Verrucomicrobios

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Verrucomicrobios
Clasificación científica
Dominio: Bacteria
Filo: Verrucomicrobia
Clases, ordes, familias, xéneros

   Methylacidiphilaceae ♠
    MethylacidiphilumHou et al. 2008 emend. Op den Camp et al. 2009

  • Spartobacteria

   Chthoniobacterales
    Chthoniobacteraceae
     ChthoniobacterSangwan et al. 2004
     Candidatus XiphinematobacterVandekerckhove et al. 2000

  • Opitutae Choo et al. 2007

   Opitutales Choo et al. 2007
    Opitutaceae Choo et al. 2007
     Opitutus Chin et al. 2001
     Alterococcus Shieh and Jean 1999
   Puniceicoccales Choo et al. 2007
    Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
     Pelagicoccus Yoon et al. 2007
     Puniceicoccus Choo et al. 2007
     Coraliomargarita Yoon et al. 2007
     Cerasicoccus Yoon et al. 2007

  • Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008

   Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
    Pedosphaeraceae ♠
    PedosphaeraOzyurt 2008
    Rubritaleaceae
     Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
    Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
     Akkermansia Derrien et al. 2004
     FucophilusSakai et al. 2001b
     Haloferula Yoon et al. 2008 emend. Bibi et al. 2011
     Persicirhabdus Yoon et al. 2008
     Luteolibacter Yoon et al. 2008
     Roseibacillus Yoon et al. 2008
     Prosthecobacter (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980 emend. Takeda et al. 2008
     Verrucomicrobium Schlesner 1988

Os verrucomicrobios ou Verrucomicrobia son un filo de bacterias recentemente descrito. Este filo contén só unhas poucas especies descritas; un exemplo é Verrucomicrobium spinosum, un microbio cunha morfoloxía que lembra ás verrugas, a partir do cal o filum recibiu o seu nome (pero non son causantes da formación de verrugas). As especies identificadas foron illadas da auga doce, do solo e das feces humanas, e considéranse abundantes e importantes nos solos agrícolas e forestais. Identificáronse varias especies que aínda non se puideron cultivar asociadas con hóspedes eucariotas, como ectosimbiontes de protistas e endosimbiontes de nematodos, que viven nos seus gametos.

Presentan unha ou varias prolongacións (prostecas) con forma de apéndices verrugosos. A súa parede ten proteoglicano. Divídense simetricamente por fisión. Son aerobias facultativas que respiran ou fermentan azucres.

Este filo considérase que ten dous filos irmáns: Chlamydiae e Lentisphaerae. [1]

Cavalier-Smith postulou que os Verrucomicrobia pertencen ao clado Planctobacteria do gran clado Gracilicutes. Datos do ARNr de 16 S apoian esta idea. [2]

Recentemente foi secuenciado o xenoma completo de Methylacidiphilum infernorum (2,3 Mbp). No seu único cromosoma circular, foron preditas 2473 proteínas, 731 das cales non teñen homólogos detectables. Estas análises tamén revelaron moitas posibles homoloxías coas Proteobacteria. [3] [4]

Filoxenia[editar | editar a fonte]

Véxase tamén: Taxonomía bacteriana.

O cladograma mostra a taxonomía actualmente aceptada deste grupo baseado na LSPN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature) [5] e a filoxenia está baseada nos datos do ARNr de 16 S da LTP 106 do Proxecto The All-Species Living Tree. [6]



?Candidatus Epixenosoma ejectans



?Lentimonas marisflaviChoo & Cho 2006


  ?Methylacidiphilum

M. fumariolicum(Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009



M. infernorum(Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008



M. kamchatkenseIslam et al. 2008



  Opitutae
  Puniceicoccaceae

Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007




Coraliomargarita akajimensis Yoon et al. 2007


  Cerasicoccus

C. arenae Yoon et al. 2007



C. frondisYoon et al. 2010



C. maritimusYoon et al. 2010





  Opitutales
  Pelagicoccus

P. croceus Yoon et al. 2007




P. mobilis Yoon et al. 2007




P. albus Yoon et al. 2007



P. litoralis Yoon et al. 2007





  Opitutaceae

Opitutus terrae Chin et al. 2001



Alterococcus agarolyticus Shieh and Jean 1999






  Chthoniobacteraceae

Chthoniobacter flavusSangwan et al. 2004


 Candidatus Xiphinematobacter

Candidatus X. americaniVandekerckhove et al. 2000



Candidatus X. brevicolliVandekerckhove et al. 2000



Candidatus X. rivesiVandekerckhove et al. 2000




  Verrucomicrobiales

?Fucophilus fucoidanolyticusSakai et al. 2001b



?Pedosphaera parvulaOzyurt 2008


  Verrucomicrobiaceae

Verrucomicrobium spinosum Schlesner 1988


  Prosthecobacter


P. fluviatilis Takeda et al. 2008



P. vanneervenii Hedlund et al. 1998





P. dejongeii Hedlund et al. 1998




P. debontii Hedlund et al. 1998



P. fusiformis (ex Staley et al. 1976) Staley et al. 1980






  Rubritaleaceae

Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004




  Luteolibacter

L. algae Yoon et al. 2008



L. pohnpeiensis Yoon et al. 2008



  Haloferula

?H. luteola Bibi et al. 2011



H. sargassicola Yoon et al. 2008




H. helveola Yoon et al. 2008




H. phyci Yoon et al. 2008




H. harenae Yoon et al. 2008



H. rosea Yoon et al. 2008








  Roseibacillus

R. persicicus Yoon et al. 2008




R. ishigakijimensis Yoon et al. 2008



R. ponti Yoon et al. 2008






Persicirhabdus sediminis Yoon et al. 2008


  Rubritalea

?R. halochordaticola Yoon et al. 2011




R. sabuli Yoon et al. 2008



R. squalenifaciens Kasai et al. 2007





R. marina Scheuermayer et al. 2006




R. spongiae Yoon et al. 2007



R. tangerina Yoon et al. 2007












Notas:
♠ Cepas que se encontran no NCBI (National Center for Biotechnology Information) pero non na LSPN.

Notas[editar | editar a fonte]

  1. Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S (2004). "Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae". Environ Microbiol 6 (6): 611–21. DOI:10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x. PMID 15142250.
  2. Wagner, M; Horn, M (2006). "The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance". Current opinion in biotechnology 17 (3): 241–9. DOI:10.1016/j.copbio.2006.05.005. PMID 16704931.
  3. Hou, S; Makarova, KS; Saw, JH; Senin, P; Ly, BV; Zhou, Z; Ren, Y; Wang, J et al. (2008). "Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia". Biology direct 3: 26. DOI:10.1186/1745-6150-3-26. PMC 2474590. PMID 18593465. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2474590.
  4. Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B. (2008). "Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes". Bergey's Manual Trust: 15. http://bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdf
  5. See the List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Data extracted from the "Verrucomicrobia". http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Verrucomicrobia. Consultado o 3 xullo 2012.
  6. See the All-Species Living Tree Project [1]. Data extracted from the "16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)". Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_106/LTPs106_SSU_tree.pdf. Consultado o 3 xullo 2012.