Modelo:Xene-proteína

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Saltar ata a navegación Saltar á procura
Xene-proteína
Identificadores
Test Template Info-Icon - Version (2).svg Indicacións de uso do modelo

Proteína[editar a fonte]

Uso[editar a fonte]

Glicosa fosfato isomerase
Glucose-6-phosphate isomerase 1GZV wpmp.png
Estruturas dispoñibles
PDBBuscar ortólogos: PDBe, RCSB
Identificadores
Nomenclatura
SímbolosGPI (HGNC: 4458) AMF; NLK; PGI; PHI; GNPI; SA-36
Identificadores
externos
Número EC5.3.1.9.html 5.3.1.9
LocusCr. 19 q13.1
TaxonEukaryota (ID:2759) NCBI UniProt; Bacteria (ID:2) NCBI UniProt; Archaea (ID:2157) NCBI UniProt
Padrón de expresión de ARNm
PBB GE GPI 208308 s at tn.png
Máis información
Estrutura/Función proteica
Tamaño558 (aminoácidos)
Tipo de proteínaIsomerase
Datos encimáticos
Actividade catalíticaIsomerización de Glc-6P a Fru-6P
Datos biotecnolóxicos/médicos
EnfermidadesAnemia hemolítica por deficiencia de GPI
Información adicional
Ruta(s)Glicólise, Gliconeoxénese, Ruta das pentosas fosfato, Metabolismo de amidón e sacarosa
Ortólogos
Especies
Humano Rato
Entrez
2821 14751
Ensembl
Véxase HS Véxase MM
UniProt
P06744 P06745
RefSeq
(ARNm)
NM_000175 NM_008155
RefSeq
(proteína) NCBI
NP_000166 NP_032181
Localización (UCSC)
Cr. 19:
34.85 – 34.89 Mb
Cr. 7:
34.2 – 34.23 Mb
PubMed (Busca)
2821


14751
{{Xene-proteína
|nome           = 
|nomes          = 
|imaxe           = 
|imaxe_tamaño    = 
|imaxe_pé       = 
|HGNCid           =
|MGIid            = 
|símbolo          = 
|símbolos_alt     = 
<!-- Datos xenéticos -->
|Xene              = 
|Xene_tipo         = 
|Cromosoma        = 
|Brazo            = 
|Banda            = 
|LocusSupplementaryData = 
<!-- Estrutura/función proteica -->
|Longo_proteína   = 
|Peso_molecular   = 
|Estrutura       = 
|Tipo             = 
|Funcións        = 
|Dominio          = 
|Motivo           = 
|Produtos_alt    = 
|Función         =
|Compoñente        =
|Proceso          =
<!-- Info adicional -->
|Taxon            = 
|Célula           = 
|Localización        = 
|Modificación     = 
|Ruta             = 
|Interaccións    = 
|Prop_biofisicas  = 
<!-- Datos encimáticos -->
|Act_catalítica   = 
|Cofactores       = 
|Reg_encimática   = 
|Km               = 
|Vmax             = 
<!-- Datos do receptor/ligando -->
|Acción           = 
|Agonista         = 
|Antagonista      = 
<!-- Datos biotecnolóxicos/médicos -->
|Enfermidade       = 
|Fármaco          = 
|Biotecnoloxía    = 
<!-- Bases de datos -->
|Accesión         = 
|ECnumber         = 
|ATC_prefix       = 
|ATC_suffix       = 
|ATC_supplemental = 
|CAS_number       = 
|CAS_supplemental = 
|DrugBank         =
|Homologene       = 
|IUPHAR           =
|OMIM             = 
|GeneAtlas_image1 =
|GeneAtlas_image2 =
|GeneAtlas_image3 =
|PDB              = 
|Varios_PDB       =
|NCBI             =
|KEGG             =
|Orthologs =
<!-- Ortoloxía -->
|Hs_EntrezGene =
|Hs_Ensembl =
|Hs_RefseqmRNA =
|Hs_RefseqProtein =
|Hs_GenLoc_db =
|Hs_GenLoc_chr = 
|Hs_GenLoc_start =
|Hs_GenLoc_end =
|Hs_Uniprot =
|Mm_EntrezGene = 
|Mm_Ensembl = 
|Mm_RefseqmRNA = 
|Mm_RefseqProtein = 
|Mm_GenLoc_db = mm9
|Mm_GenLoc_chr = 
|Mm_GenLoc_start = 
|Mm_GenLoc_end = 
|Mm_Uniprot = 
<!-- Info relacionada -->
|Artigo         = 
|Publicación      = 
}}

Referencias[editar a fonte]

Parámetros[editar a fonte]

Xerais[editar a fonte]

