Saltar ao contido

Nucleótido cíclico fosfodiesterase

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
3',5'-nucleótido cíclico fosfodiesterase
Hexámero de fosfodiesterase 4D, humano
Identificadores
SímboloPDEase_I
PfamPF00233
InterProIPR002073
PROSITEPDOC00116
SCOPe1f0j / SUPFAM
CDDcd00077
3′,5′-nucleótido cíclico fosfodiesterase
Identificadores
Número EC 3.1.4.17
Número CAS 9040-59-9
Bases de datos
IntEnz vista de IntEnz
BRENDA entrada de BRENDA
ExPASy vista de NiceZyme
KEGG entrada de KEGG
MetaCyc vía metabólica
PRIAM perfil
Estruturas PDB RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum
Gene Ontology AmiGO / EGO

As 3′,5′-nucleótido cíclico fosfodiesterases (EC 3.1.4.17) son unha familia de fosfodiesterases. Xeralmente, estes encimas hidrolizan un nucleósido fosfato 3′,5′-cíclico orixinando un nucleoósido 5′-fosfato:

nucleósido fosfato 3′,5′-cíclico + H2O = nucleósido 5′-fosfato

Así controlan os niveis celulares de segundos mensaxeiros cíclicos e as súas taxas de degradación.[1] Algúns exemplos de nucleósidos fosfato 3′,5′-cíclicos son:

Existen 11 familias de fosfodiesterases (denominadas da PDE1 á PDE11) con diversas isoformas e variantes de empalme que tgeñen estruturas tridimensionais únicas e propiedades cinéticas, modos de regulación, localización intracelular, expresión celular e sensibilidade ao inhibidor características.[1]

Nomenclatura

[editar | editar a fonte]

O nome sistemático deste encima é 3′,5′-nucleótido cíclico 5'-nucleotidohidrolase. Outros nomes en uso son: 3′,5′-mononucleótido cíclico fosfodiesterase, PDE, 3',5'-nucleótido cíclico fosfodiesterase, 3′,5′-fosfodiesterase cíclica, 3′,5′-nucleótido fosfodiesterase, 3':5'-nucleótido cíclico 5′-nucleotidohidrolase, 3′,5′-ciclonucleótido fosfodiesterase, 3′,5′-nucleósido monofosfato cíclico fosfodiesterase, 3′:5′-monofosfato fosfodiesterase (CMP cíclico), citidina 3′:5′-monofosfato fosfodiesterase (CMP cíclico), 3′,5-nucleótido monofosfato cíclico fosfodiesterase, nucleósido 3′,5′-cíclico fosfato diesterase, nucleósido-3′,5-monofosfato fosfodiesterase.[2]

Fototransdución

[editar | editar a fonte]

A retinal 3′,5′-GMPc fosfodiesterase (PDE) está localizada nos segmentos externos dos fotorreceptores e é un importante encima na fototransdución visual.[3]

As 3′,5′-nucleótido cíclico fosfodiesterases dos bastóns da retina son oligoméricas, constituídas por dúas subunidades catalíticas pesadas, α (de 90 kDa) e β (de 85 kDa,) e dúas subunidades γ máis lixeiras inhibidoras (de 11 kDa cada unha).[4][5]

A PDE dos bastóns é activada pola transducina. A transducina é unha proteína G que intercambia GDP/GTP na súa subunidade α unha v ez activada pola rodopsina fotolizada. A subunidade α da transducina (Tα) libérase do complexo β e γ e difunde no citosol para interaccionar e activar a PDE.

