RefSeq

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Saltar ata a navegación Saltar á procura
RefSeq é unha base de datos pertencente ao NCBI.

A base de datos RefSeq (Reference Sequence, Secuencia de referencia)[1] é unha colección de acceso aberto, anotada e revisada de secuencias de nucleótidos (de ADN e ARN) dispoñibles publicamente e dos seus produtos proteicos. Esta base de datos está sendo desenvolvida polo NCBI (National Center for Biotechnology Information dos Estados Unidos), e, a diferenza de GenBank, proporciona soamente un só rexistro para cada molécula biolóxica natural (é dicir, ADN, ARN, ou proteína) para organismos que van desde os virus ás bacterias e os eucariota.

Para cada organismo modelo, RefSeq pretende proporcionar rexistros separados e ligados do seu ADN xenómico, os transcritos dos xenes e as proteínas que se orixinan a partir deses transcritos. RefSeq está limitada a organismos para os cales hai datos suficientes (había datos de máis de 66.000 organismos especificamente “nomeados" en setembro de 2011),[2] mentres que GenBank inclúe secuencias de calquera organismo do que se envíe información (aproximadamente 250.000 organismos especificamente nomeados).

Categorías de RefSeq[editar | editar a fonte]

Categoría Descrición
NC Moléculas xenómicas completas
NG Rexión xenómica incompleta
NM ARNm
NR ARNnc
NP Proteína
XM modelo de ARNm predito
XR modelo de ARNnc predito
XP modelo de proteína predito (secuencias eucariotas)
WP modelo de proteína predito (secuencias procariotas)

Para mís detalles e máis categorías ver Táboa 1 en Capítulo 18 do libro The Reference Sequence (RefSeq) Database.

Notas[editar | editar a fonte]

  1. Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR (2005). "NCBI Reference Sequence (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins.". Nucleic Acids Res 33 (Database issue): D501–4. PMC 539979. PMID 15608248. doi:10.1093/nar/gki025. 
  2. RefSeq Release 80 Statistics (Informe). National Library of Medicine. 2017. Consultado o 13 de xaneiro de 2017. 
  • Este artigo incorpora material en dominio público procedente do documento do National Center for Biotechnology Information: "NCBI Handbook".


Véxase tamén[editar | editar a fonte]

Outros artigos[editar | editar a fonte]

Ligazóns externas[editar | editar a fonte]