Saltar ao contido

Ómica

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Diagrama que ilustra a xenómica

O neoloxismo ómica refírese informalmente aos campos da bioloxía que se denominan terminando en -ómica, como xenómica, proteómica ou metabolómica. A ómica trata da caracterización colectiva e cuantificación de conxuntos de moléculas biolóxicas que determinan a estrutura, función e dinámica dun organismo ou organismos.

O sufixo relacionado -oma utilízase para indicar os obxectos de estudo en ditos campos, como o xenoma, proteoma ou metaboloma, respectivamente. O sufixo -oma, cando se utiliza en bioloxía molecular, refírese á totalidade dalgunha clase de cousas; é un exemplo de "neo-sufixo" formado por abstracción de varios termos gregos acabados en -ωμα, unha secuencia que en grego non formaba ningún sufixo (o verdadeiro sufixo era -μα).

A xenómica funcional ten como obxectivo identificar as funcións de tantos xenes como sexa posible dun organismo dado. Combina diferentes técnicas ómicas, como a transcritómica e a proteómica con coleccións de mutantes saturadas.[1]

Orixe

[editar | editar a fonte]
"Omicum": edificio do Biocentro estoniano, que alberga o Centro do Xenoma Estoniano e o Instituto de Bioloxía Celular e Molecular da Universidade de Tartu en Tartu, Estonia.

Hai tres grandes campos nos que se aplica o sufixo -oma:

  1. En medicina, formando nomes co sentido de "inchamento, tumor" (sarcoma, anxioma).
  2. En botánica ou zooloxía, formando nomes co sentido de "unha parte dun animal ou planta cunha estrutura especificada" (rizoma, rabdoma).
  3. En bioloxía celular e molecular, formando nomes co sentido de "todos os constituíntes considerados en conxunto" (proteoma, epixenoma).

O sufixo -oma orixinouse no século XIX en palabras como escleroma[2] ou rizoma.[3] Todas estes termos derivan de palabras gregas que remataban en -ωμα (-oma),[4] secuencia que contén o verdadeiro sufixo grego -μα (-ma), e un -ω- (-o-) que pertence á palabra raíz (xeralmente un verbo) e non ao propio sufixo.

Suxeriuse que a súa terceira definición se orixinou a partir de palabras como mitoma.[5] Entre os primeiros rexistros están bioma (1916)[6] e xenoma (acuñada a partir do alemán Genom en 1920[7]).[8] Como xenoma se refire á constitución xenética completa dun organismo, o neosufixo -oma pasou a facer referencia a "totalidade" ou "completo".[9]

Este prefixo non ten nada que ver con termos como cromosoma ou cromosómico, que acaban en soma (σωμ(ατ)-, 'corpo') e non no sufixo oma.[8] Tampouco ten que ver con palabras como cómico ou económico, que teñen outra etimoloxía.

Os bioinformáticos e biólogos moleculares foron os primeiros científicos en utilizar moi amplamente o sufixo "-oma", aplicándoo a moitos novos termos. Uns dos primeiros que iniciaron ese uso foron os bioinformáticos de Cambridge, Reino Unido, onde se encontraban moitos dos primeiros laboratorios bioinformáticos, como o centro do MRC (Medical Research Council), o centro Sanger e o Instituto Europeo de Bioinformática. Por exemplo, o centro do MRC levou a cabo os primeiros proxectos xenoma e proteoma.

A explosión da creación e uso de termos ómicos fixo que a publicación destes termos en PubMed desde a década de 1990 aumentase expoñencialmente.[10]

Tipos de estudos ómicos

[editar | editar a fonte]

Xenómica

[editar | editar a fonte]
  • Xenómica: estudo dos xenomas de organismos.
    • Xenómica cognitiva: estudo dos cambios en procesos cognitivos asociados con perfís xenéticos.
    • Xenómica comparada: estudo das relacións da estrutura do xenoma e a función entre diferentes especies biolóxicas ou cepas.
    • Xenómica funcional: describe as funcións e interaccións de xenes e proteínas (a miúdo usa a transcritómica).
    • Metaxenómica: estudo de metaxenomas, é dicir, material xenético recuperado directamente de mostras ambientais.
    • Neuroxenómica: estudo das influencias xenéticas no desenvolvemento e función do sistema nervioso.
    • Panxenómica: estudo dunha colección completa de familias xénicas atopadas dentro dunha especie dada.[11]
    • Xenómica persoal: rama da xenómica que trata da secuenciación e análise do xenoma dun individuo. Unha vez que se coñecen os xenotipos, o xenotipo dos individuos pode ser comparado coa literatura publicada para determinar a probabilidade da expresión de caracteres e risco de enfermidade. É útil na medicina personalizada.

Epixenómica

[editar | editar a fonte]

O epixenoma é estrutura de sostén do xenoma, incluíndo proteínas e ARN que se unen a el, estruturas alternativas do ADN e modificacións químicas do ADN.

