Transporter Classification Database

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas. Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

Clasificación

Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canles/Poros

1.A Canles de tipo α

• 1.A.1 Superfamilia das Canles iónicas reguladas por voltaxe
• 1.A.2 Canle de K+ rectificadora entrante animal
• 1.A.3 Canle de Ca2+ receptora de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato
• 1.A.4 Canle de Ca2+ de potencial receptor transitorio
• 1.A.5 Canle de catións de policistina
• 1.A.6 Canle de Na+ epitelial
• 1.A.7 Canle de catións regulada por ATP
• 1.A.8 Proteína intrínseca maior
• 1.A.9 Canle iónica regulado por ligando de receptores de neurotransmisores
• 1.A.10 Canle iónica regulada por glutamato de receptores de neurotransmisores
• 1.A.11 Canle de cloruro
• 1.A.12 Canle de cloruro organular
• 1.A.13 Canle de cloruro epitelial
• 1.A.14 Canle de catións non selectiva 1
• 1.A.15 Canle de catións non selectiva 2
• 1.A.16 Canle de Ca2+, selectiva de catións activada por estiramento de lévedos
• 1.A.17 Canle de solutos da membrana externa dos cloroplastos
• 1.A.18 Formador da canle de anións da membrana do cloroplasto
• 1.A.19 Canle da matriz 2 do virus da influenza
• 1.A.20 Canle de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase
• 1.A.21 Regulador da apoptose
• 1.A.22 Canle iónica mecanosensible de gran condutancia
• 1.A.23 Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia
• 1.A.24 Conexina formadora de unións comunicantes
• 1.A.25 Innexina formadora de unións comunicantes
• 1.A.26 Plasmodesmos de plantas
• 1.A.27 Fosfolemman
• 1.A.28 Transportador de urea (canle)
• 1.A.29 Canle de urea/amida
• 1.A.30 Superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+
• 1.A.31 Anexina
• 1.A.32 Canle NB do virus da influenza Tipo B
• 1.A.33 Proteína de shock térmico 70 formadora de canles de catións
• 1.A.34 Canle E1 do virus Envelope
• 1.A.35 Transportador de ións metálicos (canle)
• 1.A.36 Canle de cloruro intracelular

1.I Canles unidas a membranas

• 1.I.1 Familia do complexo do poro nuclear, incluíndo as carioferinas
• 1.I.2 Familia dos plasmodesmos de plantas

Non agrupados

• Similares a canles iónicas reguladas por voltaxe, incluíndo canles de potasio KcsA e KvAP, e cale iónica de potasio rectificadora entrante Kirbac
• Canle mecanosensible de gran condutancia, MscL
• Canle iónica mecanosensible de pequena condutancia (MscS)
• Transportadores de ións metálicos CorA
• Canle iónica regulada por ligando dos receptores de neurotransmisores (receptor de acetilcolina)
• Acuaporinas
• Canles de cloruros
• Proteína auxiliar da membrana externa (transportador de polisacáridos)
• Porinas a algunhas outras proteínas de barril beta das membranas externas

2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico

Non agrupados

• Proteína transportadora mitocondrial
• Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, lactosa permease, e transportador multidrogas EmrD)
• Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)
• Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)
• Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)
• Simportador de sodio de neurotransmisor
• Transportadores de amonio
• Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)

3. Transportadores activos primarios

3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P

• ATPase de calcio de tipo P (cinco conformacións diferentes)
• Reguladores da ATPase de calcio fosfolamban e sarcolipina
• Transportadores ABC: BtuCD, transportador multidrogas, e transportador de captación do molibdato
• Translocón da vía secretora (Sec) xeral (preproteína translocase SecY)

3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución

• Proteínas similares ao citocromo b transmembrana: coencima Q-citocromo c redutase (citocromo bc1); complexo do citocromo b6f; formato deshidroxenase, nitrato redutase respiratoria; succinato-coencima Q redutase (fumarato redutase); e succinato deshidroxenase. Ver cadea de transporte de electróns.
• Citocromo c oxidases de bacterias e mitocondrias

3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz

• Proteínas similares á bacteriorrodopsina incluíndo a rodopsina (ver tamén opsina)
• Centros de reacción fotosintéticos bacterianos e fotosistemas I e II
• Complexos colleitadores de luz de bacterias e cloroplastos

Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados

• ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns

5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns

Non agrupados

• Proteína B de formación de enlace disulfuro (DsbB)

6. Non utilizados

Reservado para unha futura ampliación.

7. Non usados

Reservado para unha futura ampliación.

Exemplos

• Regulador da condutancia transmembrana da fibrose quística—3.A.1.202.1

Véxase tamén

Ligazóns externas

• Transporter Classification Database
• List en qmul.ac.uk
• Saier MH, Tran CV, Barabote RD (January 2006). "TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D181–6. PMC 1334385. PMID 16381841. doi:10.1093/nar/gkj001. 
• Busch W, Saier MH (2002). "The transporter classification (TC) system, 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 37 (5): 287–337. PMID 12449427. doi:10.1080/10409230290771528.