O topónimo Fúquene provén de dous vocábulos do muysc cubun (lingua muisca), Fo e Quyny, que queren dicir «leito da raposa» ou «leito do deus Fo, ou Fu», a quen se lle rendía culto na illa grande da lagoa de Fúquene, que en época da conquista española serviu de como refuxio indíxena.
A finais do século XVI, os indíxenas muiscas da rexión vivían en tres rancherías, Fúquene, Nemoga e Coba.
Fúquene foi fundado en 1542 por Teresa de Verdugo, unha das poucas mulleres fundadoras de Colombia. O 2 de agosto de 1600, o visitador oidor Luis Enríquez ordena en Cucunubá poboar as terras dos indios de Fúquene e Nemoga no sitio de Guavachoquebita, no que se fundaba a nova vila de Simijaca, para o que se comisionou a Juan López de Linares como xuíz poboador; así o fixo constar o día 11 dese mes, ó notificar a súa comisión ó encomendeiro e capitáns, indicándolles como debían poboar e pasar o pobo de Simijaca ó sitio sinalado polo oidor, nun prazo de oito días.
