A tempada 1999-2000 da Heineken Cup foi a 5ª edición da máxima competición continental do rugby europeo. Nesta edición foron 24 os equipos participantes, divididos por primeira vez en 6 grupos de 4, para afrontar a primeira fase da competición, a fase de grupos. Tralas 6 xornadas correspondentes a esta primeira fase, os primeiros de cada grupo e os 2 mellores segundos clasificáronse para disputar os cuartos de final, a partido único, as semifinais e a final.
Nesta 5ª edición do torneo participaron 6 equipos franceses, 5 galeses, 3 irlandeses, 2 italianos, 2 escoceses, e de novo houbo presenza de equipos ingleses trala súa ausencia na tempada 1998/99. Foron 6 os equipos ingleses participantes este ano.
Os 6 equipos que remataron primeiros de grupo clasificáronse para cuartos de final, ademais dos 2 equipos que remataron na segunda posición con máis puntos. Os equipos que xogaron como locais foron os que máis puntos conseguiron, ou en caso de empate aplicouse o criterio de ensaios a prol ou diferenza entre puntos anotados e encaixados. Nas semifinais aplicouse o mesmo criterio para decidir que equipo xogaba como local. A final disputouse o 27 de maio do ano 2000 no Twickenham Stadium en Londres diante de 68.441 Persoas. Northampton Saints coroóuse como quinto Campión de Europa.
.svg){kind=small}
