Como o accidente ocorreu en augas internacionais, a responsabilidade da investigación recaiu sobre a Autoridade de Aviación Civil Exipcia (ECAA). Como a ECAA carecía dos recursos que tiña a Xunta de Seguridade do Transporte Nacional dos Estados Unidos (NTSB), o goberno exipcio pediulle á NTSB encargarse da investigación. Dúas semanas despois do accidente, a NTSB propuxo entregar a investigación ao Federal Bureau of Investigation (FBI), xa que as probas suxerían que tivera lugar un acto criminal que accidente fora intencinado. Esta proposta foi inaceptable para as autoridades exipcias, e polo tanto a NTSB continuou liderando a investigación. A medida que aumentaban as evidencias que apuntaban cara a un acto deliberado, o goberno exipcio revogou a súa decisión anterior e a ECAA comezou a súa propia investigación. As dúas tiveron unhas conclusións moi distintas: a NTSB concluíu que o accidente fora causado por unha acción deliberada do primeiro oficial de reserva Gameel Al-Batouti;[1] a ECAA dixo que o accidente fora causado por un fallo mecánico no sistema de control do elevador do avión.[3]
O informe exipcio suxería varios escenarios con fallos nos controis como causas posibles do accidente, centrándose nun posible fallo nunha das unidades de control de potencia do elevador dereito.[3] Aínda que o informe da NTSB non determinou unha razón específica para os supostos actos do oficial de reserva, este afirmou que o impacto foi "un resultado das accións sobre os contris de voo do primeiro oficial de reserva".[1][4] Apoiando as súas conclusións, o informe da NTSB determinou que ningún escenario con fallos mecánicos produciría os movementos do avión rexistrados pola gravadora de datos de voo, e que se incluso ocorrese algún dos escenarios presentados polas autoridades exipcias, o avión aínda sería recuperable debido ao sistema de control do elevadores redundante do 767.[1]
O voo 990 estaba sendo operado por un avión Boeing 767-366ER con rexistro SU-GAP e bautizado Tuthmosis III polo faraón da XVIII dinastía. O pararello, unha versión alongada de longo alcance do 767 estándar, era o 282º 767 construído. Entregárase novo a EgyptAiro día 26 de setembro de 1989.[1]
