O grupo comeza a súa traxectoria propiamente en 1987, ao xuntarse os irmáns Sandison con amigos dos seus arredores, entre os que se atopaban Chris Horne, que tería posteriormente unha carreira musical á parte co nome de Christ. O nome do grupo provén do National Film Board of Canada, unha institución dependente do goberno canadense semellante a National Geographic, da que Marcus e Mike eran grandes admiradores, chegando a usar fragmentos de son dos seus documentais nas súas cancións.
Co paso do tempo o grupo centraríase soamente nos irmáns Sandison, e a comezos da década dos 90 gravarían as primeiras maquetas no seu propio estudio, chamado Hexagon Sun. As primeiras gravacións distribuíanas entre os seus amigos de Edimburgo, figurando como discográfica Music70, creada por eles mesmos.
En 1995 publican o EP Twoism, o primeiro lanzamento "oficial" do grupo. O disco chegaría a mans de Sean Booth, membro de Autechre e dono de Skam Records, onde publicaron o seguinte EP Hi Scores.
En 1996 lanzan o LP Music Has the Right to Children, o cal sería acollido con grande éxito de crítica e de público. Ao ano seguinte realizarían a súa primeira e única Peel Session.
O seu segundo álbum, Geogaddi, foi publicado no 2002. O enigmático nome, xunto coa portada e as cancións deron lugar a varias teorías sobre o seu significado.
The Campfire Headphase, lanzado no 2005, presenta un son máis orientado cara ao folk.
En 2013, mediante unha elaborada campaña de publicidade previa, anunciouse a publicación do cuarto álbum Tomorrow's Harvest, lanzado en xuño de dito ano.
