A misión da axencia é mellorar o cumprimento da política pesqueira común, conforme a súa última reforma de 2002, ao unificar os criterios de control e inspección dos caladoiros que seguían cada un dos estados membros. Depende polo tanto da Dirección Xeral de Pesca e Asuntos Marítimos da Unión Europea, que é o órgano político, mentres que a axencia é só o órgano técnico e administrativo.
A axencia ten como función coordinar as políticas dos estados membros da Unión Europea no que respecta o control dos caladoiros. Iso inclúe dende organizar a despregadura dos medios seguindo unha estratexia común ata formar inspectores de caladoiros, fornecer equipos técnicos e promover a creación de grupos de inspectores que mesturen diversas nacionalidades.
A axencia actuará tanto en terra como dentro das 200 millas de augas territoriais, pero tamén en mar a fóra (augas internacionais) e nas augas dos países terceiros se se chegase a un determinado acordo.
Ten un consello de administración composto por 33 persoas, e mais os seus 33 asistentes, dos cales 6 representan a Comisión Europea e 27 de cada un dos estados membros, teñan ou non perímetro costeiro marítimo. O consello de administración elabora o programa de traballo, aproba o orzamento e elixe o director executivo. O 14 de xuño de 2006 foi elixido para o cargo o neerlandés Harm Koster.
