Chachapoyas provén do vocábulo nativo sachapuyos que significa homes da néboa, atribuíndolle este nome debido á densa brétema que habitualmente cobre o cerro de Puma Urco, que se atopa nas inmediacións da cidade.
Berce da cultura chachapoyas, a cidade foi sometida polo Imperio Incaico no século XV e posteriormente, tras a conquista, foi novamente fundada polos españois co nome de San Juan de la Frontera de los Chachapoyas por Alonso de Alvarado o 5 de setembro de 1538.[1] Desa época datan a súa praza de Armas e as pequenas rúas empedradas que se conservan hoxe en día. Foi pensada para constituírse como capital do oriente peruano desde a marxe dereita do río Marañón. En 1821 derrotaron nela os patriotas peruanos aos realistas, converténdose de inmediato (1832) na capital dun dos primeiros departamentos.