A composición territorial de toda a histórica provincia do condado de Petseri (Petserimaa) considérase a terra natal dos setos,[2] un pobo fino-báltico relacionado cos estonianos. Os habitantes rusos do condado de Petseri eran principalmente vellos crentes que falaban un dialecto de transición entre o ruso e a lingua belarusa.[3] A mediados do século XV fundouse na zona un dos mosteiros ortodoxos rusos máis importantes, o mosteiro de Pskovo-Pechersky.[4]
Durante o último ano da primeira guerra mundial, de febreiro a decembro de 1918, a capital do condado, Pechory, foi ocupada polas forzas alemás. (Como tal, o condado, incluíndo a cidade e o territorio que a rodea, foi ideado para formar parte do Ducado Báltico.) A cidade foi despois capturada polas forzas estonianas o 29 de marzo de 1919, durante a guerra de independencia de Estonia. O Tratado de Tartu de 1920 asignou posteriormente Pechory e o seu territorio circundante, a rexión de Setomaa, a Estonia. Pechory pasou a chamarse Petseri e a zona converteuse no Condado de Petseri. A Igrexa Luterana de San Pedro foi construída en 1926 en Petseri.
Durante a segunda guerra mundial, o condado foi ocupado polo Exército nazi entre agosto de 1941 e o 11 de agosto de 1944, e despois polas forzas da Unión Soviética durante o seu avance cara á Alemaña nazi. As autoridades soviéticas trasladaron a maior parte do condado de Petseri dende a RSS de Estonia á RSS de Rusia en 1944.
Despois de que Estonia recuperase a independencia da Unión Soviética en agosto de 1991, Estonia propuxo a cuestión do regreso ás fronteiras baixo o Tratado de Tartu: porén, Estonia abandonou esta reclamación en novembro de 1995.[5] Estonia e Rusia asinaron o Tratado de Fronteira Estonia-Rusia o 18 de maio de 2005: o preámbulo sinalaba que a fronteira internacional cambiara en parte, de acordo co artigo 122 da Constitución de Estonia.[6]