  • nome: Neste campo débese especificar o nome completo da proteína. O ideal é que proceda dalgunha autoridade en nomenclatura, como por exemplo a HGNC. Non esqueza que hai un campo específico para o símbolo máis adiante.
  • nomes: outros nomes que adoita recibir a proteína.
  • imaxe: Este campo especifica un dicheiro de imaxe que mostra unha vista bidimensional da estrutura tridimensional, tipicamente creado a partir dun ficheiro de PDB.
  • fonte_imaxe: Se o campo anterior se especifica, entón opcionalmente debe utilizarse este parámetro para sinalar a orixe da imaxe, como por exemplo: Fonte: [[Protein Data Bank]].
  • imaxe_tamaño: elixe o tamaño da imaxe (hai un tamaño predeterminado).
  • imaxe_pé: descrición da imaxe ou foto, que non é o mesmo que fonte_imaxe.
  • HGNCid: o número dado á proteína en HUGO.
  • MGIid: Este campo lista o identificador único dispoñible no sitio Mouse Genome Informatics.
  • Símbolo: é o símbolo da proteína. Usualmente en maiúsculas.
  • Símbolo_alt: símbolos alternativos que foron usados para fabar da proteína en cuestión.

Datos xenéticos[editar a fonte]

  • Xene: o xene oficial. No caso dos humanos é posible obtelo en [www.genenames.org HUGO].
  • Xene_tipo: seguirse a clasificación obtida de Entrez para este parámetro [1]
Xene codificante
Pseudoxene
ARNr
ARNt
ARNmisc
ARNsc
ARNsn
ARNsno
Outro
Descoñecido
  • Cromosoma: cromosoma no que se encontra o xene que codifica a proteína.
  • Brazo: brazo do cromosoma en que se encontra o xene. Pode ser «p» ou «q».
  • Banda: banda en que se encontra o xene.
  • LocusSupplementaryData.

Estrutura/función proteíca[editar a fonte]

  • Longo_proteína: cantidade de aminoácidos que compoñen a proteína.
  • Peso_molecular: peso molecular da proteína, en daltons.
  • Estrutura: comentario sobre a súa estrutura, ou enlace a algunha base de datos de estruturas.
  • Tipo: tipo de proteína.
  • Funcións: función ou funcións da proteína.
  • Dominio: dominios proteicos que presenta a proteína. Máis información en Dominio proteico.
  • Motivos: motivos proteicos que existen na proteína. Máis información en en:Structural motif (en inglés).
  • Produtos_alt: outros produtos que poidan ser xerados na transcrición do xene.

Protein_domain_image[editar a fonte]

  • Este campo ofrece un enlace a unha imaxe que mostra o dominio estrutural da proteína. (Opcional)

Función[editar a fonte]

  • Este campo lista as funcións moleculares, que son tipicamente extraídas de Ontoloxía Xénica. Esta entrada pode encherse utilizando unha lista cos modelos GNF_GO.
Por exemplo, para anexar dentro do artigo TAS2R38 a Actividade transdutora de sinais como función molecular, entón debe redactarse o seguinte:
{{GNF_GO|id=GO:0004871 |text = Actividade transdutora de sinais}}, o dará lugar ao seguinte: Actividade transdutora de sinais

Compoñente[editar a fonte]

  • Neste campo debe ir a función compoñente do xene, preferentemente extraídos desde Ontoloxía Xénica. Esta entrada pode ser cuberta utilizando unha lista coas modelos GNF_GO.
Por exemplo, para anexar dentro do artigo TAS2R38 a Membrana como compoñente celular, entóns debe redactarse o seguinte:
{{GNF_GO|id=GO:0016020 |text = Membrana}}, o que dará lugr ao seguinte: Membrana

Proceso[editar a fonte]

  • Neste campo debe figurar a función proceso do xene, preferentemente extraído de Ontoloxía Xénica. Esta entrada pode completarse utilizando unha lista coas modelos GNF_GO.
Por exemplo, para anexar dentro do artigo TAS2R38 a Resposta a estímulos como proceso biolóxico, entón debe redactarse o seguinte:
{{GNF_GO|id=GO:0050896 |text=Resposta a estímulos}}, o que dará lugar ao seguinte: Resposta a estímulos

Información adicional[editar a fonte]

  • Taxon: especies, xéneros ou filos que expresan a proteína. Pode facerse uso do modelo {{AutotaxID}}, o modelo contén unha base de datos sobre algúns organismos modelo e categorías taxonómicos, e orixina enlaces ao artigo local de wikipedia sobre ese taxon e as bases de datos NCBI e UniProt con información sobre o mesmo.
Por exemplo, para anexar ao artigo o taxon Homo sapiens, debe redactase o seguinte:
{{AutotaxID|Homo sapiens}}, o que orixinará o seguinte: Homo sapiens (ID:9606) NCBI UniProt
Do mesmo xeito, para anexar ao artigo o taxon Eukaryota, debe redactarse da seguinte maneira:
{{AutotaxID|Eukaryota}}, o que orixinará o seguinte: Eukaryota (ID:2759) NCBI UniProt

Nota: Actualmente, Prokaryota non se considera que teña categoría taxonómica, considere en todo caso facer uso de Bacteria ou Archaea segundo o caso.

