Nas 4 roldas eliminatorias previas á fase de grupos quedaron eliminados equipos tan salientables como o AS Roma, o USC Palermo, o FSV Mainz, o Estrela Vermella, o Rangers FC, o Spartak Moscova, o FK Partizan ou o Panathinaikos. Unha vez rematadas tódalas roldas previas da UEFA Europa League, comezou a fase de grupos. Esta fase constou de 12 grupos con 4 equipos cada un, que se enfrontaron en si na casa e fora. Os dous primeiros de cada grupo clasificáronse para os dezaseisavos de final da competición, para atoparse cos 8 terceiros clasificados da fase de grupos da Liga de Campións.
Entre os equipos clasificados para esta fase, 24 fixérono dende a fase de grupos da propia Europa League, mentres que os outros 8 fixérono dende a fase de grupos da Liga de Campións, ó quedaren terceiros en cadanseu grupo. Entre estes 8 equipos, algúns tan importantes como o Manchester United (vixente subcampión de Europa), o FC Porto (vixente campión desta competición), ou o Manchester City (líder da Premier League). O sorteo dos dezaseisavos de final celebrouse o 16 de decembro de 2011 en Nyon, Suíza. Os encontros de ida disputáronse os días 15 e 16 de febreiro, e os de volta os días 22 e 23 de febreiro. Así quedaron os 16 emparellamentos:
Trala eliminación na rolda de dezaseisavos de final de equipos como o vixente campión, o FC Porto, amais doutros tan salientables como o Ajax Amsterdam, o Steaua Bucarest ou o RSC Anderlecht, o cadro de enfrontamentos nos oitavos de final quedou do seguinte xeito.
Despois de caer eliminados varios dos favoritos na rolda de oitavos de final, como o Manchester United e o Manchester City, dominadores da Premier League 2011-2012, os 8 equipos clasificados para cuartos de final entraron no sorteo do día 16 de marzo, do cal saíron os seguintes emparellamentos: