Logo desta etapa, Mute cambiou o seu estilo novamente, apoiando o rock alternativo con bandas como Sonic Youth na subselo Blast First. O selo ademais lanzou en 1992 a subsidiaria Novamute Records, principalmente como unha canle de distribución de música electrónica experimental.
Mute Records foi a primeira casa discográfica británica en aparecer en Internet, co título Mute Liberation Technologies. Este comezou como un boletín, logo cun espazo en Telnet, e finalmente o seu propio sitio Web. Continuaron algúns anos máis ata darse de baixa, con excepción do sitio web.
O 10 de maio de 2002, EMI adquiriu Mute Records, estendendo unha exitosa relación que Mute mantiña con EMI Virgin Records durante 15 anos. Daniel Miller, presidente executivo, é o responsable de tódalas actividades da compañía.