  • Célula: células que expresan esta proteína.
  • Localización: parte da célula en que se encontra a proteína.
  • Modificación: as modificacións postraducionais que sofre a proteína.
  • Prop_biofisicas: datos físico-químicos sobre a proteína e a súa función.
  • Ruta: rutas metabólicas nas que a proteína participa.
  • Interaccións: interaccións que ten esta proteína con outras proteínas, orgánulos, ligandos etc.

Datos encimáticos[editar a fonte]

  • Act_catalítica: reacción catalizada polo encima.
  • Cofactores: se o encima necesita de cofactores, anotaros aquí.
  • Reg_encimática: regulación encimática; explicar como se regula o encima.
  • Km: a constante de Michaelis dunha proteína. Revisar Cinética de Michaelis-Menten.
  • Vmax: a velocidade máxima dun encima, predita pola cinética de Michaelis-Menten.

Datos de receptor/ligando[editar a fonte]

  • Acción: descrición da acción do receptor.
  • Agonista: os agonistas do receptor.
  • Antagonista: os antagonistas do receptor.

Datos biotecnolóxicos/médicos[editar a fonte]

  • Enfermidade: enfermidades asociadas á proteína.
  • Fármaco: fármaco relacionado coa proteína.
  • Biotecnoloxía: usos biotecnolóxicos que posúa a proteína.

Bases de datos[editar a fonte]

  • Accesión: número de Entrez no NCBI, para buscar información sobre a proteína.
  • ECnumber: número EC de clasificación de proteínas. Non se escribe EC; só se poñen os números.
  • ATC_prefix.
  • ATC_suffix.
  • ATC_supplemental.
  • CAS_number.
  • CAS_supplemental.
  • ChEMBL. Este campo mostra o identificador único na base de datos ChEMBL.
  • DrugBank.
  • EntrezGene: o número dado á proteína en EntrezGene.
  • IUPHAR. Se nese parámetro se anexa yes, entón proporcionarase un enlace sobre esta proteína da entrada dispoñible na International Union of Basic and Clinical Pharmacology.
  • OMIM: o código OMIM da proteína.
  • PDB.
  • Varios_PDB: se hai máis dun PDB dispoñible (usar {{PDB2}}).
  • RefSeq.
  • UniProt.
  • NCBI.
  • KEGG.

Información relacionada[editar a fonte]

  • Artigo: artigos de Wikipedia, relacionados coa proteína.
  • Publicación: lista de publicacións recentes sobre a proteína.

Encima[editar a fonte]

Uso[editar a fonte]

Catalase
Catalase-1DGF.png
Estruturas dispoñibles
PDB
Identificadores
Identificadores
externos
Número EC1.11.1.6
Número CAS9001-05-2
Ortólogos
Especies
Humano Rato
PubMed (Busca)
1.11.1.6


PMC (Busca)
1.11.1.6
{{Xene-proteína
| encima=si
| nome = 
| nomes =
| imaxe = 
| imaxe_tamaño = 
| imaxe_pé =  
| fonte_imaxe = 
| EC_number = 
| CAS_number = 
| GO_code = 
}}

Parámetros[editar a fonte]

  • encima: S desexas utilizar o modelo para describir un encima, este campo é obrigatorio. Por exemplo, podes colocar |encima = si, que recoñecerá automaticamente algúns campos vinculados especificamente a encimas.
  • nome: Nome aceptado da clase de encima. Recoméndse utilizar como fonte unha autoridade en Nomenclatura de Encimas como a International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) (véxase en IUBMB).
  • nomes: outros nomes que doita recibir o encima.
  • imaxe: Este campo especifica un ficheiro de imaxe que mostra unha vista do encima.
  • fonte_imaxe: Se o campo anterior se especifica, entón opcionalmente debe utilizarse este parámetro para sinalar a orixe da imaxe, como por exemplo: Fonte: [[Protein Data Bank]].
  • imaxe_tamaño: elixe o tamaño da imaxe (hai un tamaño predeterminado).
  • imaxe_pé: descrición da imaxe ou foto, que non é o mesmo que fonte_imaxe.
  • EC_number: Número EC de clasificación de proteínas (tamén se recomenda obter en IUBMB).
  • CAS_number: Número CAS, identificación numérica única para compostos químicos, polímeros, secuencias biolóxicas, preparados e aliaxes.
  • GO_code: O código de Ontoloxía Xénica para unha reacción encimática pode obterse na páxina de GO.

Aliases[editar a fonte]

Este recadro non aparecerá no artigo.
Esta documentación está transcluída desde Modelo:Xene-proteína/uso. Os editores poden probar cambios no mesmo en Modelo:Xene-proteína/probas.
Por favor, engade as categorías na subpáxina de documentación e os interwikis no Wikidata. Ver as subpáxinas deste modelo.