Amakusa (天草市, あまくさし, Amakusa-shi) é un concello xaponés da prefectura de Kumamoto. Está situado no centro-oeste da rexión de Kyūshū e ao suroeste da prefectura, nas illas de Amakusa. A súa superficie é de 683,24km², a poboación é de 90.714 habitantes (2009) e ten unha densidade de poboación de 133 hab./km².
A cidade de Amakusa foi fundada pola fusión de 2 concellos de cidades (Hondo e Ushibuka) e 8 concellos de vilas do distrito de Amakusa (Ariake, Goshoura, Kuratake, Sumoto, Shinwa, Itsuwa, Amakusa e Kawaura) no ano 2006.