  • Epixenómica: as tecnoloxías modernas que utiliza son a conformación cromosómica por Hi-C, varias ChIP-seq e outros métodos de secuenciación combinados con fraccionamentos proteómicos e métodos de secuenciación que encontran modificacións químicas nas citosinas, como a secuenciación de bisulfito.
  • Nucleómica: estudo do conxunto completo de compoñentes xenómicos, que forma "o núcleo celular como un complexo, sistema biolóxico dinámico, referido como nucleoma".[12][13] O Consorcio Nucleoma 4D uniuse oficialmente ao Consorcio Internacional do Epixenoma Humano (IHEC, International Human Epigenome Consortium) en 2017.

Lipidómica

[editar | editar a fonte]

O lipidoma é o complemento completo de lípidos celulares, incluíndo as modificacións feitas sobre determinados conxuntos de lípidos, producidos por un organismo ou sistema.

Proteómica

[editar | editar a fonte]

O proteoma é o complemento completo de proteínas, incluíndo as modificacións feitas a un conxunto determinado de proteínas, producidas por un organismo ou sistema.

  • Proteómica: estudo a grande escala de proteínas, especialmente as súas estruturas e funcións. Utilízanse técnicas de espectrometría de masas.
    • Inmunoproteómica: estudo de grandes conxuntos de proteínas (proteómica) implicadas na resposta inmune.
    • Nutriproteómica: identificación de dianas moleculares de compoñentes nutritivos e non nutritivos da dieta. Usa datos de espectroscopía de masas proteómica para estudos de expresión proteica.
    • Proteoxenómica: un campo emerxente de investigación biolóxica onde se solapan a proteómica e a xenómica. Os datos proteómicos son usados para anotacións de xenes.
    • Xenómica estrutural: estudo da estrutura tridimensional de todas as proteínas codificadas nun xenoma dado utilizando unha combinación de enfoques experimentais e de modelos.

Glicómica

[editar | editar a fonte]

A glicómica é o estudo completo do glicoma, é dicir, de azucres ou carbohidratos.

Alimentómica

[editar | editar a fonte]

A alimentómica ou foodómica (foodomics) foi definida en 2009 como "unha disciplina que estuda os dominios dos Alimentos e Nutrición por medio da aplicación e integración de tecnoloxías -ómicas avanzadas para mellorar o benestar, saúde e coñecemento do consumidor".

Transcritómica

[editar | editar a fonte]

O transcritoma é o conxunto de todas as moléculas de ARN, incluíndo o ARNm, ARNr, ARNt e outros ARN non codificantes, producidos nunha célula ou nunha poboación de células.

Metabolismo

[editar | editar a fonte]
  • Metabolómica: estudo científico de procesos químicos nos que están implicados os metabolitos. É un "estudo sistemático das pegadas dactilares químicas únicas que os procesos celulares específicos deixan tras de si", o estudo dos perfís de pequenas moléculas metabolitos.
  • Metabonómica: medición cuantitativa da resposta metabólica multiparamétrica dinámica de sistemas vivos a estímulos fisiopatolóxicos ou modificacións xenéticas.

Nutrición, farmacoloxía e toxicoloxía

[editar | editar a fonte]
  • Xenómica nutricional: ciencia que estuda as relacións entre o xenoma humano, a nutrición e a saúde.
    • Nutrixenética: estuda o efecto de variacións xenéticas na interacción entre dieta e saúde con implicacións a subgrupos susceptibles.
    • Nutrixenómica: estudo dos efectos dos alimentos e constituíntes de alimentos na expresión xénica. Estudos dos efectos dos nutrientes no xenoma, proteoma e metaboloma.
  • Farmacoxenómica: investiga o efecto da suma das variacións no xenoma humano sobre os fármacos.
  • Farmacomicrobiómica: investiga o efecto de variacións no microbioma humano sobre fármacos e viceversa.
  • Toxicoxenómica: un campo da ciencia que trata da recolección, interpretación e almacenaxe de información sobre actividade de xenes e proteínas nunha determinada célula ou tecido dun organismo en resposta a substancias tóxicas.

Cultura

[editar | editar a fonte]

Fóra da bioloxía molecular e inspirada por esta, un equipo de Harvard liderado por Jean-Baptiste Michel e Erez Lieberman Aiden crearon o neoloxismo culturómica, que aplicaron á recolección de grandes datos e análises de estudos culturais.

