Clado SAR11

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Pelagibacteraceae
Clasificación científica
Dominio: Bacteria
Filo: Proteobacteria
Clase: Alphaproteobacteria
Orde: Rickettsiales

O clado SAR11, ou familia Pelagibacteraceae,[1] define unha liñaxe de bacterias que é extremadamente común no océano.[2] As bacterias do clado SAR11 son aproximadaemnte unha de cada tres células que se encontran na superficie dos océanos. En conxunto, as bacterias, SAR11 estímase que supoñen entre a cuarta parte e a metade de todas as células procariotas do océano.

As bacterias SAR11 clasifícanse como alfaproteobacterias, e entre elas está a especie mariña máis abundante Pelagibacter ubique. As bacterias deste clado son inusualmente pequenas.[3]

Pelagibacter ubique e especies relacionadas son organismos oligótrofos e aliméntanse de fontes orgánicas de carbono disoltas e de nitróxeno.[2] Non poden fixar o carbono ou o nitróxeno, pero poden realizar o ciclo do ácido cítrico coa derivación do ciclo do glioxilato e poden sintetizar todos os aminoácidos menos a glicina,[4] e algúns cofactores.[5] Son tamén peculiares polo seu requirimento de xofre reducido.[6]

Pelagibacter ubique e os membros do subgrupo oceánico I presentan gliconeoxénese pero non unha vía glicolítica típica, mentes que outros subgrupos poden facer a glicólise típica.[7]

A diferenza de Acaryochloris marina, P. ubique non é fotosintética, pero posúe proteorrodopsina (con biosíntese de retinol) para a produción de ATP.[8]

As "Pelagibacteraceae" parecen ser basais con respecto ás outras tres familias da orde Rickettsiales.[9] O nome da familia deriva da especie tipo Pelagibacter ubique, pero esta especie non foi aínda publicada validamente (polo momento é o "Candidatus Pelagibacter ubique") e, por tanto, nin a familia nin a especie teñen un rango taxonómico oficial polo momento. As Rickettsiales defínense actualmente por polo menos unha característica común: multiplícanse só dentro de células hóspede, pero este clado é de vida libre.[10]

Subgrupos[editar | editar a fonte]

Actualmente esta familia (non oficial) está dividida en cinco subgrupos:[11]

  • Subgrupo Ia, de océanos abertos, grupo coroa, inclúe a Pelagibacter ubique HTCC1062
  • Subgrupo Ib, de acéanos abertos, clado irmán de Ia
  • Subgrupo II, costeiro, basal de Ia + Ib
  • Subgrupo III, de augas salobres, basal de I + II xunto co seu clado irmán IV
  • Subgrupo IV, tamén chamado clado LD12, de augas doces[12]
  • Subgrupo V, o cal inclúe a alfaproteobacteria HIMB59, basal dos restantes.

Situación filoxenética e teoría endosimbiótica[editar | editar a fonte]

Un estudo recente da Universidade de Hawaiʻi en Mānoa e a Univerdiade do estado de Oregón, parece indicar que o SAR11 podería ser o antepasado das mitocondrias das células eucarióticas,[1] que se orixinarían por endosimbiose.

Outras alfaproteobacterias

Rhodospirillales, Sphingomonadales, Rhodobacteraceae, Rhizobiales, etc.


Rickettsiales
clado SAR11

Pelagibacter ubique




Mitocondrias



Anaplasmataceae



Ehrlichia



Anaplasma




Wolbachia




Neorickettsia



Rickettsiaceae

Rickettsia






Notas[editar | editar a fonte]

