K (febreiro de 2006). "Carrier testing in minors: a systematic review of guidelines and position papers". Eur. J. Hum. Genet. 14 (2): 133–8. PMID 16267502. doi:10.1038/sj.ejhg.5201509. 
  116. ↑ Borry P; Stultiens L; Nys H; Cassiman JJ; Dierickx K (novembro de 2006). "Presymptomatic and predictive genetic testing in minors: a systematic review of guidelines and position papers". Clin. Genet. 70 (5): 374–81. PMID 17026616. doi:10.1111/j.1399-0004.2006.00692.x. 
  117. ↑ McGuire, Amy, L; Caulfield, Timothy (2008). "Science and Society: Research ethics and the challenge of whole-genome sequencing". Nature Reviews Genetics 9 (2): 152–156. PMC 2225443. PMID 18087293. doi:10.1038/nrg2302. 
  118. ↑ Curtis, Caitlin; Hereward, James; Mangelsdorf, Marie; Hussey, Karen; Devereux, John (18 de decembro de 2018). "Protecting trust in medical genetics in the new era of forensics". Genetics in Medicine 21 (7): 1483–1485. PMC 6752261. PMID 30559376. doi:10.1038/s41436-018-0396-7. 
  119. ↑ Wade, Nicholas (4 de setembro de 2007). "In the Genome Race, the Sequel Is Personal". New York Times. Arquivado dende o orixinal o 11 de abril de 2009. Consultado o 22 de febreiro de 2009. 
  120. ↑ Ledford, Heidi (2007). "Access : All about Craig: the first 'full' genome sequence". Nature 449 (7158): 6–7. Bibcode:2007Natur.449....6L. PMID 17805257. doi:10.1038/449006a. 
  121. ↑ Levy S, Sutton G, Ng PC, Feuk L, Halpern AL, Walenz BP, Axelrod N, Huang J, Kirkness EF, Denisov G, Lin Y, MacDonald JR, Pang AW, Shago M, Stockwell TB, Tsiamouri A, Bafna V, Bansal V, Kravitz SA, Busam DA, Beeson KY, McIntosh TC, Remington KA, Abril JF, Gill J, Borman J, Rogers YH, Frazier ME, Scherer SW, Strausberg RL, Venter JC (setembro de 2007). "The diploid genome sequence of an individual human". PLOS Biol. 5 (10): e254. PMC 1964779. PMID 17803354. doi:10.1371/journal.pbio.0050254. 
  122. ↑ Wade, Wade (1 de xuño de 2007). "DNA pioneer Watson gets own genome map". International Herald Tribune. Arquivado dende o orixinal o 27 de setembro de 2008. Consultado o 22 de febreiro de 2009. 
  123. ↑ Wade, Nicholas (31 de maio de 2007). "Genome of DNA Pioneer Is Deciphered". New York Times. Arquivado dende o orixinal o 20 de xuño de 2011. Consultado o 21 de febreiro de 2009. 
  124. ↑ Wheeler DA; Srinivasan M; Egholm M; Shen Y; Chen L; McGuire A; He W; Chen YJ; Makhijani V; Roth GT; Gomes X; Tartaro K; Niazi F; Turcotte CL; Irzyk GP; Lupski JR; Chinault C; Song XZ; Liu Y; Yuan Y; Nazareth L; Qin X; Muzny DM; Margulies M; Weinstock GM; Gibbs RA; Rothberg JM (2008). "The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing". Nature 452 (7189): 872–6. Bibcode:2008Natur.452..872W. PMID 18421352. doi:10.1038/nature06884. 
  125. ↑ Wang J; Wang, Wei; Li, Ruiqiang; Li, Yingrui; Tian, Geng; Goodman, Laurie; Fan, Wei; Zhang, Junqing; Li, Jun; Zhang, Juanbin, Juanbin; Guo, Yiran, Yiran; Feng, Binxiao, Binxiao; Li, Heng, Heng; Lu, Yao, Yao; Fang, Xiaodong, Xiaodong; Liang, Huiqing, Huiqing; Du, Zhenglin, Zhenglin; Li, Dong, Dong; Zhao, Yiqing, Yiqing; Hu, Yujie, Yujie; Yang, Zhenzhen, Zhenzhen; Zheng, Hancheng, Hancheng; Hellmann, Ines, Ines; Inouye, Michael, Michael; Pool, John, John; Yi, Xin, Xin; Zhao, Jing, Jing; Duan, Jinjie, Jinjie; Zhou, Yan, Yan; et al. (2008). "The diploid genome sequence of an Asian individual". Nature 456 (7218): 60–65. Bibcode:2008Natur.456...60W. PMC 2716080. PMID 18987735. doi:10.1038/nature07484. 
  126. ↑ Bentley DR; Balasubramanian S; et al. (2008). "Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry". Nature 456 (7218): 53–9. Bibcode:2008Natur.456...53B. PMC 2581791. PMID 18987734. doi:10.1038/nature07517. 
  127. ↑ Ley TJ; Mardis ER; Ding L; Fulton B; McLellan MD; Chen K; Dooling D; Dunford-Shore BH; McGrath S; Hickenbotham M; Cook L; Abbott R; Larson DE; Koboldt DC; Pohl C; Smith S; Hawkins A; Abbott S; Locke D; Hillier LW; Miner T; Fulton L; Magrini V; Wylie T; Glasscock J; Conyers J; Sander N; Shi X; Osborne JR; et al. (2008). "DNA sequencing of a cytogenetically normal acute myeloid leukaemia genome". Nature 456 (7218): 66–72. Bibcode:2008Natur.456...66L. PMC 2603574. PMID 18987736. doi:10.1038/nature07485. 
  128. ↑ Lohr, Steve (2011-10-20). "New Book Details Jobs's Fight Against Cancer". The New York Times. Arquivado dende o orixinal o 2017-09-28. 
  129. ↑ "Complete Human Genome Sequencing Datasets to its Public Genomic Repositoryarchive-url=https://web.archive.org/web/20120610192353/http://www.completegenomics.com/news-events/press-releases/archive/Complete-Genomics-Adds-29-High-Coverage-Complete-Human-Genome-Sequencing-Datasets-to-its-Public-Genomic-Repository--119298369.html". Arquivado dende o orixinal o 10 de xuño de 2012. Consultado o 26 de decembro de 2021. 
  130. ↑ Corpas, Manuel; Cariaso, Mike; Coletta, Alain; Weiss, David; Harrison, Andrew P; Moran, Federico; Yang, Huanming (12 de novembro de 2013). A Complete Public Domain Family Genomics Dataset.  biorxiv 10.1101/000216
  131. ↑ 131,0 131,1 "200,000 whole genomes made available for biomedical studies by U.K. effort". www.science.org (en inglés). Consultado o 11 de decembro de 2021. 
  132. ↑ "Whole Genome Sequencing data on 200,000 UK Biobank participants available now". www.ukbiobank.ac.uk. Consultado o 11 de decembro de 2021. 

Véxase tamén

[editar | editar a fonte]

Outros artigos

[editar | editar a fonte]

Ligazóns externas

[editar | editar a fonte]
Traído desde «https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=Secuenciación_do_xenoma_completo&oldid=6777184»