Deinococcus-Thermus

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Deinococcus-Thermus
Catro células de Deinococcus radiodurans formando unha tétrada.
Catro células de Deinococcus radiodurans formando unha tétrada.
Clasificación científica
Dominio: Bacteria
Filo: Deinococcus-Thermus
Clase: Deinococci
Garrity and Holt 2002
Ordes e Xéneros

Deinococcales Rainey et al. 1997
  Deinococcaceae Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997
    Deinococcus Brooks and Murray 1981 emend. Rainey et al. 1997
    Deinobacterium Ekman et al. 2011
  Trueperaceae Rainey et al. 2005
    Truepera da Costa, Rainey e Albuquerque 2005
Thermales Rainey e Da Costa 2002
  Thermaceae Da Costa e Rainey 2002
    Thermus Brock and Freeze 1969 emend. Nobre et al. 1996
    Meiothermus Nobre et al. 1996 emend. Albuquerque et al. 2009
    Marinithermus Sako et al. 2003
    Oceanithermus Miroshnichenko et al. 2003 emend. Mori et al. 2004
    Rhabdothermus Steinsbu et al. 2011
    Vulcanithermus Miroshnichenko et al. 2003

Sinonimia
  • Hadobacteria Cavalier-Smith 1992 emend. Cavalier-Smith 1998
  • Xenobacteria

O grupo Deinococcus-Thermus é un pequeno grupo de bacterias considerado un filo, que son moi resistentes ás condicións ambientais desfavorables. [1]

Comprende dous grandes grupos:

Aínda que estes grupos evolucionaron a partir dun devanceiro común, os dous mecanismos de resistencia que presentan desenvolvéronos de xeito independente. [3]

Estas bacterias teñen paredes celulares grosas que fan que teñan un patrón de tinguidura Gram-positivo, pero teñen unha segunda membrana, polo que en estrutura están próximos ás bacterias Gram-negativas.

Cavalier-Smith deulle a este clado o nome de Hadobacteria[4] (de Hades, o inframundo dos antigos gregos).


Filoxenia[editar | editar a fonte]

Véxase tamén: Taxonomía bacteriana.

O cladograma mostra a toxonomía actualmente aceptada do grupo baseada na LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) [5] e do NCBI (National Center for Biotechnology Information) [6] e a filoxenia está baseada en datos do ARNr de 16 S do LTP 106 do proxecto The All-Species Living Tree. [7]

