Agathonisi (grego: Αγαθονήσι) é unha pequena illa grega e unha comunidade (Κοινότητα Αγαθονησίου) situada no punto máis setentrional da prefectura do Dodecaneso en Grecia.
Está rodeado por moitas illas máis pequenas e é o fogar de dúas vilas, ámbolas dúas no interior; Megalo Chorio ( "Gran Aldea"), e Mikro Chorio ( "Pequena Aldea"). O único porto da illa é Agios Georgios (San Xurxo), que consiste nun par de hoteis. A illa tamén é coñecida localmente como Gaidaro, ou polo seu antigo nome Tragea.
O punto máis alto da illa é de 209 metros sobre o nivel do mar. Este pico atópase preto de Mikro Chorio. A illa ten unha superficie de 13´5 km².
O censo da illa en 1981 mostrou que estaba poboada por 133 persoas. En 1991, outro censo mostrou que a poboación descendera a 112. No censo de 2001 aumentara de novo a 158 residentes, 144 dos cales vivían en Megalo Chorio, e só 14 en Mikro Chorio. A Comunidade de Agathonisi, que inclúe os illotes deshabitados de Glaros, Kounéli, Nera, e Psathonísio, ten unha superficie combinada de 14´500 km ².
