HomoloGene
HomoloGeneé unha ferramenta do Centro Nacional para a Información Biotecnolóxica (NCBI) que é utilizada como sistema de detección automática de homólogos (similitude atribuible á descendencia dun antepasado común) entre os xenes anotados de varios xenomas eucariotas completamente secuenciados.[1][2][3]
O procesamento que fai HomoloGene consiste na análise de proteínas dos organismos con entrada. As secuencias compaáranse por medio de blastp, despois emparéllanse e agrúpanse utilizando unha árbore taxonómica construída a partir da similitude de secuencias, na que os organismos máis estreitamente relacionados se emparellan primeiro e logo engádense os seguintes á árbore. As aliñacións de proteínas asígnanse ás súas secuencias de ADN correspondentes; logo, as distancias métricas tales como as de Jukes & Cantor (1969) ou a taxa Ka/Ks tamén se poden calcular.[2]
As secuencias emparéllanse utilizando un algoritmo heurístico para maximizar a puntuación global nunha coincidencia bipartita (véxase grafo bipartito completo), máis que a nivel local. E logo,calcúlase a significación estatística de cada parella. En cada posición realízanse puntos de corte e establécense valores de Ks para evitar falsos ortólogos cando sexan agrupados; ademais, os parálogos son identificados pola busca de secuencias entre as especies máis relacionadas.[4]
Organismos con entrada[editar | editar a fonte]
Homo sapiens, Pan troglodytes, Canis lupus familiaris, Bos taurus, Mus musculus, Danio rerio, Rattus norvegicus, Arabidopsis thaliana, Gallus gallus, Oryza sativa, Anopheles gambiae, Drosophila melanogaster, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa, Caenorhabditis elegans, Saccharomyces cerevisiae, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Schizosaccharomyces pombe e Plasmodium falciparum.
Interface[editar | editar a fonte]
HomoloGene está vinculada a todas as bases de datos Entrez e baséase ademais en información de homoloxía e fenotipo das seguintes ligazóns:
- Mouse Genome Informatics (MGI),
- Zebrafish Information Network (ZFIN),
- Saccharomyces Genome Database (SGD),
- Clusters of Orthologous Groups (COG),
- FlyBase,
- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)
Como resultado HomoloGene mostra información sobre xenes, proteínas, fenotipos e dominios conservados.
Notas[editar | editar a fonte]
- ↑ Vize, Peter D. (2004). "Internet tools for cell and developmental biologists". En Sansom, Clare; Horton, Robert M. The Internet for Molecular Biologists: A Practical Approach (en inglés). Oxford University Press. p. 249. ISBN 978-01-9963-888-8.
- ↑ 2,0 2,1 Pevsner, Jonathan (2009). Bioinformatics and Functional Genomics (en inglés). John Wiley & Sons. pp. 951. ISBN 978-04-7008-585-1.
- ↑ Baxevanis, Andreas D.; Ouellette, B. F. Francis (2004). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (en inglés). John Wiley & Sons. p. 488. ISBN 978-04-7146-101-2.
- ↑ Schriml, Lynn M.; Sprague, Judy (2004). "Data Mining the Zebrafish Genome". En Detrich, H. William; Westerfield, Monte; Zon, Leonard I. The Zebrafish: Genetics, Genomics, and Informatics (en inglés). Academic Press. p. 686. ISBN 978-01-2564-172-2.
Véxase tamén[editar | editar a fonte]
Ligazóns externas[editar | editar a fonte]
- HomoloGene no Centro Nacional para a Información Biotecnolóxica (en inglés).
- OMIM (en inglés).
- ZFIN (en inglés).
- SGD (en inglés).
- COG (en inglés).
- FlyBase (en inglés).
- MGI (en inglés).
- Rat Genome Database (en inglés).
