O xogo, do mesmo xeito que a serie, segue as aventuras de catro estudantes que descobren a existencia dun universo paralelo misterioso chamado Lyoko. Os catro, Jeremie, Odd, Ulrich e Yumi, descobren que tanto a Terra como Lyoko están ameazados por un virus múltiple chamado XANA, o cal infectou ao supercomputador que o controla todo. Os mozos deberán compaxinar a súa vida normal de estudantes coa misión de converterse en heroes.
O xogo Código Lyoko móvese entre o mundo real, en 2D, e o universo de Lyoko, en 3D. O xogo contén 15 episodios baseados na 1ª, 2ª e 3ª tempada da serie de debuxos. Á hora de loitar, utiliza un amplo rango de habilidades: disparar, loitar, resolución de crebacabezas e exploración aínda que, sorprendentemente, non hai capacidade de salto, unha habilidade case imprescindible na serie.
A crítica apreciou a fidelidade do xogo á serie,[1] mais o seu modo de xogo en liña supuxo un problema xa que os xogadores son guiados en exceso nas accións que deben facer. A cámara fixa e non controlable que dirixe ó xogador en Lyoko tamén foi moi criticada.[2]
