HIVToolbox

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Saltar ata a navegación Saltar á procura

HIVToolbox é unha aplicación de Internet que axuda ós científicos a identificar e desenvolver novas hipóteses e facilita a interpretación de experimentos, co obxectivo de axudar ós científicos a comprender mellor o VIH, o virus que causa a SIDA, e identificar novos obxectivos potenciais de medicinas.[1]

A información sobre o VIH inclúe as diferentes partes das proteínas do VIH, moitas veces referidas como dominios. As rexións máis pequenas das proteínas chamadas minimotivas tamén están presentes nas proteínas do VIH. Estes minimotismos, tamén chamados motivos lineais curtos, codifican diferentes funcións moleculares nas proteínas do VIH.[2] HIVtoolbox é unha aplicación de internet que sae dunha base de datos MySQL deseñada para integrar datos do VIH para secuencias de proteínas derivadas de diferentes illados, estruturas de proteínas, dominios de proteínas, interaccións proteína-proteína, elementos funcionais en proteínas e minimotos coñecidos e previstos da base de datos Minimotif Miner.[3][4] Tamén se inclúen outros aminoácidos implicados en funcións moleculares como a catálise, a dimerización, etc. A base de datos para o programa tamén contén a conservación de aminoácidos calculada para todas as proteínas do VIH. Isto axuda a identificar as rexións do virus que non cambian, polo que se cre que representan rexións importantes. O segundo lanzamento de HIVToolbox, HIVToolbox2 tamén contén información sobre a localización das proteínas nas que se unen diferentes medicamentos contra o VIH e a súa relación espacial coas mutacións que xorden no VIH e fan que o virus sexa resistente á medicina.

Notas[editar | editar a fonte]

  1. Sargeant, David; Deverasetty, Sandeep; Luo, Yang; Baleta, Angel V.; Zobrist, Stephanie R.; Rathnayake, Viraj; Tusso, Jacqueline C.; Vyas, Jay; Muesing, Mark A.; Schiller, Martin R. (2011). "HIVToolbox, an integrated web application for investigating HIV". PLoS ONE 6 (5): e20122. Bibcode:2011PLoSO...620122S. PMC 310207. PMID 21647445. doi:10.1371/journal.pone.0020122. 
  2. Kadaveru, Krishna; Vyas, Jay; Schiller, Martin R. (2008). "Viral infection and human disease - insights from minimotifs". Frontiers in Bioscience 13 (13): 6455–71. PMC 2628544. PMID 18508672. doi:10.2741/3166. 
  3. Rajasekaran, Sanguthevar; Balla, Sudha; Gradie, Patrick; Gryk, Michael R.; Kadaveru, Krishna; Kundeti, Vamsi; MacIejewski, Mark W.; Mi, Tian; Rubino, Nicholas (2009). "Minimotif miner 2nd release: a database and web system for motif search". Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D185–90. PMC 2686579. PMID 18978024. doi:10.1093/nar/gkn865. 
  4. Balla, Sudha; Thapar, Vishal; Verma, Snigda; Luong, ThaiBinh; Faghri, Tanaz; Huang, Chun-Hsi; Rajasekaran, Sanguthevar; del Campo, Jacob J; Shinn, Jessica H; Mohler, William A; Maciejewski, Mark W; Gryk, Michael R; Piccirillo, Bryan; Schiller, Stanley R; Schiller, Martin R (2006). "Minimotif Miner, a tool for investigating protein function". Nature Methods 3 (3): 175–177. PMID 16489333. doi:10.1038/nmeth856.