  Thermaceae

?Rhabdothermus arcticus Steinsbu et al. 2011



Vulcanithermus mediatlanticus Miroshnichenko et al. 2003



  Oceanithermus

O. desulfurans Mori et al. 2004



O. profundus Miroshnichenko et al. 2003





Marinithermus hydrothermalis Sako et al. 2003



  Meiothermus

?M. granaticius Albuquerque et al. 2010



?M. rosaceusChen et al. 2002



M. silvanus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996





M. chliarophilus (Tenreiro et al. 1995) Nobre et al. 1996



M. timidus Pires et al. 2005





M. rufus Albuquerque et al. 2010




M. cerbereus Chung et al. 1997




M. ruber (Loginova et al. 1984) Nobre et al. 1996




M. cateniformans Zhang et al. 2010



M. taiwanensis Chen et al. 2002








  Thermus

?T. caldophilusTaguchi et al. 1983



?T. eggertssoniiPeters 2008



?T. filiformis Hudson et al. 1987



?T. kawarayensisKurosawa et al. 2005



?T. murrietaBenner et al. 2006



?T. nonproteolyticus



?T. rehaiLin et al. 2002



?T. yunnanensisGong et al. 2005



T. oshimai Williams et al. 1996




T. thermophilus (ex Oshima and Imahori 1974) Manaia et al. 1995




T. aquaticus Brock and Freeze 1969





T. arciformis Zhang et al. 2010



T. islandicus Bjornsdottir et al. 2009






T. brockianus Williams et al. 1995



T. igniterrae Chung et al. 2000





T. antranikianii Chung et al. 2000



T. scotoductus Kristjansson et al. 1994












  Deinococcales

Truepera radiovictrix Albuquerque et al. 2005


  Deinococcaceae


Deinococcus pimensis Rainey and da Costa 2005




Deinococcus peraridilitoris Rainey et al. 2007




Deinococcus papagonensis Rainey and da Costa 2005



Deinococcus yavapaiensis Rainey and da Costa 2005







Deinobacterium chartae Ekman et al. 2011


  Deinococcus

?D. aquivivusKaempferet al. 2008



?D. daejeonensis Srinivasan et al. 2012



?D. depolymerans Asker et al. 2011



?D. reticulitermitis Chen et al. 2012



?D. soliZhang et al. 2011



?D. xibeiensis Wang et al. 2010




D. misasensis Asker et al. 2008




D. cellulosilyticus Weon et al. 2007



D. roseus Asker et al. 2008






D. maricopensis Rainey e da Costa 2005




D. alpinitundrae Callegan et al. 2008





D. gobiensis Yuan et al. 2009




D. radiophilus (ex Lewis 1973) Brooks e Murray 1981




D. piscis Shashidhar e Bandekar 2009



D. proteolyticus Brooks e Murray 1981








D. sonorensis Rainey e da Costa 2005




D. radiomollis Callegan et al. 2008




D. altitudinis Callegan et al. 2008




D. aquiradiocola Asker et al. 2009



D. claudionis Callegan et al. 2008










D. indicus Suresh et al. 2004




D. radiodurans (ex Raj et al. 1960) Brooks and Murray 1981



D. wulumuqiensis Wang et al. 2010







D. aquaticus Im et al. 2008



D. caeni Im et al. 2008





D. grandis (Oyaizu et al. 1987) Rainey et al. 1997





D. deserti de Groot et al. 2005




D. navajonensis Rainey e da Costa 2005



D. hohokamensis Rainey e da Costa 2005






D. ficus Lai et al. 2006 emend. Kämpfer 2009




D. aquatilis Kämpfer et al. 2008



D. yunweiensis Zhang et al. 2007










D. xinjiangensis Peng et al. 2009




D. hopiensis Rainey e da Costa 2005





D. murrayi Ferreira et al. 1997




D. geothermalis Ferreira et al. 1997




D. apachensis Rainey e da Costa 2005




D. aerius Yang et al. 2009



D. aetherius Yang et al. 2010








D. aerophilus Yoo et al. 2010




D. aerolatus Yoo et al. 2010




D. radiopugnans Brooks and Murray 1981




D. marmoris Hirsch et al. 2006




D. saxicola Hirsch et al. 2006



D. frigens Hirsch et al. 2006




















Nota:
♠ Cepas atopadas no NCBI pero non na LPSN.

Xenomas secuenciados[editar | editar a fonte]

Actualmente hai dez xenomas secuenciados de estirpes (strains) deste filo. [8]

  • Deinococcus radiodurans R1
  • Thermus thermophilus HB27
  • Thermus thermophilus HB8
  • Deinococcus geothermalis DSM 11300
  • Deinococcus deserti VCD115
  • Meiothermus ruber DSM 1279
  • Meiothermus silvanus DSM 9946
  • Truepera radiovictrix DSM 17093
  • Oceanithermus profundus DSM 14977

As dúas Meiothermus sp. foron secuenciadas baixo os auspicios do proxecto Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), que ten como obxectivo secuenciar organismos baseándose na súa importancia ou novidade filoxenética e non na súa patoxenicidade ou notoriedade. [9] Actualmente, o xenoma de Thermus aquaticus Y51MC23 está nas fases finais de completar a súa secuenciación no DOE Joint Genome Institute. [10]

Notas[editar | editar a fonte]

  1. Griffiths E, Gupta RS (September 2007). "Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus-Thermus phylum". Int. Microbiol. 10 (3): 201–8. PMID 18076002. http://www.im.microbios.org/1003/1003201.pdf. 
  2. http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#DeinococcusThermus
  3. Omelchenko MV, Wolf YI, Gaidamakova EK, et al (2005). "Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance". BMC Evol. Biol. 5: 57. DOI:10.1186/1471-2148-5-57. PMC 1274311. PMID 16242020. http://www.biomedcentral.com/1471-2148/5/57. 
  4. Cavalier-Smith T (2006). "Rooting the tree of life by transition analyses". Biol. Direct 1: 19. DOI:10.1186/1745-6150-1-19. PMC 1586193. PMID 16834776. http://www.biology-direct.com/content/1//19. 
  5. J.P. Euzéby. "Deinococcus-Thermus". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) [1]. http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Deinococcus-Thermus. Consultado o 4 xullo 2012. 
  6. Sayers et al.. "Deinococcus-Thermus". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database [2]. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=1297&lvl=6&lin. Consultado o 4 xullo 2012. 
  7. 'The All-Species Living Tree' Project."16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)". Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database [3]. http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_106/LTPs106_SSU_tree.pdf. Consultado o 4 xullo 2012. 
  8. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/microbial_taxtree.html
  9. Wu, D.; Hugenholtz, P.; Mavromatis, K.; Pukall, R. �D.; Dalin, E.; Ivanova, N. N.; Kunin, V.; Goodwin, L. et al. (2009). "A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea". Nature 462 (7276): 1056–1060. Bibcode 2009Natur.462.1056W. DOI:10.1038/nature08656. PMC 3073058. PMID 20033048. [4].
  10. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomeprj/55053