Mimotopo

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.

Un mimotopo é unha macromolécula, xeralmente un péptido, que imita a estrutura dun epitopo dun antíxeno. Debido a esta semellanza causa unha resposta aos anticorpos similar á xerada polo epitopo. Un anticorpo específico para un determinado epitopo de antíxeno recoñecerá tamén ao mimotopo que imite a ese epitopo. Os mimotopos obtéñense xeralmente a partir de librarías de phage display (técnica na que se estudan as interacción entre proteínas e entre proteínas e ADN dos bacteriófagos para correlacionar as proteínas coa información xenética que as codifica) polo procedemento do biopanning (técnica para seleccionar péptidos que se unen a unha diana dada). Estanse a desenvolver vacinas que utilizan mimotopos.

Cando se acuñou o termo mimotopo por Mario Geysen en 1986,[1] utilizouse para describir péptidos que imitaban un epitopo. Porén, este concepto foise ampliando para referirse tamén a péptidos que imitan todo tipo de sitios de unión. Pola súa imitación de sitios de unión, a análise de mimotopos foi moi utilizada para mapear epitopos,[2] identificar dianas de drogas e inferir as redes de interaccións de proteínas.[3][4] Ademais, os mimotopos teñen un gran potencial no desenvolvemento de novos diagnósticos,[5] terapéuticas [6] e vacinas.[7] Ademais, as especiais afinidades mediadas polos mimotopos para varios semicondutores e outros materiais mostraron ser moi prometedoras nos estudos de novos materiais e novas enerxías.[8] Por tanto, é interesante reunir a información sobre mimotopos en bases de datos especiais. En 2010, apareceu a base de datos MimoDB version 1.0,[9] que tiña 10.716 péptidos agrupados en 1.229 conxuntos. Estes péptidos foran extraídos de resultados de biopanning de librarías de péptidos aleatorias da técnica do phage-displayed publicadas en 571 traballos. A base de datos MimoDB foi despois actualizada á versión 2.0,[10] na cal hai 15.633 péptidos recollidos de 849 traballos publicados, que se agruparon en 1.818 conxuntos. Ademais dos datos dos experimentos de biopanning e dos seus resultados, tamén se incluíu ampla información de base sobre dianas, moldes, librarías e estruturas. Tamén se compilou un punto de referencia (ou estándar de comparación, benchmark) para que os bioinformáticos poidan desenvolver e avaliar os seus novos modelos, algoritmos e programas. A base de datos MimoDB proporciona ferramentas para investigacións avanzadas e simples, visualización de estruturas, BLAST (algoritmo para comparar secuencias) e aliñamentos vistos sobre a marcha. Os biólogos experimentais poden utilizar facilmente a base de datos como un control virtual para excluír posibles péptidos non relacionados coa diana. A base de datos MimoDB [11] está dispoñible sen restricións.

Notas[editar | editar a fonte]

  1. Geysen, HM; Rodda, SJ, Mason, TJ (1986 Jul). "A priori delineation of a peptide which mimics a discontinuous antigenic determinant.". Molecular immunology 23 (7): 709–15. PMID 2432410. 
  2. Smith, GP; Petrenko, VA (1997-04-01). "Phage Display.". Chemical reviews 97 (2): 391–410. DOI:10.1021/cr960065d. PMID 11848876. 
  3. Tong, AH; Drees, B, Nardelli, G, Bader, GD, Brannetti, B, Castagnoli, L, Evangelista, M, Ferracuti, S, Nelson, B, Paoluzi, S, Quondam, M, Zucconi, A, Hogue, CW, Fields, S, Boone, C, Cesareni, G (2002-01-11). "A combined experimental and computational strategy to define protein interaction networks for peptide recognition modules.". Science 295 (5553): 321–4. DOI:10.1126/science.1064987. PMID 11743162. 
  4. Thom, G; Cockroft, AC, Buchanan, AG, Candotti, CJ, Cohen, ES, Lowne, D, Monk, P, Shorrock-Hart, CP, Jermutus, L, Minter, RR (2006-05-16). "Probing a protein-protein interaction by in vitro evolution.". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103 (20): 7619–24. DOI:10.1073/pnas.0602341103. PMC 1458619. PMID 16684878. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1458619. 
  5. Hsiung, PL; Hardy, J, Friedland, S, Soetikno, R, Du, CB, Wu, AP, Sahbaie, P, Crawford, JM, Lowe, AW, Contag, CH, Wang, TD (2008 Apr). "Detection of colonic dysplasia in vivo using a targeted heptapeptide and confocal microendoscopy.". Nature Medicine 14 (4): 454–8. DOI:10.1038/nm1692. PMID 18345013. 
  6. Macdougall, IC; Rossert, J, Casadevall, N, Stead, RB, Duliege, AM, Froissart, M, Eckardt, KU (2009-11-05). "A peptide-based erythropoietin-receptor agonist for pure red-cell aplasia.". The New England Journal of Medicine 361 (19): 1848–55. DOI:10.1056/NEJMoa074037. PMID 19890127. 
  7. Knittelfelder, R; Riemer, AB, Jensen-Jarolim, E (2009 Apr). "Mimotope vaccination--from allergy to cancer.". Expert opinion on biological therapy 9 (4): 493–506. DOI:10.1517/14712590902870386. PMC 3049225. PMID 19344285. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=3049225. 
  8. Lee, YJ; Yi, H, Kim, WJ, Kang, K, Yun, DS, Strano, MS, Ceder, G, Belcher, AM (2009-05-22). "Fabricating genetically engineered high-power lithium-ion batteries using multiple virus genes.". Science 324 (5930): 1051–5. DOI:10.1126/science.1171541. PMID 19342549. 
  9. Ru, B; Huang, J, Dai, P, Li, S, Xia, Z, Ding, H, Lin, H, Guo, F, Wang, X (2010-11-15). "MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.". Molecules (Basel, Switzerland) 15 (11): 8279–88. DOI:10.3390/molecules15118279. PMID 21079566. 
  10. Huang, J; Ru, B, Zhu, P, Nie, F, Yang, J, Wang, X, Dai, P, Lin, H, Guo, FB, Rao, N (2011-11-03). "MimoDB 2.0: a mimotope database and beyond.". Nucleic Acids Research 40 (1): D271–7. DOI:10.1093/nar/gkr922. PMC 3245166. PMID 22053087. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=3245166. 
  11. "The MimoDB database". http://immunet.cn/mimodb.