  1. 1,0 1,1 J. Cameron Thrash, Alex Boyd, Megan J. Huggett, Jana Grote, Paul Carini, Ryan J. Yoder, Barbara Robbertse, Joseph W. Spatafora, Michael S. Rappé, Stephen J. Giovannoni (June 2011). "Phylogenomic evidence for a common ancestor of mitochondria and the SAR11 clade". Scientific Reports. DOI:10.1038/srep00013. http://www.nature.com/srep/2011/110614/srep00013/pdf/srep00013.pdf.
  2. 2,0 2,1 Morris RM, Rappé MS, Connon SA, et al. (2002). "SAR11 clade dominates ocean surface bacterioplankton communities". Nature 420 (6917): 806–10. DOI:10.1038/nature01240. PMID 12490947.
  3. Rappé MS, Connon SA, Vergin KL, Giovannoni SJ (August 2002). "Cultivation of the ubiquitous SAR11 marine bacterioplankton clade". Nature 418 (6898): 630–3. DOI:10.1038/nature00917. PMID 12167859.
  4. H. James Tripp, Michael S. Schwalbach, Michelle M. Meyer, Joshua B. Kitner, Ronald R. Breaker, and Stephen J. Giovannoni (January 2009). "Unique glycine-activated riboswitch linked to glycine-serine auxotrophy in SAR11". Environmental Microbiology 11 (1): 230–8. DOI:10.1111/j.1462-2920.2008.01758.x. PMC 2621071. PMID 19125817. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1462-2920.2008.01758.x/abstract.
  5. Giovannoni, S. J.; Tripp, H. J.; Givan, S.; Podar, M.; Vergin, K. L.; Baptista, D.; Bibbs, L.; Eads, J.; Richardson, T. H.; Noordewier, M.; Rappé, M. S.; Short, J. M.; Carrington, J. C.; Mathur, E. J. (2005). "Genome Streamlining in a Cosmopolitan Oceanic Bacterium". Science 309 (5738): 1242–1245. doi:10.1126/science.1114057. PMID 16109880.
  6. H. James Tripp, Joshua B. Kitner, Michael S. Schwalbach, John W. H. Dacey, Larry J. Wilhelm, and Stephen J. Giovannoni (April 2008). "SAR11 marine bacteria require exogenous reduced sulfur for growth". Nature 452 (7188). DOI:10.1038/nature06776. PMID 18337719. http://www.nature.com/nature/journal/v452/n7188/full/nature06776.html.
  7. Jump up ^ Schwalbach, M. S.; Tripp, H. J.; Steindler, L.; Smith, D. P.; Giovannoni, S. J. (2010). "The presence of the glycolysis operon in SAR11 genomes is positively correlated with ocean productivity". Environmental Microbiology 12 (2): 490–500. doi:10.1111/j.1462-2920.2009.02092.x. PMID 19889000.
  8. Giovannoni, S. J.; Bibbs, L.; Cho, J. C.; Stapels, M. D.; Desiderio, R.; Vergin, K. L.; Rappé, M. S.; Laney, S.; Wilhelm, L. J.; Tripp, H. J.; Mathur, E. J.; Barofsky, D. F. (2005). "Proteorhodopsin in the ubiquitous marine bacterium SAR11". Nature 438 (7064): 82–85. doi:10.1038/nature04032. PMID 16267553.
  9. Thrash, J. C.; Boyd, A.; Huggett, M. J.; Grote, J.; Carini, P.; Yoder, R. J.; Robbertse, B.; Spatafora, J. W.; Rappé, M. S.; Giovannoni, S. J. (2011). "Phylogenomic evidence for a common ancestor of mitochondria and the SAR11 clade". Scientific Reports 1. doi:10.1038/srep00013. [1]
  10. Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. The Proteobacteria. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2C (2nd ed.). New York: George M. Garrity. pp. 1388. ISBN 978-0-387-24145-6. British Library no. GBA561951. http://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24145-6.
  11. Robert M. Morris, K.L.V., Jang-Cheon Cho, Michael S. Rappé, Craig A. Carlson, Stephen J. Giovannoni, Temporal and Spatial Response of Bacterioplankton Lineages to Annual Convective Overturn at the Bermuda Atlantic Time-Series Study Site" Limnology and Oceanography 50(5) p. 1687-1696.
  12. Salcher, M.M., J. Pernthaler, and T. Posch, Seasonal bloom dynamics and ecophysiology of the freshwater sister clade of SAR11 bacteria 'that rule the waves' (LD12). ISME J, 2011.