Antes da ampliación monástica, o santuario mantívose como priorado secular durante corenta e oito anos nos reinados de Afonso XI de Castela e Henrique II de Castela, baixo padroado real e señorío civil. En 1389 pasou a ser mosteiro, segundo unha real provisión expedida por Xoán I de Castela. Os seus novos moradores foron os monxes da Orde Xerónima, unha comunidade de 32 membros procedentes de San Bartolomé de Lupiana. En 1835 tivo lugar a exclaustración, quedando a igrexa para uso de parroquia dependente de Toledo. Anos despois declarouse ao conxunto Monumento Nacional (1879). Afonso XIII consignou unha Real Orde para a entrega do santuario aos frades franciscanos, co que comezou unha nova etapa. Pío XII, en 1955, outorgou ao santuario a condición de basílica.
Guadalupe 
Fachada principal gótica