Activación pola Tα

[editar | editar a fonte]

Propuxéronse dous mecanismos para a activación da PDE. O primeiro propón que as dúas subinidades inhibitorias están unidas diferencialmente, son secuencialmente retirables e intercambiables entre o complexo nativo PDEαβγ2 e PDEαβ. A Tα unida a GTP retira as subunidades γ inhibitorias unha por unha das subunidades αβ catalíticas.[4] O segundo e máis probable mecanismo consiste en que o complexo GTP-Tα únese ás subunidades γ pero en vez de disociarse das subunidades catalíticas, permanece co complexo PDEαβ.[6][7] A unión do complexo GTP-Tα ás subinidades γ da PDE probablemente causa un cambio conformacional na PDE, o que permite un mellor acceso ao sitio da hidrólise do GMPc na PDEαβ.[6]

Estrutura

[editar | editar a fonte]

Os sitios de unión para as subunidades α e β da PDE están probablemente na rexión central das subunidades γ da PDE.[5] O C-terminal da subunidade γ da PDE está probablemente implicado na inhibición das subunidades α e β da PDE, ten o sitio de unión para Tα e a actividade acelerante da GTPase para o GTP-unido a Tα.[7]

Nos conos a PDE é un homodímero de cadeas α, asociado a varias subunidades máis pequenas. Tanto a PDE de conos coma a de bastóns catalizan a hidrólise de AMPc ou GMPc ás súas formas 5′-monofosfato. Ambos os encimas tamén se unen ao GMPc con grande afinidade. Os sitios de unión ao GMPc están localizados na metade N-terminal da secuencia da proteína, mentes que o núcleo catalítico sitúase na porción C-terminal.

Xenes humanos que codifican proteínas que conteñen este dominio son:

  1. 1,0 1,1 Bender AT, Beavo JA (setembro de 2006). "Cyclic nucleotide phosphodiesterases: molecular regulation to clinical use". Pharmacological Reviews 58 (3): 488–520. PMID 16968949. doi:10.1124/pr.58.3.5. 
  2. Nomes en inglés nos repositorios de encimas: cyclic 3′,5′-mononucleotide phosphodiesterase, PDE, cyclic 3',5'-nucleotide phosphodiesterase, cyclic 3′,5′-phosphodiesterase, 3′,5′-nucleotide phosphodiesterase, 3':5'-cyclic nucleotide 5′-nucleotidohydrolase, 3′,5′-cyclonucleotide phosphodiesterase, 3′,5′-cyclic nucleoside monophosphate phosphodiesterase, 3′:5′-monophosphate phosphodiesterase (cyclic CMP), cytidine 3′:5′-monophosphate phosphodiesterase (cyclic CMP), cyclic 3′,5-nucleotide monophosphate phosphodiesterase, nucleoside 3′,5′-cyclic phosphate diesterase, nucleoside-3′,5-monophosphate phosphodiesterase)
  3. Arkinstall S, Watson SP (1994). "Opsins". The G-protein linked receptor factsbook. Boston: Academic Press. pp. 214–222. ISBN 978-0-12-738440-5. 
  4. 4,0 4,1 Deterre P, Bigay J, Forquet F, Robert M, Chabre M (abril de 1988). "cGMP phosphodiesterase of retinal rods is regulated by two inhibitory subunits". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 85 (8): 2424–8. PMC 280009. PMID 2833739. doi:10.1073/pnas.85.8.2424. 
  5. 5,0 5,1 Kovacik, Lubomir; Stahlberg, Henning; Engel, Andreas; Palczewski, Krzysztof; Gulati, Sahil (2019-02-01). "Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6 reveals insights into the allosteric regulation of type I phosphodiesterases". Science Advances (en inglés) 5 (2): eaav4322. ISSN 2375-2548. PMC 6392808. PMID 30820458. doi:10.1126/sciadv.aav4322. 
  6. 6,0 6,1 Kroll S, Phillips WJ, Cerione RA (marzo de 1989). "The regulation of the cyclic GMP phosphodiesterase by the GDP-bound form of the alpha subunit of transducin". The Journal of Biological Chemistry 264 (8): 4490–7. PMID 2538446. doi:10.1016/S0021-9258(18)83770-X. 
  7. 7,0 7,1 Liu Y, Arshavsky VY, Ruoho AE (xaneiro de 1999). "Interaction sites of the C-terminal region of the cGMP phosphodiesterase inhibitory subunit with the GDP-bound transducin alpha-subunit". The Biochemical Journal 337 (2): 281–8. PMC 1219963. PMID 9882626. doi:10.1042/0264-6021:3370281. 

Este artigo incorpora textos en dominio público procedentes de Pfam e InterPro IPR002073