Bioconductor

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Saltar ata a navegación Saltar á procura
Bioconductor
Bioconductor logo rgb.jpg
Sistema operativoMultiplataforma
Lingua/sR
TipoBioinformática
LicenzaArtistic License 2.0
Sitio webwww.bioconductor.org

Bioconductor é un proxecto de software de código aberto e libre para o procesamento e análise de datos de secuenciación masiva en xenómica e bioloxía molecular; e así mesmo o grupo que o desenvolve. Bioconductor baséase na linguaxe de programación R, aínda que ten algunhas contribucións noutras linguaxes.[1][2][3] Está pensado para ser modular e facilitar a colaboración interdisciplinar e software de rápido desenvolvemento.[3]

Bioconductor sincroniza os seus lanzamentos con R. Conta con case 1 400 paquetes de software de R, ademais de conxuntos de datos, que cobren análises como as de microarrays e anotación de xenomas, SNPs, proteómica ou citometría de fluxo.[4][1]

O proxecto comezárono en 2001 científicos norteamericanos, na súa meirande do Centro de investigación do cancro Fred Hutchinson de Seattle, Washington, e europeos.[5] O desenvolvemento de Bioconductor xestiónao un grupo principal de desenvolvedores homónimo.[1][5]

Paquetes[editar | editar a fonte]

Gráfico obtido co paquete flowFP de Bioconductor.

A meirande parte dos paquetes de Bioconductor créanse no formato de paquetes de R, que son módulos engadidos á base de R.

Os primeiros paquetes creados no proxecto de Bioconductor centráronse na análise de datos dunha canle de Affymetrix e unha ou dúas canles de microarrays de ADN complementario ou oligo.[2] Arestora, Bioconductor fornece as estruturas base e a metodoloxía necesaria para as análises a escala global de xenomas e de secuenciación de nova xeración nun entorno de R. Permite a anotación e ten ferramentas para a análise de microarrays.[5][6] Agora conta con librarías para o procesamento de datos de secuenciación masiva de ADN, ARN, inmunoprecipitación de cromatina, Hi-C, metilomas ou perfís ribosomais.[6]

Segundo o proxecto foi avanzando, en especial no 2008, fóronse creando outros paquetes para Bioconductor que aumentaron os seus campos de aplicación tanto ás novas técnicas de secuenciación masiva como á análise de datos xenómicos obtidos con SAGE, de secuencias, ou de SNPs, proteómica e espectrometría de masas.[6][7]

Os paquetes desenvólvense na comunidade e deposítanse no repositorio central de Bioconductor. Estes pasan por unha fase inicial de revisión e probas automáticas continuas. Cada paquetes de Bioconductor contén o código cas funcións e cando menos unha viñeta, unha documentación estruturada con todos os seus detalles de uso e función creados con Sweave e R. Moitos paquetes son conxuntos de datos, como poden ser rexións xenómicas ou exemplos de resultados prácticos.[3][5] Bioconductor ten un ciclo de lanzamentos con dous lanzamentos ao ano sincronizados cos lanzamentos de R. En cada momento están dispoñibles versións estables de Bioconductor así como unha versión en desenvolvemento, baseada na versión en desenvolvemento de R.[4]

Lanzamentos[editar | editar a fonte]

O primeiro lanzamento de Bioconductor foi o 2 de maio de 2002 e contou con 15 paquetes, que cubrían as necesidades de análise de xenomas e de datos de expresión xénica, como datos de SNPs.[5]

