As orixes da cidade son moi antigos, hai uns 5.000 anos, na época de Dilmun. A cidade realmente comezou a ter importancia na época de Tylos, cando Bahréin formaba parte do Imperio Seléucida, para entón Al Muharraq era o centro dun culto a Awal, o Deus quenlla. No centro da cidade tiñan unha estatua a este Deus, á que adoraban.
Os habitantes dependían economicamente do pexego e o comercio.
O Aeroporto Internacional de Bahréin está situado na illa na que está situada Al Muharraq. Preto da cidade hai unha illa artificial con gran cantidade de hoteis, praias....