Instituto Europeo de Bioinformática

O Instituto Europeo de Bioinformática (European Bioinformatics Institute, EMBL-EBI) é un centro de investigación e servizos de bioinformática, que forma parte do Laboratorio Europeo de Bioloxía Molecular (European Molecular Biology Laboratory, EMBL).
O EMBL-EBI está listado no Rexistro de Depósitos de Datos de Investigación (Registry of Research Data Repositories) re3data.org.^[1]

Historia

As raíces do EMBL-EBI son a EMBL Nucleotide Sequence Data Library^[2]^[3] (agora chamada EMBL-Bank), que se creou en 1980 nos laboratorios EMBL en Heidelberg, Alemaña e foi a primeira base de datos mundial de secuencias de nucleótidos.^[4] O obxectivo orixinal era crear unha base de datos computacional central de secuencias de ADN, para complementar as secuencias enviadas a revistas. O que empezou como unha modesta tarefa de resumir información da literatura científica converteuse axiña nunha importante actividade de base de datos que recibía datos electronicamente de forma directa e cunha necesidade de ter un persoal informático de maior nivel. A tarefa creceu en escala co comezo dos proxectos xenoma, e aumentou a súa visibilidade a medida que os datos se facían cada vez máis importantes para a investigación no sector comercial. Fíxose evidente que a EMBL Nucleotide Sequence Data Library precisaba unha mellor seguridade financeira para asegurar a súa viabilidade a longo prazo e para afrontar a enorme escala da súa misión.

Foi tamén necesario para a investigación e o desenvolvemento proporcionar servizos, colaborar con socios globais para soster o proxecto, e proporcionar axuda á industria. Para isto, en 1992, o EMBL Council votou crear o European Bioinformatics Institute e situalo no Wellcome Trust Genome Campus no Reino Unido, onde estaría próximo ao maior esforzo de secuenciación daquela época realizado polo Wellcome Trust Sanger Institute. Desde 1992 ata 1994, tivo lugar unha transición gradual das actividades en Heidelberg, ata que en setembro de 1994 o EMBL-EBI ocupou definitivamente a súa actual localización no Wellcome Trust Genome Campus.

Cando o EMBL-EBI se trasladou a Hinxton albergaba dúas bases de datos, unha para secuencias de nucleótidos (a EMBL Data Library, que foi renomeada como EMBL-Bank e finalmente pasou a ser parte do European Nucleotide Archive) e unha para secuencias de proteínas (Swiss-Prot–TrEMBL, agora chamada UniProt). Desde entón, o EMBL-EBI diversificouse para proporcionar fontes de datos en todos os principais dominios moleculares e expandiuse para incluír unha ampla base de datos de investigación. Proporciona aos usuarios axuda e ofrece adestramento avanzado en bioinformática.^[5]

Financiamento

Como parte do EMBL, a maior parte do financiamento do EMBL-EBI procede dos gobernos dos 21 estados membros do EMBL. Outras fontes importantes de financiamento son a Comisión Europea, Wellcome Trust, National Institutes of Health (NIH) dos Estados Unidos, Research Councils do Reino Unido, socios industriais do EMBL-EBI e o Departmento de Comercio e Industria do Reino Unido. Ademais, o Wellcome Trust proporciona instalacións para o EMBL-EBI no seu Campus do Xenoma de Hinxton, e os Research Councils do Reino Unido proporcionan fondos para as instalacións do EMBL-EBI en Hinxton.^[6]

Recursos no EMBL-EBI

O EMBL-EBI alberga varios recursos para as ciencias da vida de uso libre e abertos ao público, como bases de datos biomédicas, ferramentas de análise e bio-ontoloxías. Estas inclúen:

