UNPAZ foi unha das varias universidades que xurdiron despois da independencia de Timor de Indonesia en 1999. Undil (Universidade Dili) fundouse despois en Masquerinhas por problemas internos sen resolver. Durante os seus primeiros meses funcionou de forma temporal, antes de comprar terreos para construír un novo campus ao suroeste do centro da cidade. (Coordenadas: 8°33'54"S 125°32'52"E). En 2005, a maioría dos edificios principais do campus foron establecidos e varios centos de estudantes asistían a clases, impartidas por expatriados e timorenses locais. A maioría dos estudantes iniciais participaron na loita pola independencia de Timor, incluídos os ex-guerrilleiros de Falintil, aos que se lles tiña negado a educación universitaria durante o conflito anterior a 1999.
↑Salazar, Lorraine Carlos (1 de xaneiro de 2006). Southeast Asian Affairs(en inglés). Institute of Southeast Asian Studies. Consultado o 31 de outubro de 2015.