Jmol
| Jmol | |
|---|---|
mol_logo_2013.svg){kind=logo} | |
 Captura de pantalla dunha molécula en Jmol | |
| Desenvolvedor(es) | equipo de desenvolvemento de Jmol |
| Última versión | 13.0.4 (10 de setembro de 2012) |
| Repositorio | sourceforge |
| Sistema operativo | multiplataforma |
| Tipo | Modelización molecular |
| Licenza | GPL |
| Sitio web | www.jmol.org wiki.jmol.org |
Jmol é un visor de código aberto de estruturas químicas en 3D.[1] Jmol devolve unha representación tridimensional dunha molécula que pode usarse como ferramenta de ensino[2] ou para a investigación, por exemplo en química e bioquímica. É software libre e de código aberto, escrito en Java e por iso pódese executar en Windows, Mac OS X, Linux e sistemas Unix. Existe unha aplicación independente e un kit de ferramentas de desenvolvemento que pode integrarse noutras aplicacións Java. A característica máis notable é unha miniaplicación (applet) que se pode integrar en páxinas web para mostrar as moléculas de moitas formas. Por exemplo, as moléculas pódense mostrar como modelos de "bóla e pau", modelos "que enchen o espazo", modelos de "cinta" etc.[3] Jmol é compatible cunha ampla gama de formatos de ficheiro moleculares, incluíndo Protein Data Bank (PDB), ficheiro de información cristalográfica (CIF), MDL Molfile (mol) e Chemical Markup *Language (CML).
A miniaplicación Jmol, entre outras capacidades, ofrece unha alternativa á aplicación (plug-in) Chime, que xa non está baixo desenvolvemento activo. Aínda que Jmol ten moitas características que non están dispoñibles en Chime, non pretende reproducir toda a funcionalidade de Chime (en particular, o modo de Sculpt ou esculpir). Chime require instalar un plug-in en Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 de Microsoft Windows, ou en Netscape Communicator 4.8 en MacintoshVOS/9. Jmol require instalar Java e funciona nunha ampla variedade de plataformas. Por exemplo, Jmol é completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome e Safari.
Galería de imaxes[editar | editar a fonte]
Estrutura cristalina dunha ribonucleproteína con caixa H/ACA de Pyrococcus furiosus.
Dúas pontes salinas no tetrámero de hemoglobina (o grupo hemo móstrase como varas na parte inferior dereita).
Un fragmento do factor de transcrición TFIIIA con tres motivos dedo de zinc consecutivos, unido a un segmento de ADN.
Ribosoma bacteriano 70S de Thermus thermophilus.
Notas[editar | editar a fonte]
- ↑ Chen, Jim X. (2008). Springer, ed. Guide to Graphics Software Tools. ISBN 978-1-84800-900-4.
- ↑ Herráez, A (2006). "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue". Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4). doi:10.1002/bmb.2006.494034042644.
- ↑ Herráez, A (2007). Lulu, ed. How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1. ISBN 978-1-84799-259-8.
Véxase tamén[editar | editar a fonte]
Ligazóns externas[editar | editar a fonte]
- Sitio web oficial de Jmol
- Wiki de Jmol onde hai unha lista de sitios web, wikis e moodles que usan Jmol (en inglés)