Todos os regatos de Aceituna van para ao río Alagón, que marca o límite dos termos municipais de Aceituna e Valdeobispo. Os regatos máis importantes que pasan polo concello son os de Aceituna, Higaleja e Ribera del Bronco.
No sur do concello atópase o encoro de San Marcos, no arroio de Aceituna. Outro encoro é a presa de Valdeobispo, no seu límite con Valdeobispo.
No seu territorio encóntranse ademais varias lagoas, como a Lagoa Maruguero, a Lagoa Nueva, a Lagoa del Manzano, a Lagoa Chavarcón, a Lagoa Chica, a Lagoa de los Tejares etc.