Miscelánea

[editar | editar a fonte]
  • Mitointeractoma: interactoma das proteínas mitocondriais.
  • Psicoxenómica: proceso de aplicar as poderosas ferramentas da xenómica e proteómica para consegir unha mellor comprensión dos susbtratos biolóxicos do comportamento normal e de doenzas do cerebro que se manifestan como anormalidades do comportamento. Ao aplicar a psicoxenómica ao estudo da adicción ás drogas, o obxectivo final é desenvolver tratamentos máis efectivos para estas desordes así como ferramentas de diagnóstico obxectivo, medidas preventivas e finalmente formas de curación.
  • Xenómica de células nai: útil na bioloxía das células troncais ou nais. Pretende establecer as células nai como un sistema modelo importante para a comprensión da bioloxía humana e estados de enfermidade e finalmente para acelerar o progreso cara á unha aplicación clínica.
  • Conectómica: o estudo do conectoma, a totalidade das conexións neurais do cerebro.
  • Microbiómica: o estudo dos xenomas das comunidade de microorganismos que viven nos tractos dixestivos de animais.
  • Celómica: é a análise celular cuantitativa e estudo usando métodos de bioimaxes e bioinformática.
  • Tomómica: unha combinación de tomografía e métodos ómicos para comprender a bioquímica de células e tecidos a unha alta resolución espacial, normalmente usando datos de espectroscopía de masas de imaxes.[14]
  • Etómica: é a medición con máquina de alto rendemento do comportamento animal.[15]
  • Videómica: un paradigma de análise de vídeo inspirado por principios xenómicos, onde unha secuencia de imaxes continua (ou vídeo) pode ser interpretado como a captura dunha soa imaxe que evoluciona no tempo por medio de mutacións revelando ‘unha escena’.[16]
  • Multiómica: a integración de diferentes ómicas nun só estudo ou análise de pipeline.
  • Interactoma: análise a grande escala das interaccións xene-xene, proteína-proteína, ou proteína-ligando.

Notas

[editar | editar a fonte]
  1. ↑ Holtorf, Hauke; Guitton, Marie-Christine; Reski, Ralf (2002). "Plant functional genomics". Naturwissenschaften 89 (6): 235–249. doi:10.1007/s00114-002-0321-3. 
  2. ↑ "scleroma, n : Oxford English Dictionary". Consultado o 2011-04-25. 
  3. ↑ , "rhizome, n : Oxford English Dictionary". Consultado o 2011-04-25. 
  4. ↑ "-oma, comb. form : Oxford English Dictionary". Consultado o 2011-04-25. 
  5. ↑ "Home : Oxford English Dictionary". Consultado o 2011-04-25. 
  6. ↑ "biome, n. : Oxford English Dictionary". Consultado o 2011-04-25. 
  7. ↑ Hans Winkler (1920). Verbreitung und Ursache der Parthenogenesis im Pflanzen - und Tierreiche. Verlag Fischer, Jena. p. 165. Ich schlage vor, für den haploiden Chromosomensatz, der im Verein mit dem zugehörigen Protoplasma die materielle Grundlage der systematischen Einheit darstellt den Ausdruck: das Genom zu verwenden ... " Tradución: "Propoño a expresión xenoma para o conxunto de cromosomas haploide, que, xunto co pertinente protoplasma, especifica os fundamentos materiais da especie ... 
  8. ↑ 8,0 8,1 Coleridge, H.; et alii. The Oxford English Dictionary
  9. ↑ Liddell, H.G.; Scott, R.; et alii. A Greek-English Lexicon [1996]. (Search at Perseus Project.)
  10. ↑ "O M E S Page". bioinfo.mbb.yale.edu. Arquivado dende o orixinal o 12 de maio de 2008. Consultado o 23 de novembro de 2019. 
  11. ↑ O'Connell, Mary J.; McNally, Alan; McInerney, James O. (2017-03-28). "Why prokaryotes have pangenomes". Nature Microbiology (en inglés) 2 (4): 17040. ISSN 2058-5276. doi:10.1038/nmicrobiol.2017.40. 
  12. ↑ Tashiro, Satoshi; Lanctôt, Christian (2015-03-04). "The International Nucleome Consortium". Nucleus 6 (2): 89–92. PMC 4615172. PMID 25738524. doi:10.1080/19491034.2015.1022703. 
  13. ↑ Cremer, Thomas; Cremer, Marion; Hübner, Barbara; Strickfaden, Hilmar; Smeets, Daniel; Popken, Jens; Sterr, Michael; Markaki, Yolanda; Rippe, Karsten (2015-10-07). "The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments". FEBS Letters (en inglés) 589 (20PartA): 2931–2943. ISSN 1873-3468. PMID 26028501. doi:10.1016/j.febslet.2015.05.037. 
  14. ↑ Cumpson, Peter; Fletcher, Ian; Sano, Naoko; Barlow, Anders (2016). "Rapid multivariate analysis of 3D ToF-SIMSdata: graphical processor units (GPUs) and low-discrepancy subsampling for large-scale principal component analysis". Surface and Interface Analysis 48 (12): 1328. doi:10.1002/sia.6042. 
  15. ↑ Reiser, Michael (2009). "The ethomics era?". Nature Methods 6 (6): 413–414. PMID 19478800. doi:10.1038/nmeth0609-413. 
  16. ↑ Kazantzidis, Ioannis; Florez-Revuelta, Francisco; Dequidt, Mickael; Hill, Natasha; Nebel, Jean-Christophe (2018). "Vide-omics: A genomics-inspired paradigm for video analysis". Computer Vision and Image Understanding 166: 28–40. doi:10.1016/j.cviu.2017.10.003. 

Véxase tamén

[editar | editar a fonte]

Outros artigos

[editar | editar a fonte]

Bibliografía

[editar | editar a fonte]

Ligazóns extrernas

[editar | editar a fonte]
  • Lista de ómicas, incluíndo referencias/orixes, do (CHI) Cambridge Health Institute.
Traído desde «https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=Ómica&oldid=6801782»