Nos seus inicios estiveron rexidos por un Consello Executivo reunido en Amapala (Honduras), e tiveron unha vida curta e azarosa. O 13 de novembro houbo un golpe militar no Salvador, encabezado polo xeneral Tomás Regalado, quen anunciou axiña que O Salvador abandonaba a federación. O Consello Executivo de Amapala quixo tomar medidas para reprimir o golpe de Regalado, pero non atopou ningún apoio, e o 30 de novembro de 1898 declarou que os Estados Unidos de Centroamérica quedaran disoltos de feito. O 1° de decembro Nicaragua reasumiu a plenitude da súa soberanía, e o 10 de decembro Honduras fixo o mesmo.
