En 1916 a AUF, en conxunto coas asociacións de fútbol da Arxentina, Brasil e Chile, fundaron a Conmebol e sete anos máis tarde, afiliouse á FIFA. No ano 1923, producíronse algunhas disidencias dentro da mesma organización, e o grupo disidente decidiu fundar unha nova federación do fútbol, a Federación Uruguaia de Fútbol (FUF). Esta situación estendeuse até 1925, cando se produciron graves confusións pola existencia das dúas federacións, polo que tivo que intervir o goberno uruguaio para impor a disolución da FUF.
A AUF organiza os torneos nacionais de fútbol, ao redor das dúas divisións profesionais do campionato (Primera División e Segunda División), así como tamén coa Segunda División Amateur ou Terceira División (o mundo dos afeccionados), onde participan os equipos da zona metropolitana de Montevideo. Para os clubs afeccionados do resto do país existe a Organización do Fútbol do Interior, federación afiliada á AUF, pero de forma autónoma.
