A aeroliña naceu no ano 1947 para alimentar voos de Transports Aériens Intercontinentaux e Air France, e tras a independencia de Madagascar converteuse na aeroliña de bandeira do país. Inicialmente operaba servizos domésticos, pero a compañía expandiuse a finais dos 60 cando comezou a operar rutas internacionais a destinos como Francia e Suráfrica.
Nos últimos anos intentrouse privatizar a compañía sen éxito. O proceso de privatización atópase parado e a aeroliña pertence na súa maior parte ao goberno de Madagascar.
En outubro de 2021, Air Madagascar, colocada baixo control, fusionarase coa súa filial Tsaradia para relanzar e converterse en Madagascar Airlines.