No ano 2065, trala chegada dun devastador meteorito, a Terra é invadida por uns alieníxenas de aparencia espectral. As cidades son arrasadas, xerando un estado de confusión e destrución en todo o planeta. Ante a imposibilidade de loitar contra estes seres, a escasa poboación terrestre decide atrincheirarse en cidades escudo mentres intentan buscar un xeito de sobrevivir. Pero o tempo esgótase.
Os habitantes do planeta debátense entre buscar novas formas de combater o ataque extraterrestre ou abandonar a Terra e aniquilala. Pero a doutora Aki Ross aférrase ós valores da condición humana confiando en que debe existir un futuro mellor para a Terra. Co obxectivo de entender e loitar directamente contra o inimigo, Aki decide infectarse cun virus alieníxena e así conseguir a clave que derrote a estes seres. A busca de Aki non será doada xa que o tempo non corre ó seu favor e conta coa oposición do Xeneral Hein que está decidido a esnaquizar ós aliens cunha arma mortífera que podería mesmo destruír a totalidade do planeta.
Mais a doutora Ross non está soa; dispón da axuda do eminente Doutor Sid e o escuadrón Deep Eyes, liderado por Gray Edwards. Todos xuntos intentarán salvar a Terra, mentres os plans do Xeneral Hein avanzan inexorablemente.