Versión Data de liberación Número de paquetes Dependencias
1.0 01/05/2001 15 R 1.5
1.1 19/11/2002 20 R 1.6
1.2 29/05/2003 30 R 1.7
1.3 30/10/2003 49 R 1.8
1.4 17/05/2004 81 R 1.9
1.5 25/10/2004 100 R 2.0
1.6 18/05/2005 123 R 2.1
1.7 14/10/2005 141 R 2.2
1.8 27/04/2006 172 R 2.3
1.9 04/10/2006 188 R 2.4
2.0 26/04/2007 214 R 2.5
2.1 08/10/2007 233 R 2.6
2.2 01/05/2008 260 R 2.7
2.3 22/10/2008 294 R 2.8
2.4 21/04/2009 320 R 2.9
2.5 28/10/2009 352 R 2.10
2.6 23/03/2010 389 R 2.11
2.7 18/10/2010 418 R 2.12
2.8 14/04/2011 466 R 2.13
2.9 01/11/2011 517 R 2.14
2.10 02/04/2012 554 R 2.15
2.11 03/10/2012 610 R 2.15
2.12 04/04/2013 671 R 3.0
2.13 15/10/2013 749 R 3.0
2.14 14/04/2014 824 R 3.1
3.0 14/10/2014 934 R 3.1
3.1 17/04/2015 1024 R 3.2
3.2 14/10/2015 1104 R 3.2
3.3 04/05/2016 1211 R 3.3
3.4 18/1/2016 1296 R 3.3
3.5 25/04/2017 1383 R 3.4

Notas[editar | editar a fonte]

  1. 1,0 1,1 1,2 "Bioconductor - About". Consultado o 2017-07-26. 
  2. 2,0 2,1 Gentleman, Robert C.; Carey, Vincent J.; Bates, Douglas M.; Bolstad, Ben; Dettling, Marcel; Dudoit, Sandrine; Ellis, Byron; Gautier, Laurent; Ge, Yongchao; Gentry, Jeff; Hornik, Kurt; Hothorn, Torsten; Huber, Wolfgang; Iacus, Stefano; Irizarry, Rafael; Leisch, Friedrich; Li, Cheng; Maechler, Martin; Rossini, Anthony J.; Sawitzki, Gunther; Smith, Colin; Smyth, Gordon; Tierney, Luke; Yang, Jean YH; Zhang, Jianhua (2004-09-15). "Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics". Genome Biology 5: –80. ISSN 1474-760X. doi:10.1186/gb-2004-5-10-r80. Consultado o 2017-07-26. 
  3. 3,0 3,1 3,2 Huber, Wolfgang; Carey, Vincent J.; Gentleman, Robert; Anders, Simon; Carlson, Marc; Carvalho, Benilton S.; Bravo, Hector Corrada; Davis, Sean; Gatto, Laurent; Girke, Thomas; Gottardo, Raphael; Hahne, Florian; Hansen, Kasper D.; Irizarry, Rafael A.; Lawrence, Michael; Love, Michael I.; MacDonald, James; Obenchain, Valerie; Oleś, Andrzej K.; Pagès, Hervé; Reyes, Alejandro; Shannon, Paul; Smyth, Gordon K.; Tenenbaum, Dan; Waldron, Levi; Morgan, Martin (2015-02). "Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor". Nature Methods 12 (2): 115–121. ISSN 1548-7091. doi:10.1038/nmeth.3252. Consultado o 2017-07-26. 
  4. 4,0 4,1 "Bioconductor 3.5 Released". 
  5. 5,0 5,1 5,2 5,3 5,4 Dudoit, Sandrine; Gentleman, Robert C.; Quackenbush, John (2003-03). "Open source software for the analysis of microarray data". BioTechniques. Suppl: 45–51. ISSN 0736-6205. PMID 12664684. 
  6. 6,0 6,1 6,2 Gatto, Laurent; Christoforou, Andy (2014-01-01). "Using R and Bioconductor for proteomics data analysis". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics. Computational Proteomics in the Post-Identification Era 1844 (1): 42–51. ISSN 1570-9639. doi:10.1016/j.bbapap.2013.04.032. Consultado o 2017-07-26. 
  7. Gatto, Laurent; Breckels, Lisa M; Naake, Thomas; Gibb, Sebastian (2015-04). "Visualization of proteomics data using R and Bioconductor". Proteomics 15 (8): 1375–1389. ISSN 1615-9853. PMID 25690415. doi:10.1002/pmic.201400392. Consultado o 2017-07-26. 

Véxase tamén[editar | editar a fonte]

Outros artigos[editar | editar a fonte]

Ligazóns externas[editar | editar a fonte]