Os Habsburgos finalmente recoñecían a lexitimidade da dinastía Bragança. A Infanta Catarina (1540–1614), filla da anterior duquesa de Bragança e avoa de João IV de Portugal, recibiu retrospectivamente o título de herdeira lexítima á coroa.
A soberanía portuguesa sobre as súas posesións coloniais foi ratificada, excepto Ceuta, que non recoñecía á Casa de Bragança como nova dinastía.
Acordos sobre o intercambio de prisioneiros e eventual restablecemento das relacións comerciais alcanzadas.[2]
O Tratado de Lisboa tivo vantaxes para ambos países. España rematou cunha guerra economicamente ruinosa. Respecto a Portugal, conseguiu a posesión pacífica das súas colonias de ultramar.
Despois de 1668 Portugal quixo diferenciarse de España, para o que ampliou as súas relación con países da Europa occidental, especialmente Francia e Inglaterra. Así foi como consolidou a súa independenza, cultural e política de España. Daquelas, a sociedade portuguesa dividíase, entre aqueles que participaban no proceso de europeización e aqueles que non mudaron a súa actitude respecto á etapa de dominio español.[3]
