O descubrimento de restos arqueolóxicos na localidade de Lagoni, preto de Mercurago, testemuña a existencia dun asentamento de palafitas entre os séculos XVIII e XIII a.C.
No século XI fundouse unha abadía bieita que sería a orixe da cidade actual.
Cando Frederico I Barbarroxa destrúe Milán en 1162 o castelo de Arona, que dependía do arcebispo de Milán, serviu de refuxio a boa parte dos habitantes da cidade.