O club xogou dúas campañas en Primeira División, nas tempadas 1996–97 e 1998–99, ano en que descendeu a Segunda División tras perder na promoción de permanencia. Logo de tres tempadas nesta categoría, na tempada 2001–02 descendeu a Segunda División B. Tras cinco tempadas, na 2006–07 descendeu deportivamente e foi sancionado cun descenso administrativo, caendo á Rexional Preferente de Estremadura. Desapareceu tras a tempada 2009–10.
O Extremadura xogaba no Estadio Francisco de la Hera, con capacidade para 12.580 persoas. O 12 de outubro de 1951, con Francisco de la Hera xa como presidente da entidade, xogouse o partido inaugural contra o Sevilla FC, gañando o equipo visitante por catro goles a dous.
