Transporter Classification Database

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Saltar ata a navegación Saltar á procura

A Transporter Classification Database ou TCDB (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) para as proteínas transportadoras de membrana incluíndo as canles iónicas.[1] Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do número EC para a clasificación de encimas, pero utiliza tamén información filoxenética.

Índice

Clasificación[editar | editar a fonte]

Velaquí o nivel superior de clasificación e algúns exemplos de proteínas con estrutura tridimensional coñecida:

1. Canles/Poros[editar | editar a fonte]

1.A Canles de tipo α[editar | editar a fonte]

1.B Porinas de barril β[editar | editar a fonte]

1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas e péptidos)[editar | editar a fonte]

1.D Canles sintetizadas non ribosomalmente[editar | editar a fonte]

1.E Holinas[editar | editar a fonte]

1.F Poros de fusión de vesículas[editar | editar a fonte]

1.G Poros de fusión viral[editar | editar a fonte]

1.H Canles paracelulares[editar | editar a fonte]

1.I Canles unidas a membranas[editar | editar a fonte]

Non agrupados[editar | editar a fonte]

2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico[editar | editar a fonte]

2.A Portadores (uniportadores, simportadores, antiportadores)[editar | editar a fonte]

2.B Portadores non sintetizados ribosomalmente[editar | editar a fonte]

2.C Enerxizadores implsados por gradiente iónico[editar | editar a fonte]

Non agrupados[editar | editar a fonte]

  • Proteína transportadora mitocondrial[10]
  • Superfamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, Lactosa permease, e Transportador multidrogas EmrD)[11]
  • Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver resistencia a multidrogas)[12]
  • Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)[13]
  • Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)[14]
  • Simportador de sodio de neurotransmisor[15]
  • Transportadores de amonio[16]
  • Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)[17]

3. Transportadores activos primarios[editar | editar a fonte]

3.A. Transportadores impulsados pola hidrólise do enlace P-P[editar | editar a fonte]

3.B Transportadores impulsados por descarboxilación[editar | editar a fonte]

3.C Transportadores impulsados por metiltransferencia[editar | editar a fonte]

3.D. Transportadores impulsados por oxidorredución[editar | editar a fonte]

3.E. Transportadores impulsados pola absorción de luz[editar | editar a fonte]

Transportadores impulsados por potencial electroquímico non agrupados[editar | editar a fonte]

  • ATPases de tipos V e F que translocan sodio ou protóns[29]

4. Translocadores de grupo[editar | editar a fonte]

4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia[editar | editar a fonte]

4.B Transportadores de captación de nicotinamida ribonucleósido[editar | editar a fonte]

4.C Transportadores acoplados á acil CoA ligase[editar | editar a fonte]

5. Transportadores (carriers) do transporte de electróns[editar | editar a fonte]

5.A Transportadores de transferencia de 2 electróns transmembrana[editar | editar a fonte]

5.B Transportadores de transferencia de 1 electrón transmembrana[editar | editar a fonte]

Non agrupados[editar | editar a fonte]

6. Non utilizados[editar | editar a fonte]

Reservado para unha futura ampliación.

7. Non usados[editar | editar a fonte]

Reservado para unha futura ampliación.

8. Factores accesorios implicados no transporte[editar | editar a fonte]

8.A Proteínas de transporte auxiliares[editar | editar a fonte]

8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canles e transportadores (carriers)[editar | editar a fonte]

8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canles e transportadores (carriers)[editar | editar a fonte]

9. Sistemas de Transporte Caracterizados Incompletamente[editar | editar a fonte]

9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquímico descoñecido[editar | editar a fonte]

9.B Proteínas transportadoras supostas[editar | editar a fonte]

9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas[editar | editar a fonte]

Exemplos[editar | editar a fonte]

Notas[editar | editar a fonte]

  1. Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C (January 2009). "The Transporter Classification Database: recent advances". Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D274–8. PMC 2686586. PMID 19022853. doi:10.1093/nar/gkn862. 
  2. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=8
  3. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=12
  4. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=11
  5. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=72
  6. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=14
  7. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=7
  8. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=10
  9. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=188
  10. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=21
  11. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=15
  12. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=16
  13. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=20
  14. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=66
  15. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=67
  16. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=13
  17. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=77
  18. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=22
  19. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=70
  20. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=17
  21. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=18
  22. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=198
  23. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=19
  24. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3
  25. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4
  26. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6
  27. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2
  28. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1
  29. http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=5
  30. http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2hi7

Véxase tamén[editar | editar a fonte]

Ligazóns externas[editar | editar a fonte]