O Club Deportivo Guijuelo fundouse en 1974. O seu primeiro presidente foi David Hernández Ingelmo.
A tempada 2003/04 o equipo debuta na Segunda División B. Nesta categoría só dura unha tempada. Este ano regresa á Terceira, aínda que volve ascender a 2ªB, onde milita actualmente.
Na tempada 2013/14 acaba en cuarta posición e xoga, por primeira vez na súa historia, o playoff de ascenso a Segunda. O equipo salmantino foi eliminado na primeira rolda polo CD Leganés logo de empatar a cero en Guijuelo e perder 1-0 en Butarque.