A súa construción foi iniciada por Gian Lorenzo Bernini, baixo o papa Inocencio X, pero foi rematado por Carlo Fontana que modificou o proxecto de Bernini engadindo un campanario. En 1696, estabelecéronse no palacio os tribunais pontificios. A continuación foi a sede da Gobernadoría de Roma e a Dirección da policía.
O pequeno outeiro no que foi construído o Palazzo Montecitorio orixinouse co vertido de material na Idade Media. A zona fora controlada polos Colonna, despois das loitas dos baróns, foi adaptada a hortas e xardíns, até que, en 1650, os Ludovisi lla deron a Gian Lorenzo Bernini para facer a súa residencia.