EcoRI

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Saltar ata a navegación Saltar á procura
EcoRI
PDB 1qc9 EBI.jpg
Estrutura cristalográfica da endonuclease de restrición EcoRI en ausencia de ADN
Identificadores
Símbolo EcoRI
Pfam PF02963
InterPro IPR004221
SCOP 1na6
SUPERFAMILY 1na6

EcoRI (lido "eco erre un") é un encima endonuclease illado de certas cepas da bacteria Escherichia coli, que forma parte do sistema de restrición-modificación bacteriano, que defende ás bacterias contra a presenza de ADN alleo vírico.

O seu nome consta de Eco, que fai referencia á bacteria E. coli de onde procede, R, que fai referencia á cepa RY13 de onde se obtivo, e I, o número romano 1, xa que foi o primeiro encima de restrición obtido nesa cepa.

En bioloxía molecular o EcoRI utilízase como un encima de restrición moi útil en experimentación e biotecnoloxía. O encima crea extremos no ADN en que unha das cadeas en cada lado, no extremo 5', é algo máis longa e sobresae ou colga, que se denominan extremos pegañentos, cohesivos ou adherentes, xa que as partes que sobreaen son complementarias en bases. O encima sempre recoñece e corta na mesma secuencia de nucleótidos do ADN, que é GAATTC, a cal ten unha simetría rotacional, xa que a súa secuencia complementaria é CTTAAG.

Estrutura[editar | editar a fonte]

EcoRI contén o motivo PD..D/EXK no seu centro activo igual que moitos outros encimas de restrición.

Estrutura cristalina de EcoRI. Dímero unido ao ADN (PDB 1ckq).

O encima é un homodímero dunha subunidade de 31 kilodaltons que consta dun dominio globular de arquitectura α/β. Cada subunidade contén un bucle que sobresae do dominio globular e rodea o ADN cando se une a el.[1][2]

Sitio de recoñecemento de EcoRI co patrón de corte indicado pola liña verde.

EcoRI foi cocristalizado coa secuencia que normalmente corta. Estes cristais foron utilizados para resolver a estrutura do complexo PDB 1QPS. A estrutura cristalina resolta mostrou que as subunidades do homodímero interaccionan co ADN simetricamente.[1] No complexo, dúas hélices α de cada subunidade xúntanse para formar un paquete de catro hélices.[3] Nas hélices que interaccionan están os residuos Glu144 e Arg145, os cales interaccionan formando un anel que se cre que permite a comunicación entre os dous centros activos do encima.[4]

Usos[editar | editar a fonte]

Os encimas de restrición como EcoRI utilízanse nunha ampla variedade de técnicas de xenética molecular como a clonación de xenes, exame do ADN e deleción de seccións do ADN in vitro. Os encimas de restrición como EcoRI que xeran extremos cohesivos no ADN utilízanse a miúdo para cortar o ADN e despois volvelo a ligar cunha ADN ligase, xa que a complementariedade dos extremos cohesivos fan que a ligazón sexa máis eficiente. EcoRI pode mostrar tamén unha actividade de corte non específica de sitio, chamada actividade estrela (star activity), o cal depende das condicións nas que se realice a reacción. As condicións nas que se pode inducir a actividade estrela ao utilizar EcoRI son as baixas concentracións de sales, alta concentración de glicerol, cantidades excesivas de encima, alto pH (basicidade) e contaminación con certos solventes orgánicos.[5] Noutras condicións corta no seu sitio de recoñecemento normal GAATTC, orixinando os produtos da táboa.

Sitio de recoñecemento Resultado do corte
5'GAATTC
3'CTTAAG
5'---G     AATTC---3'
3'---CTTAA     G---5'

Notas[editar | editar a fonte]

  1. 1,0 1,1 Pingoud, A., Jeltsch, A. (2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". Nucl. Acids Res 29 (18): 3705–3727. PMC 55916. PMID 11557805. doi:10.1093/nar/29.18.3705. 
  2. Kurpiewski, M. R., Engler, L. E., Wozniak, L. A., Kobylanska, A., Koziolkiewicz, M., Stec, W. J, Jen-Jacobson, L (2004). "Mechanisms of coupling between DNA recognition and catalysis in EcoRI endonucleases". Structure 12: 1775–1788. PMID 15458627. doi:10.1016/j.str.2004.07.016. 
  3. Bitinaite, J., D. A. Wah, Aggarwal, A. K., Schildkraut, I. (1998). "FokI dimerization is required for DNA cleavage". Proc Natl Acad Sci U S A 95 (18): 10570–5. PMC 27935. PMID 9724744. doi:10.1073/pnas.95.18.10570. 
  4. Kim, Y. C., Grable, J. C., Love, R., Greene, P. J., Rosenberg, J. M. (1990). "Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing". Science 249 (4974): 1307–1309. PMID 2399465. doi:10.1126/science.2399465. 
  5. "Copia arquivada". Arquivado dende o orixinal o 15 de outubro de 2012. Consultado o 09 de febreiro de 2014. 

Véxase tamén[editar | editar a fonte]

Outros artigos[editar | editar a fonte]

Ligazóns externas[editar | editar a fonte]