O capitán James Cook foi o primeiro explorador europeo que divisou a entrada do actual porto de Whangarei en 1769. A comezos do século XIX a rexión viviu varias loitas entre grupos indíxenas de maorís. Os primeiros colonos que fixeron desta zona o seu fogar a partir de 1839 foron comerciantes escoceses. En 1845 comezou unha serie de guerras entre os grupos maorís da zona e o exército británico que fixo que a maioría dos colonos marchasen da súas granxas para non volver nunca. A partir de 1855 naceu unha pequena localidade a partir do comercio dunha resina fósil chamada Kauri, semellante ó copal. Ese asentamento creceu cos anos, axudado polo comercio de carbón, pedra calcaria, ladrillos etc. A finais do século XIX Whangarei xa era a localidade máis grande e importante da rexión de Northland. Nos comezos do século XX os recursos naturais da zona desapareceron pouco a pouco, pero a economía resistiu grazas á agricultura e á produción de leite. O ferrocarril chegou a Whangarei en 1925. Ata entón o principal medio de transporte da cidade eran os barcos que chegaban e saían do seu porto. Ó longo da primeira metade do século XX Whangarei converteuse no centro dos servizos da rexión de Northland, e xa na segunda metade do século, instalouse unha refinaría de petróleo, desenvolveuse unha importante industria madeireira, e o porto converteuse nun porto de contedores que lle dá servizo á cidade de Auckland.