ArrayExpress - arquivo de experimentos de expresión xénica.
BioModels Database - unha base de datos de modelos informáticos relevantes para as ciencias biolóxicas.
Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) - base de datos e ontoloxía de entidades moleculares.
European Nucleotide Archive (ENA) - recurso de información de secuenciación de cadeas de nucleótidos.
Proxecto Ensembl - bases de datos xenómicas de vertebrados e outras especies eucarióticas (xunto con Wellcome Trust Sanger Institute)
Europe PubMed Central - base de datos que ofrece acceso libre a coleccións de literatura científica biomédica.
Experimental Factor Ontology (EFO) - ontoloxía de variables experimentais para datos biomédicos.
Expression Atlas - base de datos de información resumida sobre os xenes que se expresan en cada condición
Gene ontology - ontoloxía de funcións e procesos xénicos.
InterPro - base de datos de dominios funcionais e familias de proteínas.
Protein Data Bank en Europa - recurso europeo para a recompilación, organización e diseminación de datos sobre estruturas macromoleculares.
Proteomics Identifications Database (PRIDE) - depósito de proteómica baseada en espectrometría de masas.
UniProt - base de datos de secuencias de proteínas e información funcional (xunto co Swiss Institute of Bioinformatics e Protein Information Resource).

Outras organizacións bioinformáticas

Notas

↑ "EBI Entry in re3data.org". www.re3data.org. Consultado o 28 August 2014.
↑ Attwood T.K., Gisel A., Eriksson N-E. and Bongcam-Rudloff E. (2011). "Concepts, Historical Milestones and the Central Place of Bioinformatics in Modern Biology: A European Perspective". Bioinformatics - Trends and Methodologies. InTech. Arquivado dende o orixinal o 25 de xaneiro de 2012. Consultado o 8 Jan 2012.
↑ Stoesser, G.; Sterk, P.; Tuli, M.; Stoehr, P.; Cameron, G. (1997). "The EMBL Nucleotide Sequence Database". Nucleic Acids Research 25 (1): 7–14. doi:10.1093/nar/25.1.7. PMC 146376. PMID 9016493.
↑ Kneale, G.; Kennard, O. (1984). "The EMBL nucleotide sequence data library". Biochemical Society transactions 12 (6): 1011–1014. PMID 6530028.
↑ Wright, V. A.; Vaughan, B. W.; Laurent, T.; Lopez, R.; Brooksbank, C.; Schneider, M. V. (2010). "Bioinformatics training: Selecting an appropriate learning content management system--an example from the European Bioinformatics Institute". Briefings in Bioinformatics 11 (6): 552–562. doi:10.1093/bib/bbq023. PMID 20601435.
↑ "ELIXIR – European life science infrastructure for biological information". Arquivado dende o orixinal o 28 de xaneiro de 2015. Consultado o 04 de xuño de 2015.

[1] "EBI Entry in re3data.org". www.re3data.org. Consultado o 28 August 2014.

[2] Attwood T.K., Gisel A., Eriksson N-E. and Bongcam-Rudloff E. (2011). "Concepts, Historical Milestones and the Central Place of Bioinformatics in Modern Biology: A European Perspective". Bioinformatics - Trends and Methodologies. InTech. Arquivado dende o orixinal o 25 de xaneiro de 2012. Consultado o 8 Jan 2012.

[3] Stoesser, G.; Sterk, P.; Tuli, M.; Stoehr, P.; Cameron, G. (1997). "The EMBL Nucleotide Sequence Database". Nucleic Acids Research 25 (1): 7–14. doi:10.1093/nar/25.1.7. PMC 146376. PMID 9016493.

[4] Kneale, G.; Kennard, O. (1984). "The EMBL nucleotide sequence data library". Biochemical Society transactions 12 (6): 1011–1014. PMID 6530028.

[5] Wright, V. A.; Vaughan, B. W.; Laurent, T.; Lopez, R.; Brooksbank, C.; Schneider, M. V. (2010). "Bioinformatics training: Selecting an appropriate learning content management system--an example from the European Bioinformatics Institute". Briefings in Bioinformatics 11 (6): 552–562. doi:10.1093/bib/bbq023. PMID 20601435.

[6] "ELIXIR – European life science infrastructure for biological information". Arquivado dende o orixinal o 28 de xaneiro de 2015. Consultado o 04 de xuño de 2015.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]